[日本語] English
万見
- PDB-6k73: Chaperone-tip adhesin complex is vital for synergistic activation... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k73
タイトルChaperone-tip adhesin complex is vital for synergistic activation of CFA/I fimbriae biogenesis
要素
  • CFA/I fimbrial subunit E
  • Colonization factor antigen I chaperone CfaA
キーワードCHAPERONE / Enterotoxigenic Escherichia coli / chaperone-usher fimbriae / periplasmic chaperone / adhesive subunit / binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3970 / CblD-like pilus biogenesis initiator / CFA/I fimbrial subunit E, adhesin domain / CblD like pilus biogenesis initiator / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / : / CfA/I fimbrial subunit A (Colonization factor antigen subunit A putative chaperone) / CFA/I fimbrial subunit E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7742 Å
データ登録者Bao, R. / He, L.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)SQ2016YFJC040104 中国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Chaperone-tip adhesin complex is vital for synergistic activation of CFA/I fimbriae biogenesis.
著者: He, L.H. / Wang, H. / Liu, Y. / Kang, M. / Li, T. / Li, C.C. / Tong, A.P. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Savarino, S.J. / Prouty, M.G. / Xia, D. / Bao, R.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Colonization factor antigen I chaperone CfaA
B: Colonization factor antigen I chaperone CfaA
C: CFA/I fimbrial subunit E
D: CFA/I fimbrial subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,88012
ポリマ－126,2774
非ポリマー6038
水82946
1
A: Colonization factor antigen I chaperone CfaA
C: CFA/I fimbrial subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6839
ポリマ－63,1392
非ポリマー5447
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
2
B: Colonization factor antigen I chaperone CfaA
D: CFA/I fimbrial subunit E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1973
ポリマ－63,1392
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.158, 217.158, 177.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-405-

NI

-
要素

#1: タンパク質 Colonization factor antigen I chaperone CfaA


分子量: 25263.092 Da / 分子数: 2 / 変異: T112I,L114I,V116I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: D4V05_24280 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A3Y5Z8F9, UniProt: E3PPC3*PLUS
#2: タンパク質 CFA/I fimbrial subunit E / Colonization factor antigen I subunit E


分子量: 37875.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cfaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25734
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2%PEG8000, 0.1M imidazole malate, 1.04M Li2SO4, 0.01M GSSG-GSH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.774→30 Å / Num. obs: 40388 / % possible obs: 99.69 % / Observed criterion σ(I): 3.6 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 12.29
反射 シェル解像度: 2.774→2.87 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Num. unique obs: 10 / Rsym value: 0.562 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PHENIXモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7742→29.5168 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 --
Rwork0.2248 --
obs0.2265 40387 99.54 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7742→29.5168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8358 0 28 46 8432

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る