[日本語] English
万見
- PDB-6s2t: Structure of the N-terminal catalytic region of T. thermophilus R... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2t
タイトルStructure of the N-terminal catalytic region of T. thermophilus Rel bound to ppGpp
要素(P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
キーワードTRANSFERASE / ppGpp hydrolase / ppGpp synthetase / Rel / ppGpp
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate metabolic process / GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / ACT domain profile. / ACT domain / HD domain profile. / ACT-like domain / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / HD domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / : / (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA / Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase (PpGpp synthase)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Garcia-Pino, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: A nucleotide-switch mechanism mediates opposing catalytic activities of Rel enzymes.
著者: Tamman, H. / Van Nerom, K. / Takada, H. / Vandenberk, N. / Scholl, D. / Polikanov, Y. / Hofkens, J. / Talavera, A. / Hauryliuk, V. / Hendrix, J. / Garcia-Pino, A.
履歴
登録2019年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / software / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6318
ポリマ－40,7061
非ポリマー9257
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.927, 87.927, 184.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 (P)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA


分子量: 40705.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: Ththe16_1734 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: F6DES6, UniProt: Q5SHL3*PLUS, GTP diphosphokinase

-
非ポリマー , 7種, 121分子

#2: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate, Sodium HEPES; MOPS (acid) pH 7.5, 25% v/v ...詳細: 0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate, Sodium HEPES; MOPS (acid) pH 7.5, 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98012 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→92.13 Å / Num. obs: 14292 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 90.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 22.6 % / Rmerge(I) obs: 2.452 / Num. unique obs: 2751 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.522 / Rrim(I) all: 2.508 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VJ7

1vj7


解像度: 2.75→62.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.647 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.8 / SU Rfree Blow DPI: 0.31 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.305
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 716 5.07 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 14116 72 %-
原子変位パラメータBiso max: 174.03 Å2 / Biso mean: 81.28 Å2 / Biso min: 27.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9952 Å20 Å20 Å2
2--4.9952 Å20 Å2
3----9.9904 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→62.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2731 0 52 116 2899
Biso mean--137.41 62.34 -
残基数----350
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d987SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes5HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes506HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2840HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion370SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3325SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2840HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3860HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.82
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3314 24 5.94 %
Rwork0.2429 380 -
all0.2489 404 -
obs--16.65 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.923 Å / Origin y: 49.4166 Å / Origin z: 19.3346 Å
111213212223313233
T-0.1521 Å2-0.023 Å20.091 Å2-0.0411 Å2-0.004 Å2---0.2106 Å2
L1.0409 °2-0.089 °2-1.494 °2-1.1512 °20.4203 °2--4.0524 °2
S0.3131 Å °0.0701 Å °0.3566 Å °0.2086 Å °-0.0353 Å °-0.0224 Å °-0.4737 Å °0.2241 Å °-0.2778 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る