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- PDB-1gxu: Hydrogenase Maturation Protein HypF "acylphosphatase-like" N-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxu
タイトルHydrogenase Maturation Protein HypF "acylphosphatase-like" N-terminal domain (HypF-ACP) in complex with a substrate. Crystal grown in the presence of carbamoylphosphate
要素HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF
キーワードPHOSPHATASE / ACYLPHOSPHATASES / HYDROGENASE MATURATIONS / FIBRIL FORMATION / ZINC-FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-S結合を形成 / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ATPase complex / ligase activity / protein maturation / double-stranded RNA binding / protein-containing complex assembly / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyltransferase, HypF-type / Zinc finger, HypF-type / HypF, Kae1-like domain / HypF finger / HypF Kae1-like domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site ...Carbamoyltransferase, HypF-type / Zinc finger, HypF-type / HypF, Kae1-like domain / HypF finger / HypF Kae1-like domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROGENPHOSPHATE ION / Carbamoyltransferase HypF
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Rosano, C. / Zuccotti, S. / Stefani, M. / Bucciantini, M. / Ramponi, G. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure and Anion Binding in the Prokaryotic Hydrogenase Maturation Factor Hypf Acylphosphatase-Like Domain
著者: Rosano, C. / Zuccotti, S. / Bucciantini, M. / Stefani, M. / Ramponi, G. / Bolognesi, M.
履歴
登録2002年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5022
ポリマ－10,4051
非ポリマー971
水1,964109
1
A: HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,01112
ポリマ－62,4296
非ポリマー5826
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.994, 57.994, 156.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 HYDROGENASE MATURATION PROTEIN HYPF


分子量: 10404.901 Da / 分子数: 1 / 断片: ACYLPHOSPHATASE-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-91 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P30131
#2: 化合物 ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / りん酸二水素アニオン


分子量: 96.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O4P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130.0 %(w/v)PEG40001reservoir
2100 mMsodium acetate1reservoirpH5.5
38.0 mg/mlprotein1drop
410.0 %(v/v)glycerol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→30 Å / Num. obs: 27134 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 35.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 292257
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 35.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.27→10 Å / SU B: 0.595 / SU ML: 0.029 / ESU R Free: 0.038
詳細: IN THE ACTIVE SITE, WE ARE ABLE TO SEE ONLY THE PHOSPHATE MOIETY OF CARBAMOYLPHOSPHATE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 1352 5 %RANDOM
Rwork0.131 ---
obs0.133 25674 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20.31 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数710 0 5 109 824
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.1613 / Rfactor Rwork: 0.1315
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.881
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.019
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.271 Å / 最低解像度: 1.303 Å / Rfactor Rfree: 0.203 / Rfactor Rwork: 0.212 / Num. reflection Rwork: 1856 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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