PDB-6ka1: E.coli Malate dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ka1

タイトル

E.coli Malate dehydrogenase

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.543 Å

データ登録者

Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MDH is a major silver target in E. coli
著者: Wang, H. / Wang, M. / Sun, H.

履歴

登録	2019年6月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ka1.cif.gz	463.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ka1.ent.gz	379.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ka1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ka1_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ka1_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	6ka1_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	6ka1_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6ka1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6ka1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ka0C 5kkaS 5z3w S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ka0-1 6bal-1 1emd-1 6bal-4 4e0b-2 6itk-d 6bal-3 1mld-1 6ka0-2 1jop-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, 65k or 130k in Tris buffer
65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.935, 125.102, 85.756
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.120, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 32611.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The first G comes from the purification Tag. / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: mdh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61889, malate dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG3350 20%, DL-Malic acid 0.1M (pH 5.5) / PH範囲: 5.5-6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.0401 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月25日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0401 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 158413 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.914 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 1038999

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.54-1.57	6.5	0.77	7257	0.823	0.318	0.835	0.821	85.2
1.57-1.6	6.6	0.687	7540	0.861	0.279	0.743	0.836	88.4
1.6-1.63	6.6	0.58	7711	0.887	0.236	0.627	0.864	90.6
1.63-1.66	6.5	0.493	7773	0.909	0.202	0.534	0.863	91
1.66-1.69	6.5	0.399	7832	0.934	0.164	0.433	0.881	91.9
1.69-1.73	6.4	0.337	7853	0.946	0.14	0.366	0.885	92.5
1.73-1.78	6.3	0.26	7949	0.961	0.11	0.283	0.914	93.2
1.78-1.83	6.1	0.203	7930	0.971	0.087	0.221	0.927	93.3
1.83-1.88	6	0.16	7600	0.977	0.069	0.175	0.993	89.1
1.88-1.94	6.4	0.126	7802	0.984	0.053	0.137	1.046	91
1.94-2.01	6.6	0.098	8104	0.989	0.04	0.106	1.009	95.5
2.01-2.09	6.6	0.079	8161	0.991	0.033	0.086	1.021	95.8
2.09-2.19	6.5	0.065	8231	0.993	0.027	0.071	1.023	96.3
2.19-2.3	6.5	0.056	8261	0.994	0.023	0.06	0.987	96.5
2.3-2.44	6.5	0.049	8137	0.994	0.021	0.053	0.932	95.3
2.44-2.63	6.4	0.044	7709	0.994	0.018	0.048	0.891	90.3
2.63-2.9	7	0.041	8022	0.995	0.016	0.044	0.891	93.6
2.9-3.32	7.3	0.037	8403	0.996	0.015	0.04	0.883	98.2
3.32-4.18	7.2	0.033	8358	0.997	0.013	0.036	0.776	97.2
4.18-50	6.9	0.038	7780	0.995	0.016	0.041	0.859	89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260:000	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KKA

5kka

解像度: 1.543→37.166 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1817	7872	5 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1578	157588	92.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.92 Å² / B_iso mean: 18.9185 Å² / B_iso min: 5.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.543→37.166 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8841	0	0	1067	9908
B_iso mean	-	-	-	30.98	-
残基数	-	-	-	-	1227

