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- PDB-6kl6: Crystal structure of MERS-CoV N-NTD complexed with 5-Benzyloxygramine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kl6
タイトルCrystal structure of MERS-CoV N-NTD complexed with 5-Benzyloxygramine
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Middle East respiratory syndrome coronavirus / nucleocapsid protein / N-terminal domain / 5-BENZYLOXYGRAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / viral capsid / host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DJU / N / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Hou, M.H. / Lin, S.M. / Wang, Y.S. / Hsu, J.N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Stabilization of Non-native Protein-Protein Interactions of Coronavirus Nucleocapsid Proteins in Antiviral Drug Design.
著者: Lin, S.M. / Lin, S.C. / Hsu, J.N. / Chang, C.K. / Chien, C.M. / Wang, Y.S. / Wu, H.Y. / Jeng, U.S. / Kehn-Hall, K. / Hou, M.H.
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7035
ポリマ－63,4224
非ポリマー2801
水1,982110
1
A: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7112
ポリマ－31,7112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9913
ポリマ－31,7112
非ポリマー2801
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.489, 108.477, 91.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein


分子量: 15855.566 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0D3MU65, UniProt: K9N4V7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DJU / N,N-dimethyl-1-(5-phenylmethoxy-1H-indol-3-yl)methanamine / 5-Benzyloxygramine / 3-(ジメチルアミノメチル)-5-(ベンジルオキシ)-1H-インド-ル


分子量: 280.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mg/mL protein, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 75 mM NaCl, 70 mM MES, pH5.5, 37.5 M (NH4)2SO4, 14.5 % PEG 3350, 1 mM NaBr, 1 mM 5-Benzyloxygramine

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→30 Å / Num. obs: 17388 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.77-2.877.30.47717010.9220.190.5141.15899.4
2.87-2.987.20.32417520.9590.1290.3491.12499.4
2.98-3.126.80.21816700.980.090.2360.91899.3
3.12-3.286.50.14317820.9890.060.1560.90698.9
3.28-3.496.40.11117180.9910.0480.1210.93899.6
3.49-3.766.20.07517360.9940.0330.0830.97499.6
3.76-4.146.30.05217330.9960.0230.0570.965100
4.14-4.736.40.0417680.9960.0170.0440.88699.9
4.73-5.955.80.03217660.9970.0150.0350.69899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ収集
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J3K

4j3k


解像度: 2.77→29.394 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 25.65
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2707 1742 10.03 %RANDOM
Rwork0.2315 ---
obs0.2354 17363 99.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.2 Å2 / Biso mean: 35.3863 Å2 / Biso min: 9.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.77→29.394 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3549 0 41 110 3700
Biso mean--41.89 32.26 -
残基数----453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3395064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.9932102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.77-2.84150.33691410.2102124095
2.8415-2.93320.31871440.2102129299
2.9332-3.03790.33311410.2102129099
3.0379-3.15940.30651480.2102131699
3.1594-3.3030.27361410.2102128599
3.303-3.47690.28681410.21021302100
3.4769-3.69440.29511480.21021298100
3.6944-3.9790.2631470.21021339100
3.979-4.37820.24681480.21021313100
4.3782-5.0090.21021440.20671324100
5.009-6.30060.24961480.21021294100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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