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- PDB-6ki0: Crystal Structure of Human ASC-CARD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ki0
タイトルCrystal Structure of Human ASC-CARD
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
キーワードIMMUNE SYSTEM / Death domain fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex ...Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / myosin I binding / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / myeloid dendritic cell activation / IkappaB kinase complex / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / macropinocytosis / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of adaptive immune response / NLRP3 inflammasome complex assembly / BMP receptor binding / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / negative regulation of interferon-beta production / CLEC7A/inflammasome pathway / osmosensory signaling pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of actin filament polymerization / pattern recognition receptor activity / tropomyosin binding / pyroptotic inflammatory response / detection of maltose stimulus / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / maltose transport complex / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / carbohydrate transport / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to interleukin-1 / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of phagocytosis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / positive regulation of chemokine production / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / activation of innate immune response / intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / cell chemotaxis / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of protein stability / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell activation / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / azurophil granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / regulation of inflammatory response / defense response to Gram-negative bacterium / secretory granule lumen / defense response to virus / microtubule / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / periplasmic space / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / protein dimerization activity / regulation of autophagy / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / neuronal cell body / apoptotic process / DNA damage response / Neutrophil degranulation
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein ...CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / : / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Death-like domain superfamily / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xu, Z.H. / Jin, T.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81872110 中国
National Natural Science Foundation of China81272881 中国
引用ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2021
タイトル: Homotypic CARD-CARD interaction is critical for the activation of NLRP1 inflammasome.
著者: Xu, Z. / Zhou, Y. / Liu, M. / Ma, H. / Sun, L. / Zahid, A. / Chen, Y. / Zhou, R. / Cao, M. / Wu, D. / Zhao, W. / Li, B. / Jin, T.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2787
ポリマ－102,9812
非ポリマー1,2975
水4,846269
1
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1874
ポリマ－51,4901
非ポリマー6973
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
2
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0913
ポリマ－51,4901
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.760, 56.020, 146.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 458)
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 458 / Label seq-ID: 2 - 459

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 1 through 458)AA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / hASC / Caspase recruitment ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / hASC / Caspase recruitment domain-containing protein 5 / PYD and CARD domain-containing protein / Target of methylation-induced silencing 1


分子量: 51490.250 Da / 分子数: 2 / 断片: caspase recruitment domain / 変異: D108A,K109A,E198A,N199A,K265A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, PYCARD, ASC, CARD5, TMS1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9ULZ3
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.80 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen steam / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 92520 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.75 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 12.21
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 14772 / CC1/2: 0.703 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VD8

3vd8


解像度: 2→47.116 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 4616 5 %
Rwork0.2203 --
obs0.2218 92283 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 153.29 Å2 / Biso mean: 57.4627 Å2 / Biso min: 20.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7127 0 83 269 7479
Biso mean--54.24 46.82 -
残基数----917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99410052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9734354
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4194X-RAY DIFFRACTION8.875TORSIONAL
12B4194X-RAY DIFFRACTION8.875TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02280.44631480.42772806295497
2.0228-2.04660.41711560.376629553111100
2.0466-2.07150.36521540.359929223076100
2.0715-2.09770.34121540.355729323086100
2.0977-2.12540.38371530.335628933046100
2.1254-2.15450.38231560.331929713127100
2.1545-2.18520.38331510.310128553006100
2.1852-2.21790.36491530.30862919307299
2.2179-2.25250.38981460.40582791293793
2.2525-2.28940.33981500.33242821297199
2.2894-2.32890.28151540.265929443098100
2.3289-2.37130.27891550.266429333088100
2.3713-2.41690.30861540.253629293083100
2.4169-2.46620.28731540.250929193073100
2.4662-2.51980.26941550.254929343089100
2.5198-2.57840.26781540.249129543108100
2.5784-2.64290.28231560.240829413097100
2.6429-2.71440.27631540.245329243078100
2.7144-2.79420.31221560.241929713127100
2.7942-2.88440.2911540.246129173071100
2.8844-2.98750.26741540.242229383092100
2.9875-3.10710.281560.233429523108100
3.1071-3.24850.25081540.231529313085100
3.2485-3.41970.2821550.22212952310799
3.4197-3.63390.25571530.19712920307399
3.6339-3.91430.1921540.18392925307998
3.9143-4.3080.20671580.17222988314699
4.308-4.93080.19971550.15922947310299
4.9308-6.210.20271580.18472996315499
6.21-47.1160.1971520.17822887303993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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