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- PDB-6ko5: Complex structure of Ghrelin receptor with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ko5
タイトルComplex structure of Ghrelin receptor with Fab
要素
  • Chimera of Soluble cytochrome b562 and Growth hormone secretagogue receptor type 1
  • Fab7881 Heavy Chain
  • Fab7881 Light Chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR / GHRELIN / ANTAGONIST-BOUND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


growth hormone secretagogue receptor activity / regulation of hindgut contraction / regulation of growth hormone secretion / positive regulation of small intestinal transit / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / growth hormone-releasing hormone receptor activity / regulation of gastric motility / response to follicle-stimulating hormone / regulation of transmission of nerve impulse / ghrelin secretion ...growth hormone secretagogue receptor activity / regulation of hindgut contraction / regulation of growth hormone secretion / positive regulation of small intestinal transit / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / growth hormone-releasing hormone receptor activity / regulation of gastric motility / response to follicle-stimulating hormone / regulation of transmission of nerve impulse / ghrelin secretion / positive regulation of appetite / growth hormone secretion / negative regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / negative regulation of macrophage apoptotic process / positive regulation of eating behavior / adult feeding behavior / negative regulation of appetite / actin polymerization or depolymerization / positive regulation of multicellular organism growth / cellular response to thyroid hormone stimulus / response to growth hormone / regulation of postsynapse organization / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / response to L-glutamate / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of interleukin-1 beta production / response to food / positive regulation of fatty acid metabolic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to dexamethasone / regulation of synapse assembly / positive regulation of sprouting angiogenesis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / negative regulation of interleukin-6 production / peptide hormone binding / decidualization / negative regulation of tumor necrosis factor production / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to hormone / hormone-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / synaptic membrane / Peptide ligand-binding receptors / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / negative regulation of inflammatory response / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / spermatogenesis / G alpha (q) signalling events / learning or memory / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane raft / iron ion binding / heme binding / glutamatergic synapse / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Growth hormone secretagogue receptor/motilin receptor / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Growth hormone secretagogue receptor/motilin receptor / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8QX / Soluble cytochrome b562 / Growth hormone secretagogue receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shiimura, Y. / Horita, S. / Asada, H. / Hirata, K. / Iwata, S. / Kojima, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of an antagonist-bound ghrelin receptor reveals possible ghrelin recognition mode.
著者: Shiimura, Y. / Horita, S. / Hamamoto, A. / Asada, H. / Hirata, K. / Tanaka, M. / Mori, K. / Uemura, T. / Kobayashi, T. / Iwata, S. / Kojima, M.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera of Soluble cytochrome b562 and Growth hormone secretagogue receptor type 1
H: Fab7881 Heavy Chain
L: Fab7881 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9894
ポリマ－95,5003
非ポリマー4891
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)253.760, 44.750, 94.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chimera of Soluble cytochrome b562 and Growth hormone secretagogue receptor type 1 / Cytochrome b-562 / GHS-R / GH-releasing peptide receptor / GHRP / Ghrelin receptor


分子量: 47888.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, GHSR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q92847
#2: 抗体 Fab7881 Heavy Chain


分子量: 23331.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab7881 Light Chain


分子量: 24278.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-8QX / 6-(4-bromanyl-2-fluoranyl-phenoxy)-2-methyl-3-[[(3~{S})-1-propan-2-ylpiperidin-3-yl]methyl]pyrido[3,2-d]pyrimidin-4-one


分子量: 489.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26BrFN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM MES (pH6.6-7.0), 400 mM potassium acetate and 36-40% polyethylene glycol (PEG) 300.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49.421 Å / Num. obs: 16374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 36.167 % / Biso Wilson estimate: 74.16 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.874 / Rrim(I) all: 0.887 / Χ2: 1.218 / Net I/σ(I): 10.26 / Num. measured all: 592198 / Scaling rejects: 677
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.3-3.536.6944.3841.794780258625830.6784.44599.9
3.5-3.7337.1252.5052.8990510243624380.8552.539100.1
3.73-4.0237.3821.7574.6183699224022390.9241.781100
4.02-4.436.8841.0127.5176608207720770.9541.026100
4.4-4.936.3280.611.8168878189918960.9820.60999.8
4.9-5.6233.3930.47713.3557636172517260.9830.484100.1
5.62-6.832.8550.4313.647442144414440.9870.436100
6.8-9.2737.9450.24327.5244661117811770.9960.24699.9
9.27-49.42135.2440.1941.7279848007940.9970.19399.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S0V

