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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kna | ||||||
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タイトル | Viral Ubiquitin from Autographa californica Nucleo Polyhedrosis Virus | ||||||
要素 | Viral ubiquitin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 2.1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / host cell nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Negi, H. / Reddy, P.P. / Das, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020 タイトル: A novel polyubiquitin chain linkage formed by viral Ubiquitin is resistant to host deubiquitinating enzymes. 著者: Negi, H. / Reddy, P.P. / Vengayil, V. / Patole, C. / Laxman, S. / Das, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kna.cif.gz | 540.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kna.ent.gz | 461.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kna_validation.pdf.gz | 458.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kna_full_validation.pdf.gz | 578.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kna_validation.xml.gz | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kna_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/6kna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/6kna | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8501.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) 遺伝子: Ac-v-ubi, LO84_035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N7CSW3, UniProt: P16709*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Viral Ubiquitin protein, 90% H2O/10% D2O Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.7 mM / 構成要素: Viral Ubiquitin protein / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 25 mM / Label: conditions_1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |