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- PDB-6k7o: Complex structure of LILRB4 and h128-3 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k7o
タイトルComplex structure of LILRB4 and h128-3 antibody
要素
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
  • h128-3 Fab heavy chain
  • h128-3 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / LILRB4 / antibody / Immune therapy.
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of cytotoxic T cell differentiation / negative regulation of IP-10 production / negative regulation of T cell costimulation / tolerance induction / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of interleukin-5 production ...transmembrane receptor protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of cytotoxic T cell differentiation / negative regulation of IP-10 production / negative regulation of T cell costimulation / tolerance induction / negative regulation of protein tyrosine kinase activity / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of interleukin-5 production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of monocyte activation / immune response-regulating signaling pathway / signaling receptor inhibitor activity / positive regulation of T cell anergy / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine production / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of protein localization to nucleus / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of activated T cell proliferation / apolipoprotein binding / negative regulation of interleukin-6 production / fibronectin binding / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of T cell proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of signaling receptor activity / negative regulation of miRNA transcription / receptor internalization / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / protein phosphatase binding / adaptive immune response / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Song, H. / Chai, Y. / Xu, X. / Gao, F.G.
引用ジャーナル: Cancer Immunol Res / 年: 2019
タイトル: Disrupting LILRB4/APOE Interaction by an Efficacious Humanized Antibody Reverses T-cell Suppression and Blocks AML Development.
著者: Gui, X. / Deng, M. / Song, H. / Chen, Y. / Xie, J. / Li, Z. / He, L. / Huang, F. / Xu, Y. / Anami, Y. / Yu, H. / Yu, C. / Li, L. / Yuan, Z. / Xu, X. / Wang, Q. / Chai, Y. / Huang, T. / Shi, Y. ...著者: Gui, X. / Deng, M. / Song, H. / Chen, Y. / Xie, J. / Li, Z. / He, L. / Huang, F. / Xu, Y. / Anami, Y. / Yu, H. / Yu, C. / Li, L. / Yuan, Z. / Xu, X. / Wang, Q. / Chai, Y. / Huang, T. / Shi, Y. / Tsuchikama, K. / Liao, X.C. / Xia, N. / Gao, G.F. / Zhang, N. / Zhang, C.C. / An, Z.
履歴
登録2019年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
B: h128-3 Fab heavy chain
C: h128-3 Fab light chain
D: h128-3 Fab heavy chain
E: h128-3 Fab light chain
F: h128-3 Fab heavy chain
G: h128-3 Fab light chain
H: h128-3 Fab heavy chain
L: h128-3 Fab light chain
P: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
R: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
Q: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,46212
ポリマ－235,46212
非ポリマー00
水00
1
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
H: h128-3 Fab heavy chain
L: h128-3 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8653
ポリマ－58,8653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: h128-3 Fab heavy chain
C: h128-3 Fab light chain
P: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8653
ポリマ－58,8653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: h128-3 Fab heavy chain
E: h128-3 Fab light chain
Q: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8653
ポリマ－58,8653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: h128-3 Fab heavy chain
G: h128-3 Fab light chain
R: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8653
ポリマ－58,8653
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)187.276, 187.276, 183.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4 / LILRB4 / CD85 antigen-like family member K / Immunoglobulin-like transcript 3 / ILT-3 / Leukocyte ...LILRB4 / CD85 antigen-like family member K / Immunoglobulin-like transcript 3 / ILT-3 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 5 / LIR-5 / Monocyte inhibitory receptor HM18


分子量: 10898.212 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB4, ILT3, LIR5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NHJ6
#2: 抗体
h128-3 Fab heavy chain


分子量: 24208.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
h128-3 Fab light chain


分子量: 23758.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M Tris pH8.5, 50 % v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.0401 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0401 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 72345 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 15.971
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.595 / Num. unique obs: 7232

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P2T

3p2t


解像度: 3.004→44.214 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 3459 4.93 %
Rwork0.228 --
obs0.2302 70146 96.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.004→44.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16436 0 0 0 16436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6622986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8996142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0042-3.04540.3724810.2921797X-RAY DIFFRACTION65
3.0454-3.08880.32371260.28332228X-RAY DIFFRACTION81
3.0888-3.13490.3503890.27482459X-RAY DIFFRACTION89
3.1349-3.18390.35931670.27122570X-RAY DIFFRACTION94
3.1839-3.23610.32121550.2792637X-RAY DIFFRACTION96
3.2361-3.29190.32691690.27932638X-RAY DIFFRACTION97
3.2919-3.35170.30441240.27492753X-RAY DIFFRACTION99
3.3517-3.41620.29841370.25772730X-RAY DIFFRACTION99
3.4162-3.48590.33881360.24962653X-RAY DIFFRACTION97
3.4859-3.56160.28581460.24862732X-RAY DIFFRACTION99
3.5616-3.64440.29281530.23592771X-RAY DIFFRACTION100
3.6444-3.73550.28451480.23072726X-RAY DIFFRACTION100
3.7355-3.83650.27671450.23652771X-RAY DIFFRACTION100
3.8365-3.94930.29711380.23582752X-RAY DIFFRACTION100
3.9493-4.07670.28421190.22882802X-RAY DIFFRACTION100
4.0767-4.22230.25081500.21182758X-RAY DIFFRACTION100
4.2223-4.39120.28071570.20052750X-RAY DIFFRACTION100
4.3912-4.59090.23451210.19752787X-RAY DIFFRACTION100
4.5909-4.83260.21931660.19112692X-RAY DIFFRACTION98
4.8326-5.1350.24111110.19812790X-RAY DIFFRACTION100
5.135-5.53080.24351290.20172777X-RAY DIFFRACTION100
5.5308-6.08610.25641420.22392794X-RAY DIFFRACTION100
6.0861-6.96380.27761700.24082744X-RAY DIFFRACTION100
6.9638-8.76240.23911450.22252791X-RAY DIFFRACTION100
8.7624-44.21890.20151350.21932785X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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