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万見
- PDB-6kod: Cu(II) complex of HOCl-induced flavoprotein disulfide reductase R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kod
タイトルCu(II) complex of HOCl-induced flavoprotein disulfide reductase RclA C43S mutant from Escherichia coli
要素Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / hypochlorous acid / reductase / cysteine disulfide / copper / cupric ion
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hypochlorite / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / cupric reductase (NADH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / flavin adenine dinucleotide binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region / Probable pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase RclA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Baek, Y. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure and function of the hypochlorous acid-induced flavoprotein RclA fromEscherichia coli.
著者: Baek, Y. / Kim, J. / Ahn, J. / Jo, I. / Hong, S. / Ryu, S. / Ha, N.C.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
B: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
C: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
D: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,56561
ポリマ－196,0834
非ポリマー6,48257
水00
1
A: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
B: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,36432
ポリマ－98,0422
非ポリマー3,32230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10730 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area34590 Å2
手法PISA
2
C: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
D: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,20129
ポリマ－98,0422
非ポリマー3,16027
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10550 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.498, 189.261, 94.933
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.434, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region / Flavoprotein disulfide reductase


分子量: 49020.754 Da / 分子数: 4 / 変異: C43S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
株: BL21(DE3) / 遺伝子: ECBD_3354 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A140ND83, UniProt: P77212*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物...
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris HCl (pH 5.8), 28 % pentaerythrytol ethoxylate (15/4_EO/OH), 5 mM CuSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 45601 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.4 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2029 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.288

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KGY

6kgy


解像度: 3→46.61 Å / SU ML: 0.3745 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 25.1906
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 2022 4.47 %
Rwork0.2081 --
obs0.2103 45241 91.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13547 0 265 0 13812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002614052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.516819115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04372211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00282476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.859310758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.060.3261120.25922362X-RAY DIFFRACTION70.16
3.06-3.150.30191400.25192775X-RAY DIFFRACTION82.7
3.15-3.240.34491220.2492896X-RAY DIFFRACTION86.77
3.24-3.340.2791440.23032968X-RAY DIFFRACTION89.3
3.34-3.460.32541480.22443011X-RAY DIFFRACTION88.99
3.46-3.60.2891300.21293072X-RAY DIFFRACTION91.33
3.6-3.770.26641450.20943094X-RAY DIFFRACTION91.99
3.77-3.960.24351470.20653166X-RAY DIFFRACTION94.5
3.96-4.210.2451520.18933246X-RAY DIFFRACTION96.56
4.21-4.540.22591520.18263303X-RAY DIFFRACTION97.27
4.54-4.990.23841570.17473274X-RAY DIFFRACTION98.25
4.99-5.710.23151500.20793318X-RAY DIFFRACTION98.13
5.71-7.190.25571630.22533338X-RAY DIFFRACTION98.43
7.19-46.610.22061600.20253396X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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