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5427-1.5602	0.2345	251	0.1918	4255	4506	79
1.5602-1.5786	0.2369	247	0.1823	4608	4855	85
1.5786-1.5978	0.208	241	0.1775	4731	4972	88
1.5978-1.6181	0.1925	242	0.1695	4833	5075	89
1.6181-1.6393	0.2032	238	0.1704	4815	5053	89
1.6393-1.6618	0.1895	242	0.1659	4899	5141	90
1.6618-1.6855	0.2008	224	0.1648	4939	5163	91
1.6855-1.7107	0.2034	259	0.1609	4909	5168	91
1.7107-1.7374	0.2108	261	0.1606	4931	5192	92
1.7374-1.7659	0.1897	291	0.1606	4999	5290	92
1.7659-1.7964	0.206	270	0.1646	4976	5246	93
1.7964-1.829	0.1893	257	0.1635	5020	5277	93
1.829-1.8642	0.1958	247	0.1641	4987	5234	91
1.8642-1.9023	0.1896	204	0.1677	4564	4768	84
1.9023-1.9436	0.19	261	0.1567	5150	5411	94
1.9436-1.9888	0.1887	275	0.1593	5145	5420	95
1.9888-2.0386	0.1975	255	0.1561	5171	5426	96
2.0386-2.0937	0.1979	281	0.1504	5175	5456	96
2.0937-2.1553	0.1761	277	0.1482	5210	5487	96
2.1553-2.2248	0.1836	257	0.1459	5240	5497	97
2.2248-2.3043	0.1607	263	0.1522	5235	5498	96
2.3043-2.3966	0.1921	295	0.1595	5155	5450	96
2.3966-2.5056	0.1917	303	0.1591	5116	5419	95
2.5056-2.6377	0.1805	250	0.1606	4766	5016	88
2.6377-2.8029	0.1838	243	0.1624	4944	5187	91
2.8029-3.0192	0.1989	295	0.1659	5320	5615	98
3.0192-3.3229	0.1742	283	0.1526	5338	5621	98
3.3229-3.8033	0.16	295	0.1427	5301	5596	98
3.8033-4.7902	0.1542	283	0.1356	5088	5371	93
4.7902-37.1769	0.1644	282	0.1668	4896	5178	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5274	0.4286	-0.0551	1.7117	-0.2911	2.273	-0.0283	0.1363	-0.0371	-0.0701	0.0815	-0.0308	0.0513	0.1963	-0.0339	0.0416	-0.0046	0.0008	0.0903	-0.0238	0.0681	17.5941	-7.772	16.9316
2	1.577	0.459	0.1725	1.6999	-0.0696	3.5766	0.0627	-0.0035	-0.104	0.0828	0.0239	-0.064	0.2562	0.069	-0.0508	0.0939	0.0104	-0.0106	0.0689	-0.0183	0.072	14.683	-15.7608	18.9987
3	2.2557	-0.4175	-0.2599	1.8875	0.2827	2.0157	0.0959	-0.0688	-0.0829	0.1666	0.0192	0.0503	0.0813	0.0896	-0.0132	0.0621	-0.0135	0.0041	0.1149	0.0016	0.0871	18.7166	-5.3701	27.0813
4	2.6531	-0.7092	-1.1497	2.5243	1.1256	3.1284	-0.0365	-0.2173	-0.1954	0.3741	0.0457	-0.0164	0.2874	0.133	-0.0101	0.1283	-0.0144	-0.0315	0.1085	0.0213	0.0703	20.7794	-5.7431	36.0735
5	1.1002	-0.0727	0.2412	1.8063	-0.0624	0.9992	-0.0275	0.0503	0.0063	0.0731	0.0307	-0.0333	-0.07	0.226	0.0037	0.0386	-0.0375	-0.0014	0.1059	-0.0057	0.0552	21.4812	5.5829	26.9811
6	1.1047	0.1892	0.688	1.0839	0.5377	1.3536	-0.2244	0.29	0.1663	-0.299	0.1089	0.2289	-0.2229	0.0345	0.0936	0.1795	-0.083	-0.0448	0.1463	0.035	0.1384	14.4106	20.1839	18.8282
7	1.7863	1.7008	0.9355	2.4434	0.3442	1.7171	-0.1745	-0.0588	0.4801	0.1637	-0.2199	0.5322	-0.0476	-0.2811	0.2126	0.1271	-0.039	0.0194	0.166	-0.066	0.2598	4.1759	18.7774	25.4026
8	7.4688	-1.0401	-1.4814	1.1166	0.562	0.9746	0.0647	-0.23	-0.0219	0.103	-0.0309	0.007	0.0387	0.125	-0.0448	0.0751	-0.0388	-0.0129	0.119	-0.0023	0.076	14.0283	2.5736	18.9434
9	1.2738	-0.731	-0.754	1.0346	0.1027	1.4031	0.0053	0.1828	0.0415	-0.0885	0.017	-0.2407	-0.2982	0.1404	-0.0852	0.0781	-0.0818	0.0131	0.1696	0.0037	0.1106	27.6891	11.5099	23.6402
