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- PDB-3nsl: Crystal Structure of S100A3 C30A+C68A double mutant expressed in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nsl
タイトルCrystal Structure of S100A3 C30A+C68A double mutant expressed in insect cell
要素Protein S100-A3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / Ca2+ / Zn2+ binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Unno, M. / Takahara, H. / Kizawa, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Refined crystal structures of human Ca(2+)/Zn(2+)-binding S100A3 protein characterized by two disulfide bridges
著者: Unno, M. / Kawasaki, T. / Takahara, H. / Heizmann, C.W. / Kizawa, K.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A3
F: Protein S100-A3
C: Protein S100-A3
B: Protein S100-A3
E: Protein S100-A3
D: Protein S100-A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5218
ポリマ－69,3376
非ポリマー1842
水10,593588
1
A: Protein S100-A3
B: Protein S100-A3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1122
ポリマ－23,1122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
2
F: Protein S100-A3
E: Protein S100-A3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1122
ポリマ－23,1122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
3
C: Protein S100-A3
D: Protein S100-A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2964
ポリマ－23,1122
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.357, 101.357, 45.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Protein S100-A3 / S100 calcium-binding protein A3 / Protein S-100E


分子量: 11556.129 Da / 分子数: 6 / 変異: C30A, C68A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A3, S100E / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P33764
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 83262 / Num. obs: 83178 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NSI

3nsi


解像度: 1.5→24.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.586 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19655 4163 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.16182 83178 --
obs0.16182 78936 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20.2 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4523 0 12 588 5123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.971.9756732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2515642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.88324.637248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48615900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9791525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2221.52936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18424771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.34331997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2334.51916
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 291 -
Rwork0.204 5837 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61120.2353-0.1110.92390.09810.34460.0362-0.0857-0.0150.13010.0183-0.08150.03980.1232-0.05440.04610.0006-0.02650.0521-0.02120.110934.63840.9274.439
20.34080.28380.06711.56620.21430.3696-0.0110.0339-0.0037-0.13170.0486-0.0490.06190.0561-0.03760.04330.0023-0.00940.0148-0.01360.098130.67434.698-11.394
30.74310.0127-0.21630.2894-0.10580.3187-0.03740.07380.0173-0.04150.0316-0.0004-0.0307-0.03180.00580.0377-0.00820.01110.036-0.00180.10294.2738.7124.505
41.1103-0.0628-0.040.46780.01490.1011-0.0292-0.07030.00680.04830.019-0.0025-0.0286-0.01950.01020.02580.00870.0180.0265-0.00490.1075-3.55938.28920.157
50.498-0.36830.17771.298-0.36310.4582-0.0012-0.025-0.06260.15960.01930.05590.0149-0.0478-0.01810.0566-0.0065-0.01240.00860.01610.10319.4275.23134.546
61.078-0.6026-0.07171.3397-0.15960.0550.08860.1572-0.0681-0.0905-0.11110.07480.0017-0.02050.02250.04040.0243-0.01570.0522-0.00260.11816.22512.6219.03
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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