PDB-6kan: Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kan

タイトル

Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion

要素

Fukutin-related protein

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pentose metabolic process / pentitol metabolic process / creatine metabolic process / filtration diaphragm assembly / connective tissue development / connective tissue replacement / reproductive process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / localization of cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.251 Å

データ登録者

Kuwabara, N.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy.
著者: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2019年6月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kan.cif.gz	690.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kan.ent.gz	580.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kan_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kan_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	6kan_validation.xml.gz	66.3 KB	表示
CIF形式データ	6kan_validation.cif.gz	92.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kan	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kajC 6kakC 6kalC 6kamC 6l7sC 6l7tC 6l7uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l7s-d 6l7u-d 6l7t-d 6kak-d 6kal-d 6kaj-d 6kam-d 2fsf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fukutin-related protein

B: Fukutin-related protein

C: Fukutin-related protein

D: Fukutin-related protein

ヘテロ分子

203 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.073, 119.051, 257.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Fukutin-related protein / Ribitol-5-phosphate transferase

分子量: 50026.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKRP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H9S5

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン

分子量: 137.327 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4-8% PEG 4,000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH7.5),0.5 M LiCl2, and 20 mM BaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→48.92 Å / Num. obs: 112891 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 14.47
反射シェル	解像度: 2.2508→2.2764 Å / Num. unique obs: 3410

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.251→48.918 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2318	5680	5.03 %
R_work	0.1957	-	-
obs	0.1975	112891	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.251→48.918 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13541	0	107	484	14132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.049	19230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.322	8287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2543

