PDB-6k3h: Crystallographic Analysis of Nucleoside Diphosphate Kinase (NDK) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k3h

タイトル

Crystallographic Analysis of Nucleoside Diphosphate Kinase (NDK) from Aspergillus Flavus

要素

Nucleoside diphosphate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Nucleoside Diphosphate Kinase / Aspergillus Flavus / Filamentous fungi

機能・相同性

機能・相同性情報

: / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus flavus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.179 Å

データ登録者

Wang, Y. / Wang, S. / Wang, S.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular and structural basis of nucleoside diphosphate kinase-mediated regulation of spore and sclerotia development in the fungusAspergillus flavus.
著者: Wang, Y. / Wang, S. / Nie, X. / Yang, K. / Xu, P. / Wang, X. / Liu, M. / Yang, Y. / Chen, Z. / Wang, S.

履歴

登録	2019年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k3h.cif.gz	674 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k3h.ent.gz	564.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k3h_validation.pdf.gz	597.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k3h_full_validation.pdf.gz	645.3 KB	表示
XML形式データ	6k3h_validation.xml.gz	114.6 KB	表示
CIF形式データ	6k3h_validation.cif.gz	156.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/6k3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/6k3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nskS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6joh-3 6joh-2 1s5z-d 6joh-4 1ncl-1 5iol-2 1hiy-1 6agy-1 5iol-1 3bbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

I: Nucleoside diphosphate kinase

J: Nucleoside diphosphate kinase

K: Nucleoside diphosphate kinase

L: Nucleoside diphosphate kinase

M: Nucleoside diphosphate kinase

N: Nucleoside diphosphate kinase

Q: Nucleoside diphosphate kinase

R: Nucleoside diphosphate kinase

U: Nucleoside diphosphate kinase

V: Nucleoside diphosphate kinase

W: Nucleoside diphosphate kinase

X: Nucleoside diphosphate kinase

O: Nucleoside diphosphate kinase

P: Nucleoside diphosphate kinase

S: Nucleoside diphosphate kinase

T: Nucleoside diphosphate kinase

412 kDa, 24 ポリマー
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1

A: Nucleoside diphosphate kinase

B: Nucleoside diphosphate kinase

C: Nucleoside diphosphate kinase

D: Nucleoside diphosphate kinase

M: Nucleoside diphosphate kinase

N: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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2

E: Nucleoside diphosphate kinase

F: Nucleoside diphosphate kinase

G: Nucleoside diphosphate kinase

H: Nucleoside diphosphate kinase

O: Nucleoside diphosphate kinase

P: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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3

I: Nucleoside diphosphate kinase

J: Nucleoside diphosphate kinase

K: Nucleoside diphosphate kinase

L: Nucleoside diphosphate kinase

Q: Nucleoside diphosphate kinase

R: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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4

U: Nucleoside diphosphate kinase

V: Nucleoside diphosphate kinase

W: Nucleoside diphosphate kinase

X: Nucleoside diphosphate kinase

S: Nucleoside diphosphate kinase

T: Nucleoside diphosphate kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	189.781, 168.439, 146.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	... Nucleoside diphosphate kinase 分子量: 17186.676 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (カビ) 株: ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167 遺伝子: AFLA_006300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8NQF0, nucleoside-diphosphate kinase

#1: タンパク質

...
Nucleoside diphosphate kinase

分子量: 17186.676 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (カビ)
株: ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167
遺伝子: AFLA_006300 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8NQF0, nucleoside-diphosphate kinase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.88 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4 M Sodium Citrate, 100 mM HEPES, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→94.762 Å / Num. obs: 241762 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.18
反射シェル	解像度: 2.17→2.2 Å / R_merge(I) obs: 1.264 / Num. unique obs: 11107

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NSK

1nsk

解像度: 2.179→94.762 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2807	11865	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2304	-	-	-
obs	0.233	236473	99.29 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.179→94.762 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28318	0	0	0	28318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	29027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.952	39218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.369	17345
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	4182
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	5061

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1795-2.2043	0.3905	353	0.3406	6905	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2043-2.2302	0.3914	408	0.3434	7543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2302-2.2574	0.4268	416	0.3798	7447	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2574-2.286	0.3876	416	0.3275	7452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.286-2.3161	0.3718	394	0.3111	7539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3161-2.3478	0.3518	379	0.3094	7505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3478-2.3813	0.3655	412	0.3062	7441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3813-2.4169	0.3445	406	0.3097	7456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4169-2.4546	0.355	391	0.3028	7526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4546-2.4949	0.3538	359	0.2909	7619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4949-2.5379	0.376	372	0.2985	7492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5379-2.5841	0.3641	397	0.2937	7459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5841-2.6338	0.3579	387	0.2906	7536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6338-2.6875	0.3794	391	0.3019	7500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6875-2.746	0.3553	379	0.2913	7548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.746-2.8099	0.3357	377	0.2779	7526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8099-2.8801	0.3338	388	0.2903	7541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8801-2.958	0.3877	375	0.2968	7528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.958-3.0451	0.3272	398	0.2682	7480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0451-3.1433	0.3425	412	0.2666	7514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1433-3.2557	0.3147	413	0.271	7543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2557-3.3861	0.3298	408	0.2579	7510	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3861-3.5402	0.2849	385	0.2277	7548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5402-3.7268	0.2714	414	0.2216	7562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7268-3.9603	0.2266	423	0.1976	7510	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9603-4.2661	0.2357	391	0.1809	7453	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2661-4.6954	0.2044	379	0.162	7513	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6954-5.3748	0.2118	410	0.1714	7519	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3748-6.7714	0.2043	428	0.1745	7604	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7714-94.8515	0.2115	404	0.1686	7289	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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