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- PDB-6km7: The structural basis for the internal interaction in RBBP5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6km7
タイトルThe structural basis for the internal interaction in RBBP5
要素(Retinoblastoma-binding protein ...) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / Histone methyltransferase / MLL1 complex / RBBP5 / histone methylation / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex ...Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to estrogen / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Han, J. / Li, T. / Chen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31470737 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019
タイトル: The internal interaction in RBBP5 regulates assembly and activity of MLL1 methyltransferase complex.
著者: Jianming Han / Tingting Li / Yanjing Li / Muchun Li / Xiaoman Wang / Chao Peng / Chen Su / Na Li / Yiwen Li / Ying Xu / Yong Chen /
要旨: The Mixed Lineage Leukemia protein 1 (MLL1) plays an essential role in the maintenance of the histone H3 lysine 4 (H3K4) methylation status for gene expression during differentiation and development. ...The Mixed Lineage Leukemia protein 1 (MLL1) plays an essential role in the maintenance of the histone H3 lysine 4 (H3K4) methylation status for gene expression during differentiation and development. The methyltransferase activity of MLL1 is regulated by three conserved core subunits, WDR5, RBBP5 and ASH2L. Here, we determined the structure of human RBBP5 and demonstrated its role in the assembly and regulation of the MLL1 complex. We identified an internal interaction between the WD40 propeller and the C-terminal distal region in RBBP5, which assisted the maintenance of the compact conformation of the MLL1 complex. We also discovered a vertebrate-specific motif in the C-terminal distal region of RBBP5 that contributed to nucleosome recognition and methylation of nucleosomes by the MLL1 complex. Our results provide new insights into functional conservation and evolutionary plasticity of the scaffold protein RBBP5 in the regulation of KMT2-family methyltransferase complexes.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-binding protein 5
B: Retinoblastoma-binding protein 5
C: Retinoblastoma-binding protein 5
D: Retinoblastoma-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,01515
ポリマ－85,3554
非ポリマー1,66011
水8,629479
1
A: Retinoblastoma-binding protein 5
C: Retinoblastoma-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4786
ポリマ－42,6782
非ポリマー8014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
2
B: Retinoblastoma-binding protein 5
D: Retinoblastoma-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5369
ポリマ－42,6782
非ポリマー8597
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.571, 68.841, 72.788
Angle α, β, γ (deg.)99.240, 99.310, 113.810
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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Retinoblastoma-binding protein ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Retinoblastoma-binding protein 5 / WD40 propeller / RBBP-5 / Retinoblastoma-binding protein RBQ-3


分子量: 35182.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP5, RBQ3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q15291
#2: タンパク質 Retinoblastoma-binding protein 5 / RBBP-5 / Retinoblastoma-binding protein RBQ-3


分子量: 7495.291 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal distal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP5, RBQ3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q15291

