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- PDB-1avv: HIV-1 NEF PROTEIN, UNLIGANDED CORE DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avv
タイトルHIV-1 NEF PROTEIN, UNLIGANDED CORE DOMAIN
要素NEGATIVE FACTOR
キーワードMYRISTYLATION / GTP-BINDING / PHOSPHORYLATION / HIV-1 / NEF / VIRUS / PXXP MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / peptidase activator activity / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / CD4 receptor binding / thioesterase binding / regulation of T cell activation / MHC class I protein binding ...: / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / peptidase activator activity / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / CD4 receptor binding / thioesterase binding / regulation of T cell activation / MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane / regulation of calcium-mediated signaling / viral life cycle / SH3 domain binding / virion component / ATPase binding / calmodulin binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / signaling receptor binding / protein kinase binding / GTP binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Arold, S. / Franken, P. / Dumas, C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of HIV-1 Nef protein bound to the Fyn kinase SH3 domain suggests a role for this complex in altered T cell receptor signaling.
著者: Arold, S. / Franken, P. / Strub, M.P. / Hoh, F. / Benichou, S. / Benarous, R. / Dumas, C.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Conserved Core of HIV-1 Nef Complexed with a Src Family SH3 Domain
著者: Lee, C.H. / Saksela, K. / Mirza, U.A. / Chait, B.T. / Kuriyan, J.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The Solution Structure of HIV-1 Nef Reveals an Unexpected Fold and Permits Delineation of the Binding Surface for the SH3 Domain of HCK Tyrosine Protein Kinase
著者: Grzesiek, S. / Bax, A. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T.
履歴
登録1997年9月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEGATIVE FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5691
ポリマ－17,5691
非ポリマー00
水00
1
A: NEGATIVE FACTOR

A: NEGATIVE FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1372
ポリマ－35,1372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)85.160, 85.160, 85.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 NEGATIVE FACTOR / NEF / F-PROTEIN


分子量: 17568.723 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE DOMAIN
変異: DEL(2-57), N-TERMINAL RESIDUES GS (PART OF A THROMBIN CLEAVAGE SITE)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 細胞株: BL21 / 遺伝子: HIV-1 NEF / Variant: ISOLATE LAI / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 NEF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03406

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: unpublished data

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 1.0373
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月4日 / 詳細: TWO BENT MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 3812 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9
反射
*PLUS
Num. measured all: 18555

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換・異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1EFN

1efn


解像度: 3→30 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 -7.4 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 3139 78.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 0 0 895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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