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万見
- PDB-6l4o: Crystal structure of API5-FGF2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4o
タイトルCrystal structure of API5-FGF2 complex
要素
  • Apoptosis inhibitor 5
  • Fibroblast growth factor 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / API5 / FGF2 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death ...growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / positive regulation of cell fate specification / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / chondroblast differentiation / lymphatic endothelial cell migration / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chemokine binding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / cerebellar granule cell precursor proliferation / Formation of the nephric duct / positive regulation of epithelial tube formation / receptor-receptor interaction / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / inner ear auditory receptor cell differentiation / hyaluronan catabolic process / negative regulation of wound healing / positive regulation of stem cell differentiation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / histone H3K9me2/3 reader activity / glial cell differentiation / stem cell development / embryonic morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / behavioral response to ethanol / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / mammary gland epithelial cell differentiation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / paracrine signaling / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / positive regulation of blood vessel branching / negative regulation of fibroblast migration / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / endothelial cell proliferation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching / fibroblast apoptotic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / Syndecan interactions / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of neuroblast proliferation / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / fibroblast growth factor binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of cell division / Non-integrin membrane-ECM interactions / PI3K Cascade / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / response to axon injury / regulation of angiogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / negative regulation of stem cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Apoptosis inhibitory 5 / Apoptosis inhibitory protein 5 (API5) / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil ...Apoptosis inhibitory 5 / Apoptosis inhibitory protein 5 (API5) / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 2 / Apoptosis inhibitor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lee, B.I. / Bong, S.M.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2015R1A2A2A01003004 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Regulation of mRNA export through API5 and nuclear FGF2 interaction.
著者: Bong, S.M. / Bae, S.H. / Song, B. / Gwak, H. / Yang, S.W. / Kim, S. / Nam, S. / Rajalingam, K. / Oh, S.J. / Kim, T.W. / Park, S. / Jang, H. / Lee, B.I.
履歴
登録2019年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis inhibitor 5
B: Fibroblast growth factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9662
ポリマ－80,9662
非ポリマー00
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, API5-FGF2 complex structure include monomer form of API5 and monomer form of FGF2
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area27350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.862, 76.523, 208.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis inhibitor 5 / API-5 / Antiapoptosis clone 11 protein / AAC-11 / Cell migration-inducing gene 8 protein / ...API-5 / Antiapoptosis clone 11 protein / AAC-11 / Cell migration-inducing gene 8 protein / Fibroblast growth factor 2-interacting factor / FIF / Protein XAGL


分子量: 61250.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: API5, MIG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZZ5
#2: タンパク質 Fibroblast growth factor 2 / FGF-2 / Basic fibroblast growth factor / bFGF / Heparin-binding growth factor 2 / HBGF-2


分子量: 19715.398 Da / 分子数: 1 / Mutation: C211S,C229S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF2, FGFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09038
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Na-HEPES (pH 7.5), 100mM potassium chloride, 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 22727 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.375 / Num. unique obs: 22727

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U0R, 1BAS

3u0r

1bas


解像度: 2.6→37.63 Å / SU ML: 0.4212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 28.7567
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2615 1162 5.12 %
Rwork0.224 21534 -
obs0.226 22696 94.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4442 0 0 35 4477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00134519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.38626094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0336697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5432781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.710.38771190.36072385X-RAY DIFFRACTION85.43
2.71-2.860.34511400.32352541X-RAY DIFFRACTION91.13
2.86-3.040.36821300.30052595X-RAY DIFFRACTION92.56
3.04-3.270.32721380.26842671X-RAY DIFFRACTION94.58
3.27-3.60.31921620.23842729X-RAY DIFFRACTION96.33
3.6-4.120.25071270.19872808X-RAY DIFFRACTION98.46
4.12-5.190.19461610.17282863X-RAY DIFFRACTION99.34
5.19-37.630.21211850.18742942X-RAY DIFFRACTION97.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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