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万見
- PDB-6kml: 2.09 Angstrom resolution crystal structure of tetrameric HigBA to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kml
タイトル2.09 Angstrom resolution crystal structure of tetrameric HigBA toxin-antitoxin complex from E.coli
要素
  • Antitoxin HigA
  • mRNA interferase toxin HigB
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / Toxin-antitoxin complex / HigBA / endoribonuclease / protein-protein complex / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / regulation of growth / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of mRNA stability / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Toxin-antitoxin system, mRNA interferase HigB / HigB_toxin, RelE-like toxic component of a toxin-antitoxin system / Antitoxin HigA / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA interferase toxin HigB / Antitoxin HigA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Jadhav, P. / Sinha, V.K. / Rothweiler, U. / Singh, M.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India) インド
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: 2.09 angstrom Resolution structure of E. coli HigBA toxin-antitoxin complex reveals an ordered DNA-binding domain and intrinsic dynamics in antitoxin.
著者: Jadhav, P.V. / Sinha, V.K. / Chugh, S. / Kotyada, C. / Bachhav, D. / Singh, R. / Rothweiler, U. / Singh, M.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA interferase toxin HigB
B: Antitoxin HigA
C: mRNA interferase toxin HigB
D: Antitoxin HigA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3704
ポリマ－57,3704
非ポリマー00
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.378, 85.873, 59.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 1 through 65 or resid 67 through 138))
21(chain D and (resid 1 through 65 or resid 67 through 138))
12(chain A and ((resid -2 and (name N or name...
22(chain C and (resid -2 through 87 or (resid 88...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 65 or resid 67 through 138))BB1 - 651 - 65
121PHEPHEASPASP(chain B and (resid 1 through 65 or resid 67 through 138))BB67 - 13867 - 138
211METMETPROPRO(chain D and (resid 1 through 65 or resid 67 through 138))DD1 - 651 - 65
221PHEPHEASPASP(chain D and (resid 1 through 65 or resid 67 through 138))DD67 - 13867 - 138
112GLNGLNGLNGLN(chain A and ((resid -2 and (name N or name...AA-212
122GLNGLNTHRTHR(chain A and ((resid -2 and (name N or name...AA-2 - 10012 - 114
132GLNGLNTHRTHR(chain A and ((resid -2 and (name N or name...AA-2 - 10012 - 114
142GLNGLNTHRTHR(chain A and ((resid -2 and (name N or name...AA-2 - 10012 - 114
152GLNGLNTHRTHR(chain A and ((resid -2 and (name N or name...AA-2 - 10012 - 114
212GLNGLNTHRTHR(chain C and (resid -2 through 87 or (resid 88...CC-2 - 8712 - 101
222HISHISHISHIS(chain C and (resid -2 through 87 or (resid 88...CC88102
232GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid -2 through 87 or (resid 88...CC-2 - 10212 - 116
242GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid -2 through 87 or (resid 88...CC-2 - 10212 - 116
252GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid -2 through 87 or (resid 88...CC-2 - 10212 - 116
262GLNGLNGLYGLY(chain C and (resid -2 through 87 or (resid 88...CC-2 - 10212 - 116

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 mRNA interferase toxin HigB / Endoribonuclease HigB / Toxin HigB


分子量: 13676.759 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: higB, ygjN, b3083, JW3054 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P64578, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin HigA


分子量: 15008.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: higA, ygjM, b3082, JW3053 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P67701
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M KCl, 0.05M Tris-Cl pH 7.5, 0.05M MgCl2, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→48.852 Å / Num. obs: 32973 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.449 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.75
反射 シェル解像度: 2.095→2.105 Å / Num. unique obs: 939 / CC1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFG

5ifg


解像度: 2.095→48.852 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 1647 5 %
Rwork0.1952 --
obs0.1973 32963 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.93 Å2 / Biso mean: 52.3921 Å2 / Biso min: 28.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.095→48.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3773 0 0 197 3970
Biso mean---52.97 -
残基数----484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9315204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7422597
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B1206X-RAY DIFFRACTION10.322TORSIONAL
12D1206X-RAY DIFFRACTION10.322TORSIONAL
21A886X-RAY DIFFRACTION10.322TORSIONAL
22C886X-RAY DIFFRACTION10.322TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.095-2.15620.46431300.3621246993
2.1562-2.22580.3371370.3135261097
2.2258-2.30540.32131370.2797259597
2.3054-2.39770.31481380.2461263298
2.3977-2.50680.30231390.2382262898
2.5068-2.6390.26761370.2247263298
2.639-2.80430.26031350.2278257096
2.8043-3.02080.27891400.219265599
3.0208-3.32470.25851390.2069264398
3.3247-3.80560.22611370.1904260496
3.8056-4.7940.17151390.1515263997
4.794-48.8520.19281390.1522263996
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -112.3483 Å / Origin y: -73.615 Å / Origin z: 130.4975 Å
111213212223313233
T0.3609 Å20.0544 Å2-0.0132 Å2-0.2775 Å20.0181 Å2--0.3138 Å2
L0.5909 °20.293 °2-0.3517 °2-0.5568 °20.0221 °2--0.8867 °2
S0.0457 Å °-0.0166 Å °-0.0226 Å °0.0672 Å °-0.0042 Å °0.0208 Å °0.0231 Å °0.0408 Å °-0.0351 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-2 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 138
3X-RAY DIFFRACTION1allC-2 - 102
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 138
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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