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- PDB-6kj7: E. coli ATCase catalytic subunit mutant - G166P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kj7
タイトルE. coli ATCase catalytic subunit mutant - G166P
要素Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / aspartate transcarbamoylase catalytic subunit / de novo pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.839 Å
データ登録者Lei, Z. / Zheng, J. / Jia, Z.
資金援助 中国, カナダ, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21773014 中国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04427 カナダ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: New regulatory mechanism-based inhibitors of aspartate transcarbamoylase for potential anticancer drug development.
著者: Lei, Z. / Wang, B. / Lu, Z. / Wang, N. / Tan, H. / Zheng, J. / Jia, Z.
履歴
登録2019年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3771
ポリマ－34,3771
非ポリマー00
水46826
1
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1323
ポリマ－103,1323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area31740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.923, 128.923, 48.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 34377.172 Da / 分子数: 1 / 変異: G166P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: pyrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M NH4Ac, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG3350, and 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.839→50 Å / Num. obs: 7077 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 44.39 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 2.84→2.89 Å / Num. unique obs: 338 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZA1

1za1


解像度: 2.839→44.293 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 645 9.95 %
Rwork0.2098 5836 -
obs0.2148 6481 91.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.17 Å2 / Biso mean: 52.1734 Å2 / Biso min: 5.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.839→44.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2202 0 0 26 2228
Biso mean---30.1 -
残基数----281
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.839-3.05810.3409910.262587668
3.0581-3.36580.30781350.2587115091
3.3658-3.85260.29381400.2211267100
3.8526-4.85290.23291400.18411275100
4.8529-44.290.22381390.1908126899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05930.0357-0.03570.1890.0420.1165-0.00770.0603-0.001-0.19460.0069-0.2023-0.0451-0.01490.39440.5073-0.01890.13830.42490.30160.476512.456222.63673.9445
20.213-0.09680.02820.5442-0.05520.01070.01420.20590.1446-0.11180.0329-0.0968-0.0502-0.12430.50670.2316-0.0648-0.01260.1850.12820.044210.53758.793812.9739
30.1169-0.00410.01740.0388-0.0190.01020.0720.06410.1621-0.0311-0.06580.0216-0.03770.00370.05240.4495-0.0391-0.00660.22890.20260.4393.041231.877313.3726
40.31930.0260.11410.0148-0.01070.0746-0.0105-0.05330.19270.1315-0.1162-0.1785-0.0049-0.0065-0.00660.4919-0.0570.02540.23460.09280.73257.827436.158819.4219
50.00250.00470.01390.00920.0260.0788-0.0866-0.02150.06980.0424-0.2195-0.0251-0.25760.0293-0.00560.7333-0.18340.0380.4240.02691.16918.575742.250321.5126
60.07750.01980.03540.01280.00340.01990.0514-0.14260.17180.01-0.0527-0.0875-0.0452-0.0653-0.00070.51430.0397-0.00880.2820.03120.6939-7.391237.441219.9294
70.51030.33860.16080.79270.50410.4978-0.0833-0.01120.0906-0.0479-0.2326-0.02620.05250.0933-1.01240.2574-0.04090.02630.25310.21980.3284-3.019123.465612.0289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 32 )A2 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 134 )A33 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 166 )A135 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 195 )A167 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 196 through 218 )A196 - 218
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 219 through 261 )A219 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 262 through 308 )A262 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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