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2508-2.2764	0.4063	182	0.3436	3410	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2764-2.3031	0.348	194	0.3114	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3031-2.3312	0.347	181	0.2975	3590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3312-2.3607	0.3475	170	0.2783	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3607-2.3918	0.301	189	0.2714	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3918-2.4246	0.3134	196	0.2632	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4246-2.4592	0.3052	172	0.2527	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4592-2.4959	0.2783	186	0.2356	3561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4959-2.5349	0.2795	218	0.234	3521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5349-2.5765	0.2787	159	0.2364	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5765-2.6209	0.2989	198	0.243	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6209-2.6685	0.3069	183	0.2353	3572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6685-2.7199	0.2711	177	0.2366	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7199-2.7754	0.2784	174	0.2288	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7754-2.8357	0.2715	202	0.2161	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8357-2.9017	0.2771	189	0.2196	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9017-2.9742	0.2699	186	0.216	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9742-3.0546	0.2778	185	0.2317	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0546-3.1445	0.265	200	0.2295	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1445-3.246	0.285	190	0.2297	3573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.246-3.362	0.2513	205	0.2111	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.362-3.4965	0.2662	199	0.204	3562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4965-3.6556	0.2363	172	0.1971	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6556-3.8483	0.2104	185	0.1829	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8483-4.0893	0.1896	204	0.1614	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0893-4.4048	0.1638	194	0.1516	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4048-4.8478	0.1628	204	0.1415	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8478-5.5484	0.1914	184	0.1568	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5484-6.9871	0.2096	204	0.1838	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9871-48.9295	0.1913	198	0.1639	3833	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5026	0.4707	0.2307	1.9094	0.2133	1.7363	0.0086	-0.136	0.0506	-0.0046	-0.0709	0.3899	-0.0725	-0.4315	0.0542	0.3073	0.0515	0.0274	0.4142	-0.0078	0.3533	-5.9251	240.9342	37.7986
2	1.8655	-0.8728	0.9524	3.4493	0.2561	3.4514	-0.0758	-0.1307	0.2827	0.6201	0.1417	-1.0462	0.0626	0.5033	-0.0637	0.4018	0.0435	-0.1507	0.4143	-0.0204	0.5677	31.5816	244.5805	63.0114
3	2.0474	0.952	0.3735	2.6445	0.4748	2.0368	-0.0239	0.3942	-0.243	-0.5884	0.1707	-0.6215	-0.156	0.3581	-0.1255	0.463	0.0058	0.1253	0.3655	-0.0496	0.4457	24.2617	244.8224	17.2664
4	0.8645	1.6014	0.2481	3.7721	0.8512	0.66	0.2517	-0.1352	-0.2907	0.1312	-0.0345	-0.7516	0.1174	0.1218	-0.2389	0.4569	0.0251	-0.0819	0.3381	-0.0237	0.5031	13.8217	217.5262	20.6573
5	2.1584	0.0845	0.7177	3.8472	-0.5153	4.2661	0.1196	-0.2091	-0.3149	0.0868	0.0394	0.4029	0.4248	-0.5469	-0.1341	0.4651	-0.0329	-0.0721	0.3537	0.0198	0.4923	-1.1191	199.0189	15.8704
6	1.505	-0.0981	0.3094	2.9228	-0.2059	2.2388	-0.0553	0.2599	-0.0075	-0.3031	-0.1874	-0.7111	-0.0347	0.6356	0.2786	0.3749	0.011	0.0849	0.5147	0.1205	0.5089	47.6287	281.4941	27.9835
7	1.9783	0.103	0.2808	2.1156	-0.6279	1.9613	-0.062	-0.1776	-0.1916	0.0936	-0.1976	-0.6151	0.1414	0.5781	0.23	0.3141	0.046	-0.0234	0.4593	0.0575	0.4488	44.7339	272.4425	43.336
8	1.8466	0.8481	-0.1121	1.9346	-0.3925	1.3219	-0.0714	-0.1836	0.2917	0.4185	-0.1579	-0.1626	-0.3343	0.2617	0.2303	0.3717	-0.0185	-0.1184	0.4315	-0.0155	0.3295	33.403	285.1692	48.7329
9	1.5292	-0.2671	-0.5892	2.7431	0.0266	2.4491	-0.0179	-0.1329	-0.0087	0.4041	0.001	0.3621	-0.0562	-0.1761	0.0513	0.3334	0.0279	0.0387	0.3579	-0.0167	0.3193	10.7242	275.7229	61.6489
10	2.6353	0.1933	-1.5226	3.373	-0.9532	3.1612	0.0786	-0.0886	0.2333	0.5295	0.0634	0.7772	-0.4023	-0.6256	-0.0456	0.5274	0.1008	0.0806	0.5003	-0.0595	0.4926	2.1286	284.543	63.828
11	1.4589	-0.1122	-0.4246	2.4387	0.5013	2.537	-0.185	-0.2727	-0.3322	0.6801	0.0463	0.6197	0.3189	-0.3063	0.1409	0.5444	0.0112	0.1558	0.4621	0.0218	0.4676	5.2238	264.3914	67.6861
12	2.7164	-0.8588	-0.5887	4.0956	-0.2	2.6217	-0.0022	0.3177	-0.2109	-0.2666	0.1326	0.5386	0.3277	-0.3785	-0.0655	0.3903	-0.0511	-0.0483	0.3738	0.0254	0.3269	7.7416	269.6733	24.2635
13	1.3827	-1.236	-0.1971	1.4122	-0.413	1.3498	-0.1854	-0.0467	0.0502	-0.0771	0.067	-0.0685	0.0281	0.0459	0.0362	0.2889	-0.0214	0.013	0.2404	-0.0292	0.2848	16.2831	268.7659	33.9435
14	2.0008	-1.762	-0.6505	2.8827	-0.7936	2.5683	0.0119	0.5451	-0.1533	-0.5321	-0.0824	0.1922	0.3955	-0.1914	-0.0257	0.4481	-0.0208	-0.0085	0.2911	-0.0327	0.2952	14.3007	269.4528	20.0463
15	1.8181	0.9424	-0.2665	2.3749	-0.3292	1.1056	-0.26	0.397	0.1443	-0.7498	0.2274	0.3704	-0.0345	-0.2519	-0.0189	0.592	0.0006	-0.127	0.4327	0.0277	0.3685	13.5226	281.5844	12.5987
16	7.4276	1.9775	-3.1788	2.8534	-0.9293	2.5146	0.3118	-0.0317	0.2942	0.1551	-0.1314	0.5342	-0.4746	-0.1935	-0.0988	0.5292	0.0628	-0.0619	0.3583	0.0105	0.4134	11.9493	290.5501	29.8874
17	2.3489	0.48	-0.7095	3.1822	-0.2977	1.6025	0.2561	-0.0742	0.1262	-0.0081	-0.1643	0.0425	-0.1296	0.1458	0.032	0.5551	0.0204	-0.0418	0.304	0.0414	0.2723	28.7668	301.3229	21.9283
18	1.8044	-0.061	-0.2999	2.6701	-1.0486	3.0394	0.3117	-0.3397	0.4829	0.3813	-0.1084	-0.098	-0.7897	0.4007	-0.1721	0.6128	-0.1559	0.0782	0.4167	-0.0571	0.4283	32.1956	319.7532	19.2856
19	1.7859	0.4872	-0.3308	2.5237	-1.41	3.1222	0.3516	-0.3877	0.4534	0.3898	-0.2456	-0.3462	-0.787	0.9076	-0.0798	0.7501	-0.2286	0.0616	0.5594	-0.0558	0.516	37.4282	322.3913	19.7227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 289 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 290 through 493 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 47 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 251 through 336 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 337 through 490 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 47 through 140 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 141 through 250 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 251 through 289 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 290 through 374 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 375 through 423 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 424 through 493 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 47 through 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 84 through 111 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 112 through 139 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 140 through 250 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 251 through 272 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 273 through 315 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 316 through 374 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 375 through 485 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)