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万見
- PDB-6k03: Crystal structure of ceH2A-H2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k03
タイトルCrystal structure of ceH2A-H2B
要素Histone H2B 1,Histone H2A
キーワードCHAPERONE / H2A-H2B
機能・相同性
機能・相同性情報


Metalloprotease DUBs / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Ub-specific processing proteases / Oxidative Stress Induced Senescence / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Condensation of Prophase Chromosomes / RMTs methylate histone arginines ...Metalloprotease DUBs / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Ub-specific processing proteases / Oxidative Stress Induced Senescence / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Condensation of Prophase Chromosomes / RMTs methylate histone arginines / heterochromatin organization / nucleosomal DNA binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA repair / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.857 Å
データ登録者Liu, Y.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of xlH2A-H2B
著者: Liu, Y.R.
履歴
登録2019年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Histone H2B 1,Histone H2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6531
ポリマ－22,6531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.839, 63.839, 70.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Histone H2B 1,Histone H2A


分子量: 22653.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P04255, UniProt: P09588

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.857→44.39 Å / Num. obs: 3967 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル解像度: 2.857→2.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 3967

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K01

6k01


解像度: 2.857→43.394 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 403 10.18 %
Rwork0.231 --
obs0.2366 3959 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.41 Å2 / Biso mean: 50.6172 Å2 / Biso min: 27.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.857→43.394 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1281 0 0 0 1281
残基数----166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8569-3.27020.36771190.30251168128797
3.2702-4.11960.31541350.23211177131298
4.1196-43.39880.24371490.20561211136097
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.7115 Å / Origin y: 13.1587 Å / Origin z: 1.9542 Å
111213212223313233
T0.3384 Å2-0.006 Å2-0.013 Å2-0.3492 Å20.0015 Å2--0.3474 Å2
L2.3239 °2-0.0593 °2-0.794 °2-1.306 °20.3684 °2--2.1932 °2
S-0.0072 Å °-0.1981 Å °-0.1744 Å °0.0678 Å °-0.0304 Å °0.0984 Å °-0.1377 Å °-0.0328 Å °0.0207 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'D' and resid 30 through 212)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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