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- PDB-6k6k: The crystal structure of light-driven cyanobacterial chloride imp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6k
タイトルThe crystal structure of light-driven cyanobacterial chloride importer (N63A/P118A) Mastigocladopsis repens
要素Cyanobacterial chloride importer
キーワードMEMBRANE PROTEIN / chloride ion pump / rhodopsin
機能・相同性Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha / OLEIC ACID / RETINAL
機能・相同性情報
生物種Mastigocladopsis repens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Yun, J.H. / Park, J.H. / Jin, Z. / Ohki, M. / Wang, Y. / Lupala, C.S. / Kim, M. / Liu, H. / Park, S.Y. / Lee, W.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)20171A2B2008483 韓国
National Research Foundation (Korea)20161A6A3A04010213 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of light-driven cyanobacterial chloride importer (N63A/P118A) Mastigocladopsis repens
著者: Yun, J.H. / Park, J.H. / Jin, Z. / Ohki, M. / Wang, Y. / Lupala, C.S. / Kim, M. / Liu, H. / Park, S.Y. / Lee, W.
履歴
登録2019年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4778
ポリマ－25,9911
非ポリマー1,4857
水93752
1
A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子

A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子

A: Cyanobacterial chloride importer
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The buried subunit interface area was analyzed using the PISA interface. Additionally, analytical size exclusion gel chromatography (aSEC) was also used to confirm that the ...根拠: gel filtration, The buried subunit interface area was analyzed using the PISA interface. Additionally, analytical size exclusion gel chromatography (aSEC) was also used to confirm that the trimeric form was the only species found in solution.
  • 82.4 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,43024
ポリマ－77,9743
非ポリマー4,45621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area14010 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area26200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.972, 60.972, 205.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cyanobacterial chloride importer


分子量: 25991.463 Da / 分子数: 1 / 変異: N63A/P118A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mastigocladopsis repens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Residues N63A/P118A represent mutations.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.9 / 詳細: Magnesium nitrate hexahydrate, Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→36.83 Å / Num. obs: 11542 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 12.4 % / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 489

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
MxDCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ITC

5itc


解像度: 2.197→36.829 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.87 / 位相誤差: 23.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 557 4.83 %
Rwork0.2118 --
obs0.2144 11535 93.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.197→36.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1733 0 102 52 1887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5182545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2091075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1972-2.41830.28711130.21282446X-RAY DIFFRACTION86
2.4183-2.76810.24421240.2012674X-RAY DIFFRACTION93
2.7681-3.48710.24471610.20952776X-RAY DIFFRACTION96
3.4871-36.83420.28871590.21763082X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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