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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kln | ||||||
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タイトル | F-actin of cardiac thin filament in high-calcium state | ||||||
![]() | Actin, alpha skeletal muscle | ||||||
![]() | CONTRACTILE PROTEIN / Cardiac thin filament | ||||||
機能・相同性 | ![]() skeletal muscle fiber adaptation / Striated Muscle Contraction / : / : / response to steroid hormone / mesenchyme migration / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / response to mechanical stimulus ...skeletal muscle fiber adaptation / Striated Muscle Contraction / : / : / response to steroid hormone / mesenchyme migration / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / response to mechanical stimulus / stress fiber / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Oda, T. / Yanagisawa, H. / Wakabayashi, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of cardiac thin filaments reveal the 3D architecture of troponin. 著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Takeyuki Wakabayashi / ![]() 要旨: Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been ...Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been elusive due to its high structural heterogeneity. In this study, we analyzed the 3D structures of murine cardiac thin filaments using a cryo-electron microscope equipped with a Volta phase plate (VPP). Contrast enhancement by a VPP enabled us to reconstruct the entire repeat of the thin filament. We determined the orientation of troponin relative to F-actin and tropomyosin, and characterized the interactions between troponin and tropomyosin. This study provides a structural basis for understanding the molecular mechanism of actomyosin system. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 255.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 216.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0712MC ![]() 0711C ![]() 0714C ![]() 0715C ![]() 0717C ![]() 0718C ![]() 0796C ![]() 0797C ![]() 0798C ![]() 0799C ![]() 0802C ![]() 0804C ![]() 0805C ![]() 0806C ![]() 0807C ![]() 0808C ![]() 6kllC ![]() 6klpC ![]() 6klqC ![]() 6kltC ![]() 6kluC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41875.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cardiac thin filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 100 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15_3459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255620 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6DJO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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