PDB-6kjt: Functional and structural insights into the unusual oxyanion hole...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kjt

タイトル

Functional and structural insights into the unusual oxyanion hole-like geometry in macrolactin acyltransferase selective for dicarboxylic acyl donors

要素

Putative beta-lactamase

キーワード

TRANSFERASE / acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Jeotgalibacillus marinus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.113 Å

データ登録者

Xiao, F. / Dong, S. / Feng, Y. / Li, W.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Specificity for Carboxyl-Terminated Acyl Donors in a Bacterial Acyltransferase.
著者: Xiao, F. / Dong, S. / Liu, Y. / Feng, Y. / Li, H. / Yun, C.H. / Cui, Q. / Li, W.

履歴

登録	2019年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.2	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6kjt.ent.gz	483.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kjt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kjhSC 6kjjC 6kjpC 6kjqC 6kjrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4do1-d 6r9w-d 6yae-d 4bqp-d 3qwb-d 3dw8-2 5yqh-d 6gn0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative beta-lactamase

B: Putative beta-lactamase

C: Putative beta-lactamase

D: Putative beta-lactamase

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.431, 132.422, 110.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.340, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative beta-lactamase / BmmI 分子量: 44239.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Jeotgalibacillus marinus (バクテリア) 遺伝子: mlnI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1X4V6
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 834 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10 % Tacsimate, pH 6.0, and 26 % PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→57.043 Å / Num. obs: 88701 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.11-2.23	3.4	0.466	44144	13147	0.858	0.299	0.556	2.5	95.8
6.68-57.04	3.5	0.047	10559	3006	0.994	0.029	0.056	15	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KJH

6kjh

解像度: 2.113→57.04 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	4399	4.96 %
R_work	0.1622	-	-
obs	0.1648	88683	94.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.25 Å² / B_iso mean: 40.2478 Å² / B_iso min: 15.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.113→57.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11255	0	0	834	12089
B_iso mean	-	-	-	42.29	-
残基数	-	-	-	-	1433

