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万見
- PDB-1ql4: Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ql4
タイトルStructure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state
要素CYTOCHROME C552
キーワードELECTRON TRANSPORT PROTEIN (CYTOCHROME) / ELECTRON TRANSFER / OXIDISED
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Harrenga, A. / Reincke, B. / Rueterjans, H. / Ludwig, B. / Michel, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the Soluble Domain of Cytochrome C552 from Paracoccus Denitrificans in the Oxidized and Reduced States
著者: Harrenga, A. / Reincke, B. / Rueterjans, H. / Ludwig, B. / Michel, H.
履歴
登録1999年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C552
B: CYTOCHROME C552
C: CYTOCHROME C552
D: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1658
ポリマ－41,6914
非ポリマー2,4744
水9,908550
1
A: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0412
ポリマ－10,4231
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0412
ポリマ－10,4231
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0412
ポリマ－10,4231
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0412
ポリマ－10,4231
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.660, 54.700, 142.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME C552


分子量: 10422.782 Da / 分子数: 4 / 断片: SOLUBLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PARACOCCUS DENITRIFICANS (バクテリア)
細胞内の位置: MEMBRANE-BOUND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P54820
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.50
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mMcytchrome1drop
210 mMTris-HCl1drop
320 mM1dropNaCl
450 mMsodium acetate1reservoir
522.0-22.5 %PEG15001reservoir
610 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0972, 1.7370
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.09721
21.7371
反射解像度: 1.5→15 Å / Num. obs: 67817 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 15 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. measured all: 241918 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.3位相決定
SHARP位相決定
CNS0.3精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 6850 10.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 67732 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: USED
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.15 Å20 Å20 Å2
2---4.81 Å20 Å2
3---0.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 172 550 3650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.572.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 1123 10.1 %
Rwork0.336 10002 -
obs--99.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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