4s0v


解像度: 3.3→49.421 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 849 5.19 %
Rwork0.2105 --
obs0.2131 16355 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 266.37 Å2 / Biso mean: 81.4096 Å2 / Biso min: 32.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→49.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6512 0 31 0 6543
Biso mean--66.63 --
残基数----835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5059114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7523996
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.3001-3.50680.31221260.27792572
3.5068-3.77740.34931350.24762561
3.7774-4.15740.27941420.21612539
4.1574-4.75860.24721540.18942552
4.7586-5.99360.24121410.1872596
5.9936-49.4210.21411510.20042686
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.19135.0661.56266.7341-0.5193.3902-0.45251.0440.4563-0.15750.56460.44280.09290.5595-0.24290.7798-0.12550.17271.2009-0.17061.318440.068-47.66-19.471
22.68492.092-1.61671.8559-1.35645.01451.0225-2.18042.5410.598-0.39960.3964-1.51181.3281-0.93592.29390.62860.80951.7204-0.19751.236139.283-29.14-9.845
33.098-3.19960.54174.75331.73473.7333-0.26031.1226-2.654-0.9748-0.5370.82880.23460.14990.38881.77280.484-0.47771.5222-0.39772.129645.05-23.262-7.693
42.13530.8410.06721.8149-3.27977.60310.24721.1483-1.65540.7268-0.2134-0.55551.67680.58890.01520.896-0.0466-0.0851.3257-0.51491.514149.692-43.468-12.386
52.29980.53731.53432.05560.59781.15590.6061-1.4208-0.15620.427-0.2747-0.1591-0.34580.4295-0.41271.0443-0.25460.22951.4460.04710.822742.645-49.928-8.979
60.8523-0.33540.65124.3982-0.51972.1512-0.1762-0.1592-0.3321-0.01020.35180.2840.3029-0.1417-0.14670.3683-0.0031-0.09350.67510.11070.3626-3.342-23.1859.96
72.0572-1.1022.14957.78280.21082.50310.9829-0.2823-1.1977-1.3345-1.529-0.55110.73341.00290.42460.78930.42210.0081.64490.33281.2566-28.181-11.30721.819
83.0494-0.85730.76833.1315-0.9093.71820.25750.08570.2581-0.17260.11020.53160.0343-0.5655-0.04830.38060.1349-0.04080.77320.32160.4491-12.017-9.89911.623
98.6223-0.5564-1.49962.4003-0.63910.48420.3809-0.2382-0.4978-0.497-0.1021-0.38620.15580.1043-0.29380.54440.10630.06190.7024-0.01110.423320.395-13.3327.138
105.77566.0008-5.77377.4219-4.55627.05030.7911-1.69880.05010.6846-0.6866-0.0115-0.43770.8284-0.06350.51640.1704-0.05320.67560.13660.3009-0.777-13.63225.126
118.0520.43684.46192.46821.15023.4235-1.38811.19341.01020.1239-0.2334-0.44380.0611.63111.57660.99140.21520.10820.75220.34891.0416-31.323-29.88638.074
124.1496-0.7056-1.11752.7431-0.1583.8091-0.157-0.1957-0.71920.14920.058-0.22760.36210.1283-0.00640.60980.1515-0.03630.71760.28160.3205-6.6-24.3823.812
138.15794.9647-0.08417.40471.16814.3294-0.5735-0.46250.2921-0.03190.6157-0.2194-0.3358-0.1735-0.07550.49540.0884-0.0070.57420.0930.60782.111-28.91617.684
146.66980.4251-4.25112.10361.13043.652-0.4847-0.4822-0.2199-0.1852-0.18570.33591.17990.4060.67870.91170.1321-0.08420.87210.31890.777-21.449-35.9258.04
154.0523-0.8534-2.15975.347-0.37283.58840.07840.46030.0545-0.7397-0.2686-0.2127-0.3036-0.33780.14820.86980.07320.00630.53220.07120.3295-45.49-21.23346.652
160.69750.1319-0.70920.38510.53591.72030.04190.2614-0.3097-0.4157-0.17550.4663-0.5717-0.4046-0.01120.62560.129-0.17380.49220.16920.6776-56.007-14.18860.577
172.9194-2.78342.77316.2427-1.68866.9091-0.3991-0.24620.51960.8922-0.34210.4136-0.3765-0.07790.09170.4775-0.05980.05120.4713-0.04490.5161-60.544-13.24185.152
181.8235-0.17631.71015.9348-0.01268.40620.01250.12730.471-0.161-0.3687-0.0215-0.34010.4560.31430.32480.08410.02730.35390.02750.6076-56.236-11.01275.805
195.3590.2638-2.35453.6383-0.24528.1848-0.34050.1124-0.3414-0.6518-0.1648-0.36470.31590.46080.45410.77040.10940.06690.33850.06160.6033-40.107-41.25157.92
202.5708-1.3265-3.00021.86782.76974.6939-0.13330.04720.0178-0.1958-0.11720.43790.2059-0.08240.19180.4872-0.0087-0.00310.24720.02870.6251-53.853-28.18971.515
213.7857-4.6426-1.08926.21870.56334.84290.4592-0.1805-1.1593-0.5445-0.63950.80640.1785-0.07260.15470.4534-0.1437-0.01080.5989-0.01870.7969-65.039-27.64279.446
224.769-4.52170.09084.6954-1.51226.738-0.5857-0.7986-0.17690.48840.32870.8806-0.3193-1.2830.10450.3727-0.03980.02990.7136-0.10610.8979-71.326-20.3786.194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1002:1042 )A1002 - 1042
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 1043:1048 )A1043 - 1048
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1049:1055 )A1049 - 1055
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 1056:1081 )A1056 - 1081
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1082:1106 )A1082 - 1106
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 39:146 )A39 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 147:156 )A147 - 156
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 157:174 )A157 - 174
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 175:200 )A175 - 200
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 201:239 )A201 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 240:253 )A240 - 253
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 254:289 )A254 - 289
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 290:326 )A290 - 326
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 327:339 )A327 - 339
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN H AND RESID 1:105 )H1 - 105
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN H AND RESID 106:129 )H106 - 129
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN H AND RESID 130:150 )H130 - 150
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN H AND RESID 151:218 )H151 - 218
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 1:81 )L1 - 81
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN L AND RESID 82:144 )L82 - 144
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN L AND RESID 145:177 )L145 - 177
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN L AND RESID 178:219 )L178 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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