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万見
- PDB-3few: Structure and Function of Colicin S4, a colicin with a duplicated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3few
タイトルStructure and Function of Colicin S4, a colicin with a duplicated receptor binding domain
要素Colicin S4
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Colicin S4 / cell lysis / Y-ray / cell killing
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / defense response to Gram-negative bacterium / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Ybab; Chain: A; - #40 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #380 / Colicin / Ybab; Chain: A; / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / Rhinovirus 14, subunit 4 / Globin-like ...Ybab; Chain: A; - #40 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #380 / Colicin / Ybab; Chain: A; / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / Rhinovirus 14, subunit 4 / Globin-like / Few Secondary Structures / イレギュラー / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Arnold, T. / Linke, D. / Zeth, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and Function of Colicin S4, a Colicin with a Duplicated Receptor-binding Domain
著者: Arnold, T. / Zeth, K. / Linke, D.
履歴
登録2008年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Colicin S4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0002
ポリマ－54,9771
非ポリマー231
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.340, 240.340, 80.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-509-

HOH

21X-517-

HOH

31X-523-

HOH

41X-530-

HOH

51X-552-

HOH

61X-683-

HOH

71X-693-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Colicin S4


分子量: 54977.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: Pet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XB47
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.16M MgCl2, 24% PEG 4000, 20% glycerol, 80mM Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9761 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9761 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 32353 / Num. obs: 32515 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 5185 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.45→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 13.96 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1614 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 32286 100 %-
all-32353 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.61 Å2 / Biso mean: 49.968 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20.45 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 1 200 3587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9594682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6275444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.56524.88166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.42815597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2421522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22381
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6211.52162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15323471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59931336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6354.51205
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 119 -
Rwork0.41 2260 -
all-2379 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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