-
非ポリマー , 5種, 490分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-Na, pH 7.5, 2% w/v PEG 400, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 86928 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 22.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.525 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 583704
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.865.50.42180550.9110.1860.4620.5189.2
1.86-1.945.90.33684830.9370.1450.3670.54594.5
1.94-2.036.20.26987600.960.1160.2930.5796.5
2.03-2.136.60.2187260.9770.0880.2280.63596.9
2.13-2.277.10.17587590.9850.0710.1890.7697.4
2.27-2.4470.14688500.9870.0590.1580.91897.6
2.44-2.697.10.11388130.990.0450.1220.93697.5
2.69-3.087.20.08388570.9940.0330.0891.16798.2
3.08-3.887.20.0688600.9950.0240.0652.28197.9
3.88-507.20.06187650.9870.0250.0656.07997.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データスケーリング
SHARP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→34.772 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.23 / 位相誤差: 17.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1943 4354 5.01 %
Rwork0.1649 --
obs0.1664 86883 96.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.63 Å2 / Biso mean: 32.2039 Å2 / Biso min: 10.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.801→34.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5382 0 168 479 6029
Biso mean--59.17 41.54 -
残基数----682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9627570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9613342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.801-1.82150.30471120.2657238384
1.8215-1.84290.28771220.2502256590
1.8429-1.86540.27251300.2341266092
1.8654-1.8890.27231530.2247262193
1.889-1.91390.22361450.1989274695
1.9139-1.94010.24051380.1955268595
1.9401-1.96780.22021480.1862283396
1.9678-1.99720.18181390.178274997
1.9972-2.02840.20361580.1746274496
2.0284-2.06160.21131350.1695275397
2.0616-2.09720.19271430.1635274697
2.0972-2.13530.21241430.168281997
2.1353-2.17630.18391390.1667278897
2.1763-2.22080.19751720.1699276697
2.2208-2.2690.17661660.1594273497
2.269-2.32180.21341640.1652281998
2.3218-2.37990.20931590.1682278998
2.3799-2.44420.22521380.1691278997
2.4442-2.51610.22061540.1696274996
2.5161-2.59730.18691690.1602279198
2.5973-2.69010.19881280.1598282798
2.6901-2.79770.19341450.1588281998
2.7977-2.9250.18721410.1626281598
2.925-3.07910.20431270.1679281198
3.0791-3.27190.1931380.1593277696
3.2719-3.52430.18461420.1515282599
3.5243-3.87860.15241610.1452283099
3.8786-4.43880.17181530.1403280198
4.4388-5.58870.16861420.1467275997
5.5887-34.7720.20961500.1882273796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14240.12820.00311.17920.31882.40530.0224-0.02990.14430.04960.01140.0627-0.1816-0.1183-0.02330.13020.01410.01830.08360.00320.158131.242380.37223.6308
22.0716-0.6091.5450.6808-0.69023.96490.17220.2157-0.1629-0.1795-0.0946-0.05230.3330.3409-0.04770.17080.01710.00130.1822-0.02510.18947.935369.2994-6.0234
33.1595-1.4709-0.13792.4387-0.2153.1026-0.0409-0.383-0.0510.18080.083-0.18910.01210.254-0.04250.1266-0.0284-0.02830.168-0.01050.165248.344174.446513.9931
40.79340.07490.35471.2518-0.71723.229-0.0233-0.02390.05120.03870.03840.0091-0.0287-0.0648-0.01340.09180.03110.01280.1319-0.01490.14417.332160.048427.3068
51.23160.59060.18931.86731.29834.86510.0392-0.1149-0.22590.25130.0918-0.02860.7309-0.0895-0.07050.2916-0.0301-0.03250.1670.01970.192413.81339.696235.7083
60.6434-0.0961.28934.2472-0.52572.6288-0.01080.0269-0.2599-0.42430.28620.11620.5688-0.3619-0.14320.2623-0.1089-0.03810.21190.01490.201210.412944.992216.5047
79.02510.7962-2.14864.16432.57845.45950.30330.03681.04170.09380.32520.4926-1.5093-0.075-0.61940.59480.06240.03610.2166-0.010.426933.623996.58366.6916
83.7022-4.0685-4.0534.49374.47784.4830.08630.10210.63580.0656-0.04650.5758-0.4208-1.1329-0.04940.26270.0486-0.0280.49090.00010.409216.58177.5642-6.2426
91.25290.4986-0.70895.79340.96697.50910.0349-0.0184-0.3651-0.3915-0.03310.75150.9951-0.8809-0.01830.3405-0.1109-0.02530.3161-0.03340.279123.165362.8499-8.1863
102.3190.75142.02675.2936-1.49467.24370.29590.0128-0.85030.0314-0.2558-0.61390.8334-0.1549-0.03730.34770.01090.02470.26830.02120.291229.469661.34595.2832
116.89744.23833.80754.46341.18324.9736-0.43870.0540.37060.07550.50680.244-0.54890.3923-0.24290.74980.03270.03260.8162-0.02990.76019.760173.483823.6816
127.0837-4.29890.93143.4549-2.50544.611-0.06480.35960.52960.2556-0.4237-0.6677-0.46940.95550.40.2967-0.0758-0.09630.47880.00820.284732.646862.505436.6618
135.76892.15271.6432.78851.17083.48990.61090.2726-1.3332-0.4187-0.2761-0.98681.11681.5369-0.27660.45060.22520.0540.491-0.00890.471733.169850.798424.4111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 144 )A12 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 145 through 270 )A145 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 271 through 324 )A271 - 324
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 12 through 164 )B12 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 165 through 253 )B165 - 253
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 254 through 323 )B254 - 323
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 396 through 404 )C396 - 404
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 452 through 456 )C452 - 456
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 457 through 466 )C457 - 466
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 467 through 474 )C467 - 474
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 397 through 450 )D397 - 450
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 451 through 465 )D451 - 465
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 466 through 474 )D466 - 474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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