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.113-2.1365	0.3267	155	0.267	2728	91
2.1365-2.1616	0.3381	142	0.2543	2711	93
2.1616-2.188	0.2931	153	0.2387	2931	99
2.188-2.2157	0.2706	165	0.2327	2980	99
2.2157-2.2449	0.3761	77	0.232	1703	94
2.2449-2.2756	0.2708	41	0.2599	746	88
2.2756-2.3081	0.2585	139	0.2122	2987	99
2.3081-2.3426	0.2571	163	0.1854	2923	100
2.3426-2.3792	0.2598	137	0.1813	2957	99
2.3792-2.4182	0.254	164	0.1892	2933	100
2.4182-2.4599	0.2465	157	0.1752	2996	100
2.4599-2.5046	0.2349	161	0.1735	2950	100
2.5046-2.5528	0.2238	144	0.176	2941	99
2.5528-2.6049	0.2494	155	0.1858	2953	99
2.6049-2.6615	0.2615	139	0.1816	2952	99
2.6615-2.7235	0.2268	163	0.1759	2934	98
2.7235-2.7916	0.2476	148	0.1723	2941	98
2.7916-2.867	0.251	142	0.1755	2910	98
2.867-2.9514	0.2239	149	0.1772	2875	97
2.9514-3.0467	0.2404	140	0.1843	2782	93
3.0467-3.1555	0.2301	142	0.181	2841	94
3.1555-3.2819	0.2155	163	0.176	2964	100
3.2819-3.4312	0.2209	160	0.1658	2983	100
3.4312-3.6121	0.2201	155	0.1561	2952	100
3.6121-3.8384	0.1859	157	0.1307	2996	99
3.8384-4.1346	0.2015	163	0.1254	2940	99
4.1346-4.5506	0.1403	156	0.1127	2959	99
4.5506-5.2087	0.1589	158	0.1223	2938	98
5.2087-6.5608	0.1883	150	0.1519	2880	96
6.5608-57.04	0.1882	161	0.149	2998	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7246	-0.1616	0.8497	2.2126	-0.0369	1.007	0.2371	0.0753	-0.424	-0.147	-0.0882	0.2053	0.2471	-0.1491	-0.1333	0.2934	-0.0733	-0.0425	0.2545	0.048	0.2312	-19.1057	13.5559	26.7802
2	2.2826	-0.1833	-0.5417	1.1334	-0.3963	2.9184	-0.0127	0.088	-0.126	-0.1009	-0.022	-0.0751	0.0679	0.2917	0.041	0.1973	0.0182	0.0098	0.1871	0.01	0.2364	13.2491	24.5725	25.3104
3	1.3993	-0.0574	-0.0603	2.0782	-0.1148	1.489	0.0248	0.0488	-0.1425	-0.1153	-0.0309	-0.0134	0.156	-0.0272	0.0214	0.2086	0.0008	-0.0248	0.2062	0.0051	0.1854	-1.5386	19.6019	31.851
4	3.1177	0.6845	0.7613	4.5469	-1.2997	0.7049	0.0497	0.2669	-0.1212	-0.4418	-0.0291	-0.1594	0.1462	0.0568	-0.0204	0.2626	0.0155	-0.0289	0.257	-0.0093	0.1755	-14.6124	26.1772	23.9857
5	0.8159	-0.4438	0.1449	2.5122	0.3052	1.0525	0.0337	0.0703	-0.1214	-0.2382	-0.0255	0.4214	0.093	-0.1414	-0.0194	0.3027	-0.0018	-0.0662	0.2731	0.0403	0.2714	-3.2396	-18.7225	47.5231
6	1.3954	0.0164	0.451	1.9265	0.1285	2.6887	-0.0411	-0.3125	0.1908	0.1816	-0.0003	0.4159	-0.2177	-0.485	0.0926	0.2983	0.047	0.0135	0.3385	-0.012	0.3473	-7.049	3.139	63.787
7	2.8072	0.6311	-0.222	4.3248	-1.2887	4.2779	-0.07	0.0105	0.1698	-0.383	-0.0447	0.7609	-0.1222	-0.7109	0.0198	0.3639	0.0009	-0.1024	0.4831	0.0174	0.4845	-18.3143	-10.2036	45.2876
8	1.9088	-0.0645	1.0242	2.9136	0.3068	2.1432	0.0837	-0.0989	-0.057	-0.058	-0.0397	0.0796	-0.0668	-0.1065	0.0702	0.265	-0.0122	-0.028	0.1714	0.034	0.192	3.0151	-4.6311	54.2149
9	1.5219	0.4184	-0.5409	3.2932	-0.5456	2.4912	-0.0965	-0.5095	-0.6009	0.5285	0.0203	0.5837	0.3462	-0.5394	0.0239	0.3997	-0.0381	0.0784	0.4087	0.0488	0.4163	-0.5841	-12.4919	70.0647
10	1.7259	-0.417	1.2531	3.1916	-0.0476	2.2456	0.0113	-0.1858	-0.0492	0.1742	0.0631	0.2628	0.075	-0.2635	-0.1432	0.2729	-0.0019	-0.0234	0.2156	0.027	0.2461	2.9752	-20.5953	56.7817
11	0.7552	-0.1958	-0.4156	1.6249	0.6314	1.1425	0.0444	0.1085	0.0608	-0.1552	-0.1364	0.2661	-0.099	-0.3047	0.0585	0.167	0.0345	-0.0454	0.3349	-0.0227	0.2357	30.278	-23.3327	5.8112
12	0.8401	-0.8036	0.5553	0.8669	-0.4745	0.3408	0.3118	0.2393	-0.1052	-0.5598	-0.4297	0.5647	-0.2155	-0.3503	0.1253	0.4446	0.0903	-0.1181	0.6335	-0.0967	0.5231	18.0783	-22.6445	-2.4858
13	0.9593	-0.336	-0.1783	3.1908	0.5845	0.9394	-0.0135	-0.0039	0.1516	-0.061	-0.0519	0.1234	-0.1581	-0.1983	0.0723	0.1976	0.069	-0.0283	0.3112	-0.0155	0.2396	33.6721	-15.8688	15.1216
14	1.631	-0.0976	0.8576	1.3627	-0.0244	1.9391	-0.0815	0.2614	0.2953	0.014	0.0012	-0.0344	-0.3104	0.0924	0.0703	0.2924	0.06	-0.0011	0.2505	0.0421	0.2909	48.5393	17.1695	18.9861
15	2.4845	1.2037	0.249	3.313	-0.1044	2.4557	-0.0678	0.1602	0.3684	0.1409	0.0422	0.0008	-0.3754	-0.076	0.0059	0.2601	0.1071	-0.0344	0.2431	0.0026	0.2857	45.2766	17.3118	24.1735
16	6.2105	1.6878	-1.8681	4.1947	-1.0229	6.1386	-0.1129	0.2567	-0.2435	-0.0455	-0.3784	-0.859	-0.2196	1.1537	0.4437	0.3037	0.0808	-0.0036	0.5732	0.0801	0.3739	58.9272	5.7567	16.4284
17	3.1887	0.0541	0.8021	4.2082	1.686	1.9788	-0.0972	0.228	0.0901	-0.0092	0.0801	-0.1151	-0.3038	0.1443	0.0283	0.3166	0.028	-0.0576	0.23	-0.0132	0.2189	57.9889	10.3542	31.6277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 74 )	A	7 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 75 through 180 )	A	75 - 180
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 181 through 301 )	A	181 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 302 through 364 )	A	302 - 364
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 88 )	B	7 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 206 )	B	89 - 206
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 207 through 225 )	B	207 - 225
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 226 through 283 )	B	226 - 283
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 284 through 302 )	B	284 - 302
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 303 through 364 )	B	303 - 364
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 7 through 206 )	C	7 - 206
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 207 through 235 )	C	207 - 235
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 236 through 365 )	C	236 - 365
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 7 through 206 )	D	7 - 206
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 207 through 283 )	D	207 - 283
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 284 through 302 )	D	284 - 302
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 303 through 364 )	D	303 - 364

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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