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万見
- PDB-6kko: The crystal structure of SiaB-SiaC complex from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kko
タイトルThe crystal structure of SiaB-SiaC complex from Pseudomonas aeruginosa
要素
  • DUF1987 domain-containing protein
  • Putative serine phosphatase
キーワードGENE REGULATION / SiaB-SiaC complex / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF6272 / Family of unknown function (DUF6272) / SiaC family regulatory phosphoprotein / SiaC family regulatory phosphoprotein / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Biofilm formation regulator SiaD modulator protein SiaC / Putative serine phosphatase / ATP-binding protein / SiaC family regulatory phosphoprotein domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Gan, J.H. / Yang, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: The SiaA/B/C/D signaling network regulates biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Chen, G.K. / Gan, J.H. / Yang, C. / Zuo, Y.L. / Peng, J. / Li, M. / Huo, W.P. / Xie, Y.P. / Zhang, Y.N. / Wang, T.T. / Deng, X. / Liang, H.H.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative serine phosphatase
B: Putative serine phosphatase
C: DUF1987 domain-containing protein
D: DUF1987 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9508
ポリマ－70,0504
非ポリマー9004
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.618, 42.015, 96.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...
21(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...
12(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...
22(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUTHRTHR(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA6 - 147 - 15
121GLNGLNLEULEU(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA16 - 2017 - 21
131PHEPHESERSER(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA22 - 2723 - 28
141SERSERMSEMSE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA29 - 5330 - 54
151GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA2 - 1803 - 181
161GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA2 - 1803 - 181
171GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA2 - 1803 - 181
181GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA2 - 1803 - 181
191GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA2 - 1803 - 181
1101GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA2 - 1803 - 181
1111GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...AA2 - 1803 - 181
211LEULEUTHRTHR(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB6 - 147 - 15
221GLNGLNLEULEU(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB16 - 2017 - 21
231PHEPHESERSER(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB22 - 2723 - 28
241SERSERILEILE(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB0 - 1801 - 181
251SERSERILEILE(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB0 - 1801 - 181
261SERSERILEILE(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB0 - 1801 - 181
271SERSERILEILE(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB0 - 1801 - 181
281SERSERILEILE(chain B and (resseq 6:14 or resseq 16:20 or resseq...BB0 - 1801 - 181
112SERSERSERSER(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...CC0 - 251 - 26
122GLNGLNGLUGLU(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...CC27 - 3328 - 34
132SERSERSERSER(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...CC01
142SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...CC0 - 1261 - 127
152SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...CC0 - 1261 - 127
162SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...CC0 - 1261 - 127
172SERSERGLUGLU(chain C and (resseq 0:25 or resseq 27:33 or (resid...CC0 - 1261 - 127
212SERSERSERSER(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD0 - 251 - 26
222GLNGLNALAALA(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD27 - 5128 - 52
232GLYGLYGLYGLY(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD5354
242GLNGLNGLNGLN(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD5455
252SERSERASPASP(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD0 - 1251 - 126
262SERSERASPASP(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD0 - 1251 - 126
272SERSERASPASP(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD0 - 1251 - 126
282SERSERASPASP(chain D and (resseq 0:25 or resseq 27:51 or resseq...DD0 - 1251 - 126

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Putative serine phosphatase / SiaB


分子量: 20102.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A485GYA3, UniProt: Q9I6W1*PLUS
#2: タンパク質 DUF1987 domain-containing protein / SiaC


分子量: 14922.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the polypeptide is phosphorylated on thr (68) / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZHB4, UniProt: Q9I6W2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % / 解説: schistose
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→37.74 Å / Num. obs: 35956 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.099→2.23 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 10896 / CC1/2: 0.779 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.099→37.74 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 1646 4.61 %
Rwork0.2316 --
obs0.2338 35672 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.43 Å2 / Biso mean: 42.8974 Å2 / Biso min: 14.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.099→37.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4630 0 56 135 4821
Biso mean--62.8 41.38 -
残基数----591
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1284X-RAY DIFFRACTION7.414TORSIONAL
12B1284X-RAY DIFFRACTION7.414TORSIONAL
21C1114X-RAY DIFFRACTION7.414TORSIONAL
22D1114X-RAY DIFFRACTION7.414TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.1608 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3339 --
Rwork0.2954 --
obs-2695 97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.5396 Å / Origin y: 12.5397 Å / Origin z: 25.1139 Å
111213212223313233
T0.1918 Å2-0.0007 Å20.0018 Å2-0.135 Å20 Å2--0.175 Å2
L1.0205 °2-0.0062 °2-0.0001 °2-0.546 °20.0131 °2--0.4224 °2
S-0.0411 Å °0.113 Å °-0.0101 Å °-0.031 Å °0.0564 Å °-0.0329 Å °0.0042 Å °-0.0025 Å °-0.0203 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 180
3X-RAY DIFFRACTION1allC0 - 126
4X-RAY DIFFRACTION1allD0 - 125
5X-RAY DIFFRACTION1allE1001 - 2101
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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