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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kai | ||||||
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タイトル | Crosslinked alpha(Ni)-beta(Fe) human hemoglobin A in the T quaternary structure at 95 K: Light | ||||||
要素 | (Hemoglobin subunit ...ヘモグロビン) x 2 | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) / Hemoglobin (ヘモグロビン) / Photolysis (光分解) / Hybrid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Shibayama, N. / Park, S.Y. / Ohki, M. / Sato-Tomita, A. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Direct observation of ligand migration within human hemoglobin at work. 著者: Shibayama, N. / Sato-Tomita, A. / Ohki, M. / Ichiyanagi, K. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kai.cif.gz | 268.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kai.ent.gz | 214.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kai | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ka9C 6kaeC 6kahC 6kaoC 6kapC 6kaqC 6karC 6kasC 6katC 6kauC 6kavC 6l5vC 6l5wC 6l5xC 6l5yC 6lcwC 6lcxC 1j40S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-Hemoglobin subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 |
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-非ポリマー , 5種, 1340分子
#3: 化合物 | ChemComp-HNI / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.6 詳細: 20%w/v PEG 3350, 50 mM citrate-ammonium buffer, 150 mM dipotassium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→19.88 Å / Num. obs: 202119 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 900680 / Scaling rejects: 431 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1J40 解像度: 1.45→19.88 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 18.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.67 Å2 / Biso mean: 19.151 Å2 / Biso min: 5.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→19.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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