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- PDB-6kk1: Structure of thermal-stabilised(M8) human GLP-1 receptor transmem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kk1
タイトルStructure of thermal-stabilised(M8) human GLP-1 receptor transmembrane domain
要素Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / seven-transmembrane / allosteric modulators / diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of heart contraction / response to psychosocial stress / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / viral release from host cell by cytolysis ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of heart contraction / response to psychosocial stress / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / viral release from host cell by cytolysis / cAMP-mediated signaling / negative regulation of blood pressure / peptidoglycan catabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-97Y / Endolysin / Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Song, G.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Mutagenesis facilitated crystallization of GLP-1R.
著者: Xu, Y. / Wang, Y. / Wang, Y. / Liu, K. / Peng, Y. / Yao, D. / Tao, H. / Liu, H. / Song, G.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
B: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1664
ポリマ－105,1342
非ポリマー1,0312
水1267
1
A: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0832
ポリマ－52,5671
非ポリマー5161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0832
ポリマ－52,5671
非ポリマー5161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.930, 67.350, 83.680
Angle α, β, γ (deg.)91.07, 90.10, 107.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / GLP-1R


分子量: 52567.238 Da / 分子数: 2
変異: I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HUMAN
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GLP1R / プラスミド: Pfastbac / Cell (発現宿主): SF9 / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P43220, UniProt: P00720
#2: 化合物 ChemComp-97Y / N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine


分子量: 515.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28F3N5O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.5 Å / Num. obs: 25859 / % possible obs: 77.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3446 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 70.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VEW

5vew


解像度: 2.8→49.504 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 39.29
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1136 4.4 %RAMDON SELECTION
Rwork0.2437 24660 --
obs0.2458 25796 77.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 271.17 Å2 / Biso mean: 90.7109 Å2 / Biso min: 30.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6617 0 74 7 6698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4419342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0971083
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1932337
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.92750.4003940.39712766286069
2.9275-3.08180.3461040.3712983308774
3.0818-3.27480.33891210.32632995311676
3.2748-3.52760.3141650.24993036320177
3.5276-3.88250.30071570.24213142329980
3.8825-4.4440.31521480.23373144329279
4.444-5.59770.24751540.21793271342582
5.5977-49.51160.27511930.21323323351685
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3054-0.06850.5533-0.0884-0.1471-0.0844-0.00210.0446-0.06970.01520.0063-0.022-0.0282-0.3465-00.3675-0.0060.03680.3157-0.02160.26666.115135.876843.3587
21.02740.1105-0.0389-0.1689-0.14210.18740.15950.2969-0.03640.08710.06410.0746-0.1319-0.059700.35880.0733-0.04840.45020.02370.351110.04827.39137.85
30.13570.03860.08660.0806-0.09350.0050.0821-0.15060.0436-0.15460.04110.05060.09830.274300.3447-0.0109-0.01030.47540.00560.4362-2.8668.159-1.073
4-0.55630.05520.24280.138-0.13-0.0776-0.21730.7666-0.0004-0.10620.4374-0.1447-0.48721.010100.3976-0.02250.05270.23730.01350.41952.69328.7423.522
5-0.02320.19790.13840.05490.0272-0.01010.0386-0.15670.05130.04140.06990.10510.2161-0.371700.4692-0.0223-0.040.2154-0.0210.368638.66926.322139.0456
60.00220.00070.1747-0.02810.08470.09780.409-0.49670.0358-0.0095-0.03910.0202-0.0376-0.012500.5506-0.06340.20420.602-0.11480.673437.4521.51138.502
70.26390.15430.24260.26370.04570.04260.1406-0.0667-0.09180.09540.06880.07040.277-0.3228-00.4347-0.115-0.01390.6330.09080.396347.6818.350.173
80.0043-0.0151-0.0558-0.0061-0.0334-0.0039-0.35020.4364-0.17890.22940.3007-0.27280.123-0.0400.4522-0.0116-0.01740.23810.00380.457927.91629.43679.829
90.1554-0.1578-0.05550.10170.00070.00710.3463-0.07380.29010.1361-0.19230.35880.35510.562100.44660.0416-0.02910.34340.01890.506430.85238.4187.343
100.1683-0.3652-0.0030.61730.64270.28820.0245-0.08960.00720.1816-0.00420.01550.1948-0.0922-00.44720.0349-0.05810.3570.00720.488235.05513.4578.963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 136:256 )A136 - 256
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 257:422 )A257 - 422
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1001:1060 )A1001 - 1060
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 1061:1160 )A1061 - 1160
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 136:256 )B136 - 256
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 257:335 )B257 - 335
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 336:422 )B336 - 422
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 1001:1027 )B1001 - 1027
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1028:1060 )B1028 - 1060
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 1061:1160 )B1061 - 1160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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