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- PDB-6k9a: The complex of NrS-1 N terminal domain (1-305) with dGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k9a
タイトルThe complex of NrS-1 N terminal domain (1-305) with dGTP
要素Primase
キーワードTRANSFERASE / primase / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / helicase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA replication / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA Primase-polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Nitratiruptor phage NrS-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, X. / Gan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870721 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies reveal a unique ring-shaped helicase architecture at the C-terminus of deep-sea vent phage DNA polymerase
著者: Chen, X. / Gan, J.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4504
ポリマ－34,8621
非ポリマー5873
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.114, 58.007, 47.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Primase


分子量: 34862.238 Da / 分子数: 1 / 断片: N terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratiruptor phage NrS-1 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M5AAG8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14335 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1390 / Rrim(I) all: 0.367 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.739 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 24.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 702 4.95 %
Rwork0.2092 --
obs0.2112 14193 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2239 0 33 61 2333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.533146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7831395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.47750.32621500.26522620X-RAY DIFFRACTION96
2.4775-2.72670.29441250.25932656X-RAY DIFFRACTION98
2.7267-3.12090.32371260.23732727X-RAY DIFFRACTION99
3.1209-3.93050.2391290.19552741X-RAY DIFFRACTION99
3.9305-29.74130.18961720.16952747X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.0631 Å / Origin y: 12.4183 Å / Origin z: 17.0698 Å
111213212223313233
T0.1709 Å2-0.0127 Å2-0.0212 Å2-0.2439 Å2-0.0899 Å2--0.2468 Å2
L0.1981 °2-0.3377 °2-0.0167 °2-2.0596 °2-0.419 °2--0.1431 °2
S0.0155 Å °0.0113 Å °0.0479 Å °-0.0917 Å °-0.0034 Å °0.1084 Å °-0.0399 Å °-0.0375 Å °-0.0131 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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