PDB-6kgc: Crystal structure of CaDoc0917(R49D)-CaCohA2 complex at pH 5.4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kgc

タイトル

Crystal structure of CaDoc0917(R49D)-CaCohA2 complex at pH 5.4

要素

And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain

キーワード

HYDROLASE / cohesin / dockerin / cellulosome / calcium-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulose binding / polysaccharide catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Feng, Y. / Yao, X.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Discovery and mechanism of a pH-dependent dual-binding-site switch in the interaction of a pair of protein modules.
著者: Yao, X. / Chen, C. / Wang, Y. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Li, Y. / Cui, Z. / Gong, W. / Perrett, S. / Yao, L. / Lamed, R. / Bayer, E.A. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2019年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kgc.cif.gz	130.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kgc.ent.gz	100.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kg8C 6kg9C 6kgdC 6kgeC 6kgfC 1ohzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6f0f-d 4rj9-d 5ho1-d 5hok-1 6epa-d 6kgd-d 6kge-1 5nrm-d 5hok-3 2vn5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain

B: And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.220, 64.720, 100.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain 分子量: 15624.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア) 株: ATCC 824 / 遺伝子: CA_C0910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q977Y4
#2: タンパク質	And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain 分子量: 6584.346 Da / 分子数: 1 / Mutation: R49D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア) 株: ATCC 824 / 遺伝子: CA_C0917 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q97KK2
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: crystals were obtained with 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, and 30% (w/v) PEG4000 at pH 8.0, then soaked into 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate, and 25% (w/v) PEG 3350 at pH 5.4 for 10 minutes

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97852 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→39.753 Å / Num. obs: 50899 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.31 % / B_iso Wilson estimate: 12.64 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 1.282 / Net I/σ(I): 15.45 / Num. measured all: 168482

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	3.423	0.247	5.32	12998	3866	3797	0.929	0.292	98.2
1.64-1.69	3.441	0.213	6.17	12770	3729	3711	0.94	0.251	99.5
1.69-1.74	3.405	0.184	7.04	12263	3692	3601	0.959	0.218	97.5
1.74-1.79	3.454	0.154	8.32	12053	3499	3490	0.965	0.182	99.7
1.79-1.85	3.37	0.124	10.04	11583	3477	3437	0.977	0.147	98.8
1.85-1.91	3.216	0.117	11.15	10372	3284	3225	0.976	0.141	98.2
1.91-1.98	2.876	0.093	13.07	8648	3215	3007	0.982	0.113	93.5
1.98-2.07	3.414	0.08	16.25	10384	3103	3042	0.987	0.095	98
2.07-2.16	3.396	0.072	17.2	9736	2930	2867	0.99	0.086	97.8
2.16-2.26	3.299	0.067	18.53	8976	2820	2721	0.991	0.08	96.5
2.26-2.39	3.29	0.061	19.64	8747	2717	2659	0.992	0.073	97.9
2.39-2.53	3.284	0.056	20.55	8167	2522	2487	0.994	0.067	98.6
2.53-2.7	3.071	0.051	21.01	7185	2406	2340	0.993	0.062	97.3
2.7-2.92	2.998	0.046	21.46	6407	2225	2137	0.995	0.056	96
2.92-3.2	3.452	0.04	25.69	6969	2046	2019	0.996	0.047	98.7
3.2-3.58	3.351	0.037	27.27	5999	1843	1790	0.996	0.044	97.1
3.58-4.13	3.336	0.035	28.06	5314	1630	1593	0.997	0.042	97.7
4.13-5.06	3.157	0.027	28.27	4291	1387	1359	0.998	0.033	98
5.06-7.16	3.364	0.028	28.54	3478	1057	1034	0.998	0.033	97.8
7.16-39.753	3.674	0.024	31.03	2142	587	583	0.999	0.028	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OHZ

