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- PDB-6k6m: Crystal structure of HIV-2 Nef protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6m
タイトルCrystal structure of HIV-2 Nef protein
要素Protein Nef
キーワードVIRAL PROTEIN / accessory protein
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.072 Å
データ登録者Hirao, K. / Andrews, S. / Kuroki, K. / Kusaka, H. / Tadokoro, T. / Kita, S. / Ose, T. / Rowland-Jones, S. / Maenaka, K.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15H02384 日本
Japan Society for the Promotion of Science22121007 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJSPS Strategic Young Researcher Overseas Visits Program for Accelerating Brain Circulation 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)18am0101093j0002 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)18ae0101047h 日本
Japan Science and TechnologySupport Program for Implementation of New Equipment Sharing System 日本
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: Structure of HIV-2 Nef Reveals Features Distinct from HIV-1 Involved in Immune Regulation.
著者: Hirao, K. / Andrews, S. / Kuroki, K. / Kusaka, H. / Tadokoro, T. / Kita, S. / Ose, T. / Rowland-Jones, S.L. / Maenaka, K.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Nef


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7491
ポリマ－19,7491
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.577, 44.770, 103.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein Nef


分子量: 19749.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, 10% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→44.77 Å / Num. obs: 12922 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 37.33 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 24.1 / Num. measured all: 91696
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.07-2.137.20.77969529700.7990.310.842.699.5
9.03-44.775.60.013107719210.0060.01473.199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AVV

1avv


解像度: 2.072→40.17 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 631 4.9 %
Rwork0.2046 --
obs0.2063 12874 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.66 Å2 / Biso mean: 45.4033 Å2 / Biso min: 22.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.072→40.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1202 0 0 53 1255
Biso mean---45.42 -
残基数----144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5551683
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.556471
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.072-2.2320.28081390.234223772516
2.232-2.45650.30521340.219823902524
2.4565-2.81190.26151130.216624352548
2.8119-3.54240.22761190.206724532572
3.5424-40.17780.21791260.193125882714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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