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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6klt | ||||||
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タイトル | Troponin of cardiac thin filament in low-calcium state | ||||||
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![]() | CONTRACTILE PROTEIN / Cardiac thin filament | ||||||
機能・相同性 | ![]() atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / Striated Muscle Contraction / troponin C binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril ...atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / Striated Muscle Contraction / troponin C binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / cardiac myofibril / troponin complex / regulation of muscle contraction / regulation of smooth muscle contraction / negative regulation of ATP-dependent activity / positive regulation of ATP-dependent activity / transition between fast and slow fiber / Ion homeostasis / muscle filament sliding / response to metal ion / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / sarcomere organization / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of heart contraction / tropomyosin binding / troponin I binding / myofibril / striated muscle thin filament / sarcoplasm / vasculogenesis / striated muscle contraction / calcium channel inhibitor activity / cardiac muscle contraction / muscle contraction / sarcomere / response to bacterium / structural constituent of cytoskeleton / intracellular calcium ion homeostasis / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin binding / heart development / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å | ||||||
![]() | Oda, T. / Yanagisawa, H. / Wakabayashi, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of cardiac thin filaments reveal the 3D architecture of troponin. 著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Takeyuki Wakabayashi / ![]() 要旨: Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been ...Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been elusive due to its high structural heterogeneity. In this study, we analyzed the 3D structures of murine cardiac thin filaments using a cryo-electron microscope equipped with a Volta phase plate (VPP). Contrast enhancement by a VPP enabled us to reconstruct the entire repeat of the thin filament. We determined the orientation of troponin relative to F-actin and tropomyosin, and characterized the interactions between troponin and tropomyosin. This study provides a structural basis for understanding the molecular mechanism of actomyosin system. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 726.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 739.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0717MC ![]() 0711C ![]() 0712C ![]() 0714C ![]() 0715C ![]() 0718C ![]() 0796C ![]() 0797C ![]() 0798C ![]() 0799C ![]() 0802C ![]() 0804C ![]() 0805C ![]() 0806C ![]() 0807C ![]() 0808C ![]() 6kllC ![]() 6klnC ![]() 6klpC ![]() 6klqC ![]() 6kluC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: Unaligned multiframe micrographs of cardiac myofilaments in low calcium state [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16644.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 8735.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 13524.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
#4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | Residue GLU 32 could not be modeled due to low resolution. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: F-actin of cardiac thin filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1100 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 12 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 515775 詳細: Resolution was estimated based on the comparison between the map and the model-derived map. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4Y99 Accession code: 4Y99 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |