[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6kai: Crosslinked alpha(Ni)-beta(Fe) human hemoglobin A in the T quater... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kai | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crosslinked alpha(Ni)-beta(Fe) human hemoglobin A in the T quaternary structure at 95 K: Light | ||||||
![]() | (Hemoglobin subunit ...![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shibayama, N. / Park, S.Y. / Ohki, M. / Sato-Tomita, A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work. Authors: Shibayama, N. / Sato-Tomita, A. / Ohki, M. / Ichiyanagi, K. / Park, S.Y. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 268.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 214.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ka9C ![]() 6kaeC ![]() 6kahC ![]() 6kaoC ![]() 6kapC ![]() 6kaqC ![]() 6karC ![]() 6kasC ![]() 6katC ![]() 6kauC ![]() 6kavC ![]() 6l5vC ![]() 6l5wC ![]() 6l5xC ![]() 6l5yC ![]() 6lcwC ![]() 6lcxC ![]() 1j40S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Hemoglobin subunit ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | ![]() Mass: 15150.353 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 15890.198 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 1340 molecules ![](data/chem/img/HNI.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/2FU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CMO.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/2FU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-HNI / #4: Chemical | ChemComp-CMO / ![]() #5: Chemical | ChemComp-HEM / ![]() #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Details
Has ligand of interest | N |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.78 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 6.6 Details: 20%w/v PEG 3350, 50 mM citrate-ammonium buffer, 150 mM dipotassium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 15, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→19.88 Å / Num. obs: 202119 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 900680 / Scaling rejects: 431 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1J40 Resolution: 1.45→19.88 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / Phase error: 18.93
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.67 Å2 / Biso mean: 19.151 Å2 / Biso min: 5.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→19.88 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|