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- PDB-3nsl: Crystal Structure of S100A3 C30A+C68A double mutant expressed in ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nsl | ||||||
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Title | Crystal Structure of S100A3 C30A+C68A double mutant expressed in insect cell | ||||||
![]() | Protein S100-A3 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / EF-hand / Ca2+ / Zn2+ binding | ||||||
Function / homology | ![]() transition metal ion binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Unno, M. / Takahara, H. / Kizawa, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Refined crystal structures of human Ca(2+)/Zn(2+)-binding S100A3 protein characterized by two disulfide bridges Authors: Unno, M. / Kawasaki, T. / Takahara, H. / Heizmann, C.W. / Kizawa, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 251.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 204.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 485.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 497.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3nsiSC ![]() 3nskC ![]() 3nsoC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11556.129 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: C30A, C68A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 28, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. all: 83262 / Num. obs: 83178 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3NSI Resolution: 1.5→24.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.586 / SU ML: 0.045 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.078 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.205 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→24.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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