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- PDB-6k2m: Crystal structure of the complex of Proliferating Cell Nuclear An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k2m
タイトルCrystal structure of the complex of Proliferating Cell Nuclear Antigen from Leishmania donovani with arginine at 3.19 A resolution.
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / translesion synthesis / mismatch repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Viswanathan, V. / Iqbal, N. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of Proliferating Cell Nuclear Antigen from Leishmania donovani with arginine at 3.19 A resolution.
著者: Viswanathan, V. / Iqbal, N. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
D: Proliferating cell nuclear antigen
E: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
F: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,3438
ポリマ－198,9936
非ポリマー3502
水1,31573
1
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6724
ポリマ－99,4963
非ポリマー1751
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
2
D: Proliferating cell nuclear antigen
E: Proliferating cell nuclear antigen
F: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6724
ポリマ－99,4963
非ポリマー1751
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area34140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.926, 150.588, 171.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Proliferating cell nuclear antigen


分子量: 33165.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5TV91
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→106.63 Å / Num. obs: 58894 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 3.19→3.24 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2924 / CC1/2: 0.752 / Rpim(I) all: 0.323 / Rrim(I) all: 0.732 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J0J

6j0j


解像度: 3.19→106.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 16.979 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.617 / ESU R Free: 0.338
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22695 3020 5.1 %RANDOM
Rwork0.16694 ---
obs0.17011 55874 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 110.526 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.94 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3----5.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.19→106.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11605 0 24 73 11702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01311797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.63215914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2291.57725737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.16951489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.40323.247579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.143152137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1661563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.27811.3745998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.27611.3735997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.78317.0347473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.78217.0347474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.58612.4715799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.58512.475799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other17.33618.2498441
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.60112483
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other20.612484
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.188→3.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 208 -
Rwork0.331 4114 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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