10	0.8285	-0.4528	0.309	2.6321	0.0637	0.1293	0.0428	-0.0163	0.0518	0.2349	-0.033	-0.0992	-0.1775	0.1064	-0.0196	0.1192	-0.0617	-0.0116	0.1062	-0.0009	0.0869	23.6959	15.9167	31.8495
11	0.4805	0.0705	-0.0894	1.4203	0.6565	1.1398	0.0233	0.0556	-0.0022	-0.0126	0.0223	-0.171	-0.0019	0.0275	-0.0407	0.0711	0.018	-0.0003	0.0688	0.0036	0.0703	9.865	-6.4196	54.4462
12	1.238	-0.3399	-0.0441	1.3595	0.1541	0.7048	-0.0085	0.1286	-0.1646	-0.0154	-0.0362	0.1746	0.0568	-0.1241	0.0233	0.084	-0.0041	0.0022	0.0955	-0.0295	0.0857	-5.3257	-20.0534	48.2688
13	1.5918	0.3225	-0.0703	1.2535	0.6307	0.4969	0.0011	-0.0744	0.073	0.0473	-0.1379	0.1685	0.0297	-0.1711	0.0692	0.0465	-0.0265	0.0038	0.1132	-0.022	0.0822	-1.6978	1.9488	12.0543
14	1.6937	0.0598	-0.3911	0.194	0.105	0.8078	0.0017	-0.0921	0.2233	-0.0498	-0.1553	0.2668	-0.1713	-0.1939	0.0325	0.0682	-0.0076	-0.009	0.1561	-0.0345	0.1643	-7.5919	6.0011	10.5256
15	2.8143	-0.2366	0.1918	1.8358	-0.5903	1.8849	0.1414	-0.3405	-0.163	0.1636	-0.1709	0.3369	0.2381	-0.3383	-0.061	0.0727	-0.092	0.007	0.2612	-0.0733	0.1526	-14.2423	-9.0428	9.2248
16	2.4804	-0.6173	0.2683	1.2947	0.3754	1.2512	0.0118	0.0031	-0.0207	-0.0816	-0.0513	0.1293	0.0953	-0.1289	0.0141	0.0929	-0.0259	-0.0185	0.0844	-0.0265	0.058	-5.7723	-12.6462	0.2452
17	1.4158	-0.1189	0.2364	0.9596	0.8841	1.3447	0.1503	0.1948	-0.2026	0.1234	-0.0237	-0.0344	0.2694	0.1841	-0.077	0.217	0.0371	-0.0256	0.1219	-0.0329	0.1405	9.0108	-24.0027	-0.1021
18	1.7339	-1.1448	1.767	4.2979	-3.1013	6.1564	0.0243	-0.0339	0.0051	-0.1113	0.128	0.0581	0.2916	-0.0335	-0.0851	0.0753	-0.0159	-0.0002	0.1029	-0.0186	0.0921	2.9504	-8.6835	6.0732
19	2.0799	-0.0395	-0.1648	1.9807	-0.3539	1.1164	0.0243	0.4612	-0.097	-0.5127	-0.0063	-0.115	-0.04	0.1478	-0.0123	0.2051	-0.0075	0.0017	0.1818	-0.0177	0.0642	-4.0942	-12.8351	-8.8072
20	1.4162	-1.9473	-0.1554	4.6831	0.3393	0.0254	0.1814	0.5262	0.0062	-0.5314	-0.1882	-0.1606	-0.1017	0.1695	0.0233	0.3594	0.0572	-0.0197	0.3194	-0.0427	0.1159	-1.7222	-13.3012	-13.4876
21	3.6544	-1.6107	-1.8288	1.8738	0.8375	1.7253	0.0746	0.228	-0.446	0.0068	-0.042	0.2093	0.4692	-0.1624	0.0691	0.26	-0.0927	-0.0684	0.1797	-0.0534	0.2036	-10.0524	-26.6618	-2.6027
22	0.6999	-0.4411	0.333	1.6857	0.816	0.9097	-0.0111	0.1169	0.0313	0.0162	-0.0376	0.1609	-0.0371	-0.0938	0.0367	0.0781	0.0223	0.0194	0.1182	0.015	0.0744	-12.7203	4.5415	51.9031
23	1.7016	0.8945	-0.2601	1.5446	0.2893	1.5175	0.0113	0.3063	0.2493	-0.2889	-0.0445	0.1273	-0.2048	-0.1745	0.064	0.1473	0.0608	0.017	0.191	0.0495	0.1584	-14.3974	15.83	50.0324
24	5.0957	2.1716	-1.3696	2.2474	-0.0076	1.8059	-0.08	0.2796	0.3798	-0.2487	-0.0244	-0.1056	-0.4112	-0.0471	0.1234	0.2282	0.0525	0.0096	0.1902	0.0992	0.2041	-8.8609	24.8533	49.5539
25	1.4019	-0.5398	0.3434	1.2519	-0.3503	1.1562	-0.065	0.1254	0.2832	0.1084	0.0147	0.0089	-0.2674	-0.0298	0.0587	0.1393	0.0228	0.0059	0.0545	0.0119	0.1235	-7.2556	19.9543	63.581
26	0.6616	-0.1993	0.2883	1.2718	0.0485	2.1472	-0.1337	-0.0377	0.1409	0.173	-0.0206	-0.1587	-0.3196	0.1656	0.119	0.1473	-0.007	-0.0387	0.0873	0.0063	0.1564	7.5232	14.194	71.6412
