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- PDB-6juf: SspB crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6juf
タイトルSspB crystal structure
要素SspB protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DNase (デオキシリボヌクレアーゼ) / PT
機能・相同性Domain of unknown function DUF4007 / Protein of unknown function (DUF4007) / DUF4007 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.587 Å
データ登録者Liqiong, L. / Yubing, Z.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defence system with broad anti-phage activities.
著者: Xiong, X. / Wu, G. / Wei, Y. / Liu, L. / Zhang, Y. / Su, R. / Jiang, X. / Li, M. / Gao, H. / Tian, X. / Zhang, Y. / Hu, L. / Chen, S. / Tang, Y. / Jiang, S. / Huang, R. / Li, Z. / Wang, Y. / ...著者: Xiong, X. / Wu, G. / Wei, Y. / Liu, L. / Zhang, Y. / Su, R. / Jiang, X. / Li, M. / Gao, H. / Tian, X. / Zhang, Y. / Hu, L. / Chen, S. / Tang, Y. / Jiang, S. / Huang, R. / Li, Z. / Wang, Y. / Deng, Z. / Wang, J. / Dedon, P.C. / Chen, S. / Wang, L.
履歴
登録2019年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SspB protein
A: SspB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4972
ポリマ－82,4972
非ポリマー00
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.398, 81.637, 148.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 4 - 351 / Label seq-ID: 4 - 351

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.029813, -0.05794, -0.997875), (-0.117682, -0.991579, 0.054059), (-0.992604, 0.11582, -0.036381)-30.99823, 52.03013, -36.40803

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要素

#1: タンパク質 SspB protein


分子量: 41248.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces clavuligerus (strain ATCC 27064 / DSM 738 / JCM 4710 / NBRC 13307 / NCIMB 12785 / NRRL 3585 / VKM Ac-602) (バクテリア)
株: ATCC 27064 / DSM 738 / JCM 4710 / NBRC 13307 / NCIMB 12785 / NRRL 3585 / VKM Ac-602
参照: UniProt: B5GPM3
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% polyethyleneglycol (PEG) 3350, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.587→75 Å / Num. obs: 93617 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.862 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / Num. unique obs: 93617 / CC1/2: 0.954

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.587→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.04 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.101
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 4616 5 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1948 87603 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.07 Å2 / Biso mean: 17.843 Å2 / Biso min: 3.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.587→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5454 0 0 447 5901
Biso mean---24.03 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.811.9427658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8165685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08722.464276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65615878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0191557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214415
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.535629
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.1955130
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.24755790
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 409 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 1.587→1.628 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 287 -
Rwork0.209 5389 -
obs--85.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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