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- PDB-6k5e: Crystal structure of BioH from Klebsiella pneumonia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k5e
タイトルCrystal structure of BioH from Klebsiella pneumonia
要素Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pimelyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase / biotin biosynthetic process / carboxylic ester hydrolase activity / transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase / Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.257 Å
データ登録者Wang, L. / Chen, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31200556 中国
National Natural Science Foundation of China21272031 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural insight into the carboxylesterase BioH from Klebsiella pneumoniae.
著者: Wang, L. / Chen, Y. / Shang, F. / Liu, W. / Lan, J. / Gao, P. / Ha, N.C. / Nam, K.H. / Dong, Y. / Quan, C. / Xu, Y.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
B: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
C: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
D: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
E: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
F: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7446
ポリマ－169,7446
非ポリマー00
水10,521584
1
A: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
B: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
E: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8723
ポリマ－84,8723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
D: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
F: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8723
ポリマ－84,8723
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.642, 109.531, 292.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-343-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Pimeloyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase / Biotin synthesis protein BioH / Carboxylesterase BioH


分子量: 28290.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bioH / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: A0A0S4G6Z4, UniProt: A6TF35*PLUS, pimelyl-[acyl-carrier protein] methyl ester esterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 1.5% PGE400, 0.1 M HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979617 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979617 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.257→50 Å / Num. obs: 73488 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 3509 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.257→36.736 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2763 3245 4.81 %
Rwork0.1911 --
obs0.1951 67403 82.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.257→36.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11450 0 0 584 12034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01716372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2899722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.257-2.29070.3241370.2259763X-RAY DIFFRACTION23
2.2907-2.32650.3096800.21861604X-RAY DIFFRACTION47
2.3265-2.36460.3017940.21061857X-RAY DIFFRACTION56
2.3646-2.40540.30251150.2132183X-RAY DIFFRACTION65
2.4054-2.44910.30421290.21422392X-RAY DIFFRACTION73
2.4491-2.49620.32861420.21482655X-RAY DIFFRACTION80
2.4962-2.54710.31151430.22372831X-RAY DIFFRACTION84
2.5471-2.60250.34211430.23182841X-RAY DIFFRACTION86
2.6025-2.6630.31651510.21843006X-RAY DIFFRACTION89
2.663-2.72960.31011720.22442997X-RAY DIFFRACTION90
2.7296-2.80340.32271600.21353024X-RAY DIFFRACTION91
2.8034-2.88580.3261530.20193077X-RAY DIFFRACTION91
2.8858-2.9790.28891300.20013131X-RAY DIFFRACTION92
2.979-3.08540.27631700.20323057X-RAY DIFFRACTION91
3.0854-3.20880.29541540.20143114X-RAY DIFFRACTION92
3.2088-3.35480.26151700.19853044X-RAY DIFFRACTION91
3.3548-3.53150.33561690.19623062X-RAY DIFFRACTION91
3.5315-3.75260.26411430.17933104X-RAY DIFFRACTION92
3.7526-4.0420.26541410.16943140X-RAY DIFFRACTION91
4.042-4.44810.23711410.15063108X-RAY DIFFRACTION92
4.4481-5.09030.1921560.14773230X-RAY DIFFRACTION94
5.0903-6.40770.23621710.19113401X-RAY DIFFRACTION98
6.4077-36.74110.25751810.19283537X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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