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- PDB-6ka5: Crystal structure of a class C beta-lactamase in complex with cef... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ka5
タイトルCrystal structure of a class C beta-lactamase in complex with cefoxitin
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Class C-lactamase / Acyl-enzyme complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1S7 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Bae, D.W. / Jung, Y.E. / An, Y.J. / Na, J.H. / Cha, S.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into Catalytic Relevances of Substrate Poses in ACC-1.
著者: Bae, D.W. / Jung, Y.E. / An, Y.J. / Na, J.H. / Cha, S.S.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.02022年10月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _cell.volume / _database_2.pdbx_DOI ..._cell.volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.name / _software.version / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Ligand geometry
詳細: Ligand was not covalently linked to the amino acid no.64 Serine in the previously deposited coordination file, so I further modeled the ligand to be linked to the Ser64.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0822
ポリマ－40,7131
非ポリマー3681
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)133.092, 60.340, 56.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 40713.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla-ACC-1, acc-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XB24, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-1S7 / (2R)-2-{(1S)-1-methoxy-2-oxo-1-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Cefoxitin, bound form


分子量: 368.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N2O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 5.5 0.2M sodium chloride 35% polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.586→50 Å / Num. obs: 52020 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 10.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 4.073 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.59-1.624.20.21326620.960.1150.2433.29295.7
1.62-1.654.50.18927460.9720.0990.2143.41798.9
1.65-1.684.60.1627510.980.0830.1813.57798.9
1.68-1.714.70.15527860.9820.0790.1753.48598.7
1.71-1.754.70.13827310.9840.070.1553.59898.2
1.75-1.794.60.12627460.9840.0640.1423.76898.6
1.79-1.845.10.11428100.9890.0540.1263.72399.5
1.84-1.895.20.10927820.9890.0520.1214.00899.6
1.89-1.944.10.10214870.990.0530.1164.08853.2
1.94-24.90.08927840.9920.0440.14.37699.2
2-2.074.60.08427570.9920.0430.0954.57398.6
2.07-2.1650.07927940.9930.0380.0884.55499.5
2.16-2.264.90.07621510.9930.0360.0844.60177
2.26-2.3850.07422650.9930.0360.0834.62180
2.38-2.525.20.07127780.9940.0340.0794.6298.7
2.52-2.725.10.0727690.9930.0330.0784.72998.8
2.72-2.995.70.06627980.9950.0290.0734.51899.6
2.99-3.435.60.0628160.9960.0270.0664.25799.4
3.43-4.324.80.05317460.9950.0250.0593.91961.1
4.32-505.70.05128610.9970.0230.0563.49898.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IXH

3ixh


解像度: 1.59→41.21 Å / SU ML: 0.1517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 17.9439
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1913 1995 3.85 %
Rwork0.1587 49793 -
obs0.16 51788 92.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→41.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2718 0 24 449 3191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00852801
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06283809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0657436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.03711032
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.630.27171550.20693722X-RAY DIFFRACTION97.88
1.63-1.670.22081530.17593761X-RAY DIFFRACTION98.94
1.67-1.720.20211460.17943801X-RAY DIFFRACTION98.48
1.72-1.780.19761610.16813731X-RAY DIFFRACTION98.26
1.78-1.840.21251410.15573819X-RAY DIFFRACTION99.57
1.84-1.910.20511240.15473282X-RAY DIFFRACTION96.19
1.93-20.19991330.15623065X-RAY DIFFRACTION93.65
2-2.110.17751420.15593795X-RAY DIFFRACTION98.87
2.11-2.230.20061370.15363489X-RAY DIFFRACTION95.47
2.27-2.410.19621230.15813007X-RAY DIFFRACTION95.69
2.41-2.660.19221500.15993788X-RAY DIFFRACTION98.57
2.66-3.040.17281550.16243858X-RAY DIFFRACTION99.5
3.04-3.830.18061330.15343059X-RAY DIFFRACTION79.62
3.83-41.210.17271420.14593616X-RAY DIFFRACTION91.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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