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- PDB-6s2v: Structure of the N-terminal catalytic region of T. thermophilus Rel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2v
タイトルStructure of the N-terminal catalytic region of T. thermophilus Rel
要素(P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
キーワードTRANSFERASE / ppGpp hydrolase / ppGpp synthetase / ppGpp / stringent response / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate metabolic process / GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / ACT domain profile. / ACT domain / HD domain profile. / ACT-like domain / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / HD domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA / Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase (PpGpp synthase)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Garcia-Pino, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: A nucleotide-switch mechanism mediates opposing catalytic activities of Rel enzymes.
著者: Tamman, H. / Van Nerom, K. / Takada, H. / Vandenberk, N. / Scholl, D. / Polikanov, Y. / Hofkens, J. / Talavera, A. / Hauryliuk, V. / Hendrix, J. / Garcia-Pino, A.
履歴
登録2019年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _software.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
B: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
C: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,82614
ポリマ－122,3313
非ポリマー49511
水1,13563
1
A: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8673
ポリマ－40,7771
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9624
ポリマ－40,7771
非ポリマー1853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9977
ポリマ－40,7771
非ポリマー2206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.737, 105.737, 241.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA


分子量: 40776.961 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: Ththe16_1734 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F6DES6, UniProt: Q5SHL3*PLUS, GTP diphosphokinase

-
非ポリマー , 5種, 74分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium bromide 0.1 M Bis-Tris propane 7.5 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→40.77 Å / Num. obs: 21371 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 104.77 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル解像度: 2.96→3.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 401 / CC1/2: 0.611 / Rpim(I) all: 0.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vj7

1vj7


解像度: 2.96→40.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.533
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1066 5.01 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.224 21292 72.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8019 Å20 Å20 Å2
2---1.8019 Å20 Å2
3---3.6037 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7489 0 15 62 7566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017658HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1810448HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2549SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1309HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7658HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1048SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8867SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.96→3.12 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3075 -5.87 %
Rwork0.2696 401 -
all0.272 426 -
obs--10.44 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.8994 Å / Origin y: 1.2847 Å / Origin z: 0.7477 Å
111213212223313233
T-0.0561 Å2-0.1687 Å2-0.0616 Å2--0.1182 Å20.1043 Å2---0.0639 Å2
L0.5435 °2-0.7256 °20.321 °2-0.5584 °2-0.1097 °2--0.8055 °2
S-0.0688 Å °-0.0119 Å °-0.0838 Å °-0.0922 Å °0.1108 Å °-0.0042 Å °-0.0135 Å °0.0924 Å °-0.042 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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