27	8.1367	-1.2293	-2.1444	0.206	0.4181	1.158	-0.0676	-0.1365	0.0207	0.208	0.0219	0.1807	0.023	-0.0644	0.06	0.1301	0.0294	0.051	0.0813	-0.001	0.1291	-10.1301	8.7779	64.8534
28	1.5743	0.5771	-0.2477	2.2227	-0.096	0.8422	-0.1076	-0.2374	0.1931	0.4723	0.0536	-0.0303	-0.155	-0.1399	-0.021	0.3158	0.0858	-0.0072	0.0731	-0.0303	0.1758	-10.2851	21.6577	72.2536
29	6.1488	1.5642	3.5695	0.639	0.7151	2.4588	-0.0931	-0.3564	0.1629	0.5745	0.1023	-0.0084	-0.0343	-0.1238	0.0238	0.4102	0.1647	0.058	0.1825	-0.0579	0.2219	-11.6836	20.6946	77.2237
30	0.2999	-0.1144	0.0817	0.7372	-0.2625	0.6681	-0.0317	0.0059	0.2915	0.2192	0.1467	-0.094	-0.1703	0.0024	0.2445	0.5018	-0.0232	-0.2098	-0.03	0.0348	0.4156	1.1965	31.4249	67.7914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 43 )	A	10 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 73 )	A	44 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 99 )	A	74 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 118 )	A	100 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 172 )	A	119 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 173 through 205 )	A	173 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 206 through 226 )	A	206 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 227 through 252 )	A	227 - 252
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 253 through 281 )	A	253 - 281
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 282 through 321 )	A	282 - 321
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 5 through 118 )	B	5 - 118
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 119 through 321 )	B	119 - 321
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 10 through 58 )	C	10 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 59 through 81 )	C	59 - 81
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 82 through 118 )	C	82 - 118
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 119 through 172 )	C	119 - 172
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 173 through 226 )	C	173 - 226
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 227 through 252 )	C	227 - 252
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 253 through 281 )	C	253 - 281
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 282 through 295 )	C	282 - 295
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 296 through 321 )	C	296 - 321
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 10 through 68 )	D	10 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 69 through 97 )	D	69 - 97
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 98 through 118 )	D	98 - 118
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 119 through 172 )	D	119 - 172
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 173 through 234 )	D	173 - 234
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 235 through 253 )	D	235 - 253
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 254 through 281 )	D	254 - 281
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 282 through 295 )	D	282 - 295
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 296 through 321 )	D	296 - 321

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)