1ohz

解像度: 1.6→39.753 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.18
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1946	3702	7.27 %
R_work	0.1593	-	-
obs	0.1618	50895	97.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.52 Å² / B_iso mean: 18.8748 Å² / B_iso min: 4.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→39.753 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1491	0	2	301	1794
B_iso mean	-	-	13.73	27.71	-
残基数	-	-	-	-	203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6002-1.6212	0.2793	143	0.2157	1836	99
1.6212-1.6435	0.2401	141	0.1983	1855	97
1.6435-1.6669	0.2761	145	0.1971	1821	100
1.6669-1.6918	0.2179	147	0.1754	1799	99
1.6918-1.7183	0.2078	146	0.1785	1853	98
1.7183-1.7464	0.2108	148	0.18	1818	97
1.7464-1.7765	0.2674	138	0.1678	1830	100
1.7765-1.8088	0.1992	144	0.1707	1850	99
1.8088-1.8436	0.1876	139	0.1724	1854	99
1.8436-1.8813	0.2048	142	0.176	1812	99
1.8813-1.9222	0.213	138	0.176	1755	95
1.9222-1.9669	0.2045	142	0.1748	1756	93
1.9669-2.0161	0.2017	143	0.1724	1799	99
2.0161-2.0706	0.2158	145	0.1603	1821	97
2.0706-2.1315	0.1821	142	0.1656	1786	98
2.1315-2.2003	0.1953	141	0.1615	1841	98
2.2003-2.2789	0.1947	136	0.1665	1779	96
2.2789-2.3702	0.1945	147	0.1541	1840	98
2.3702-2.478	0.2184	141	0.1492	1811	98
2.478-2.6086	0.1827	146	0.1576	1821	98
2.6086-2.772	0.1992	133	0.1614	1786	96
2.772-2.986	0.1891	144	0.1607	1798	97
2.986-3.2864	0.2009	143	0.1523	1817	98
3.2864-3.7616	0.1627	142	0.1388	1822	98
3.7616-4.738	0.143	145	0.1275	1806	98
4.738-39.753	0.1978	141	0.1547	1827	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0615	-0.0996	0.0567	0.1265	-0.0568	0.0019	-0.0239	-0.0078	0.0715	0.1018	-0.0003	0.0674	0.0134	-0.0611	-0.0125	0.0635	-0.0103	-0.0124	0.0976	-0.0135	0.0848	7.2793	-2.5148	-15.8083
2	0.0947	-0.1052	0.0872	0.1123	-0.0835	0.0941	0.0002	0.0157	-0.0333	0.017	0.0256	-0.0256	-0.0095	0.0043	0	0.0521	-0.0117	0.0009	0.0613	-0.0125	0.0687	4.7254	-1.7567	-22.807
3	0.0003	0.004	0.0041	0.0308	0.0059	0.0055	0.0388	0.0202	-0.1141	-0.1099	0.0404	-0.2776	-0.0554	-0.058	-0.0015	0.0811	-0.0128	0.0019	0.0908	-0.0184	0.0935	15.8144	2.2872	-24.4444
4	0.1233	-0.03	0.062	0.0085	-0.0214	0.1114	0.0544	0.1608	-0.229	-0.0177	-0.0332	0.0437	0.1053	0.131	0.0064	0.062	0.0243	0.0037	0.086	-0.034	0.0812	10.0521	-9.8154	-35.0759
5	0.0474	-0.0251	0.0134	0.0127	-0.0029	0.0528	0.0541	0.0098	-0.0368	-0.1048	-0.1068	-0.0232	-0.1738	-0.0192	-0	0.0789	-0.0014	0.0035	0.0608	-0.0143	0.0592	7.4148	3.6663	-30.3608
6	0.0347	0.0345	0.0162	0.0432	-0.0164	0.0219	0.0325	-0.0135	-0.1023	-0.0742	0.0068	0.0197	0.1323	0.1885	-0.002	0.1126	-0.0018	-0.0071	0.0847	-0.0175	0.078	1.3159	-13.4961	-35.4654
7	0.0133	-0.0277	-0.0148	0.059	0.0379	0.0126	-0.0092	-0.0398	-0.1881	-0.1142	0.022	-0.1563	-0.0649	0.0073	-0.0062	0.0479	-0.0082	-0.0039	0.0697	-0.013	0.0805	13.2331	-2.0102	-21.4048
8	0.1039	0.0089	-0.1085	0.1451	-0.0231	0.1066	-0.0204	-0.0658	0.0551	0.0302	-0.0452	0.0932	-0.0543	-0.0535	-0.0227	0.0599	-0.0123	0.0064	0.0581	-0.017	0.0699	5.6921	5.9922	-17.9806
9	0.3203	-0.3108	0.0953	0.4275	-0.1565	0.063	0.3219	0.2539	-0.0039	-0.1487	-0.1245	0.0973	0.0857	-0.0443	0.0112	0.0835	0.0185	-0.0089	0.1083	-0.0149	0.0946	-9.5056	-7.5773	-33.576
10	0.0357	-0.0012	-0.0561	0.1185	-0.0309	0.0782	-0.1168	-0.0421	-0.0991	0.0333	0.0298	0.0076	-0.0609	-0.0243	-0.022	0.0724	-0.0009	-0.0104	0.0916	-0.0094	0.0897	7.8256	1.3847	-12.5529
11	0.0255	-0.009	-0.0224	0.0184	-0.0143	0.0527	0.0598	0.1564	0.144	-0.1357	0.0244	0.0606	-0.1751	-0.2851	0.0002	0.1305	0.0375	0.0034	0.1305	0.0223	0.1052	-3.7999	3.1139	-42.767
12	0.4564	-0.103	0.0258	0.4277	0.0194	0.0091	-0.0009	0.1235	0.1208	-0.1463	-0.2228	0.2301	-0.1345	-0.2892	-0.0831	0.1916	-0.028	-0.0171	0.1512	-0.0398	0.0951	-3.549	3.1562	-51.5984
13	0.0222	-0.0154	0.0012	0.0302	-0.0094	0.0264	-0.012	0.1191	0.0549	0.0709	-0.087	-0.1963	-0.1451	0.2411	-0.0002	0.1732	-0.0269	-0.0167	0.1414	0.0064	0.0787	6.8457	5.4164	-43.3453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 19 )	A	4 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 47 )	A	20 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 55 )	A	48 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 67 )	A	56 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 68 through 83 )	A	68 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 84 through 95 )	A	84 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 96 through 105 )	A	96 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 106 through 126 )	A	106 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 127 through 134 )	A	127 - 134
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 135 through 147 )	A	135 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 3 through 25 )	B	3 - 25
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 26 through 47 )	B	26 - 47
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 48 through 61 )	B	48 - 61

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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