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- PDB-6jst: Structure of Geobacillus kaustophilus lactonase, Y99P/D266N doubl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jst
タイトルStructure of Geobacillus kaustophilus lactonase, Y99P/D266N double mutant with bound 3-oxo-C8-HSL
要素Phosphotriesterase
キーワードHYDROLASE / Alpha-Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / catabolic process / hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-LAE / HYDROXIDE ION / Phosphotriesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.726 Å
データ登録者Xue, B. / Yew, W.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号
National Research Foundation (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Structure / : 2020
タイトル: Directed Computational Evolution of Quorum-Quenching Lactonases from the Amidohydrolase Superfamily.
著者: Go, M.K. / Zhao, L.N. / Xue, B. / Supekar, S. / Robinson, R.C. / Fan, H. / Yew, W.S.
履歴
登録2019年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotriesterase
B: Phosphotriesterase
C: Phosphotriesterase
D: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,02916
ポリマ-147,2524
非ポリマー77712
13,727762
1
A: Phosphotriesterase
B: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1449
ポリマ-73,6262
非ポリマー5187
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
2
C: Phosphotriesterase
D: Phosphotriesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8857
ポリマ-73,6262
非ポリマー2605
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.991, 51.187, 134.473
Angle α, β, γ (deg.)90.990, 91.330, 96.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Phosphotriesterase


分子量: 36812.883 Da / 分子数: 4 / 変異: Y99P, D266N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
: HTA426 / 遺伝子: GK1506 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5KZU5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 774分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : HO
#5: 化合物 ChemComp-LAE / 3-OXO-OCTANOIC ACID (2-OXO-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL)-AMIDE / N-(3-OXO-OCTANAL-1-YL)-HOMOSERINE LACTONE / N-(3-オキソオクタノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 241.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C12H19NO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17.00% w/v PEG 20000, 0.10 M TRIS-HCl, pH 8.5, 0.10 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→44.917 Å / Num. obs: 142028 / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 1.975 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.73 / Num. measured all: 468131
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.73-1.831.9190.2122.836396045780333380.8880.372.8
1.83-1.961.9820.1544.547829843102395090.9330.21891.7
1.96-2.121.9840.1037.226981939880351930.9640.14588.2
2.12-2.321.9840.07510.26145536906309710.9790.10683.9
2.32-2.591.9850.0612.925434133170273750.9830.08482.5
2.59-2.991.9850.04816.14745129408239070.9870.06881.3
2.99-3.661.9830.0419.684032624798203310.9890.05782
3.66-5.161.9870.03321.23304019186166290.9910.04786.7
5.16-44.9171.9840.02721.19194411063098010.9950.03992.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å29.07 Å
Translation3.5 Å29.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H9U
解像度: 1.726→19.986 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 26.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 12924 4.9 %
Rwork0.2187 --
obs0.221 133282 92.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.32 Å2 / Biso mean: 30.5855 Å2 / Biso min: 3.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.726→19.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10152 0 28 762 10942
Biso mean--34.84 33.14 -
残基数----1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9114081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0126208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7257-1.74530.453230.37744674905
1.7453-1.76590.35713150.26966243655869
1.7659-1.78740.29023870.23758573896096
1.7874-1.810.27794400.21828707914796
1.81-1.83380.2733550.22468697905295
1.8338-1.85890.29544790.248550902996
1.8589-1.88540.28464600.24368704916496
1.8854-1.91350.30664750.24058510898596
1.9135-1.94340.27794740.22528651912596
1.9434-1.97530.26454760.22968537901395
1.9753-2.00930.28475430.22288733927697
2.0093-2.04580.26844900.22688575906596
2.0458-2.08510.28284620.23178563902597
2.0851-2.12760.25865510.22228812936396
2.1276-2.17380.29664450.22538532897797
2.1738-2.22430.28794340.22848862929696
2.2243-2.27990.28424050.22778633903897
2.2799-2.34140.26214240.22018849927397
2.3414-2.41020.26094230.21768709913297
2.4102-2.48790.27924210.22178774919597
2.4879-2.57660.26833840.22748856924097
2.5766-2.67950.25215060.23058779928597
2.6795-2.80120.29444550.23448760921598
2.8012-2.94840.26374300.2318815924598
2.9484-3.13250.28254860.2178750923698
3.1325-3.37330.26833500.21318993934398
3.3733-3.71080.23874790.20388789926898
3.7108-4.24330.22374630.19638852931598
4.2433-5.32930.21444250.1898816924199
5.3293-19.98720.26534640.21898806927098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0009-0.0003-0.00150.05720.03150.0266-0.03620.00320.0550.03940.02560.0020.01720.0225-0.02190.02960.0097-0.00940.0572-0.03060.146428.715351.105526.3397
20.0608-0.05790.08910.0579-0.06190.14950.0571-0.06750.0420.01160.03660.0336-0.00510.02890.04310.04-0.02040.04460.1121-0.01870.053915.137136.901629.7649
30.0011-0.0025-0.01020.01490.00410.04450.026-0.03890.06470.00750.00610.0146-0.0266-0.03080.00590.04840.00690.01150.06-0.01890.128920.78444.517125.2225
40.0437-0.02430.03150.0455-0.07850.1455-0.0017-0.03030.0468-0.0328-0.027-0.00040.0691-0.0086-0.00510.02610.0049-0.00290.02090.01640.075527.226936.337620.1251
5-0.0004-0.00060.0010.0038-0.0023-0.0006-0.0342-0.02-0.015-0.03680.0004-0.04420.01240.00200.08570.0050.00830.06530.02040.041329.315835.40815.4405
60.00750.0016-0.00830.00170.00350.0209-0.01210.01930.0222-0.03830.03970.02330.0291-0.00090.00140.05650.00510.00050.04220.00750.105329.789738.310216.3014
70.0073-0.0011-0.00010.0031-0.00070.00230.01490.00540.02790.00890.00370.01110.00320.01060.02190.01290.04560.06280.01930.02640.064837.42737.16810.1846
80.00430.00530.00470.04920.03630.02730.0346-0.07670.0586-0.05360.0132-0.06520.01720.0770.0040.03930.0136-0.00530.0875-0.00350.110743.554836.184723.9292
90.00450.0005-0.00370.0031-0.00440.0060.0137-0.0133-0.03010.0320.04770.01020.0220.02070.00890.1556-0.0123-0.04020.24680.03380.056738.907631.949538.6254
100.077-0.05930.0080.0396-0.00660.0042-0.0577-0.1610.07230.0520.0495-0.0461-0.014-0.0145-0.01880.0915-0.00160.00030.149-0.02090.069532.818139.019837.6306
110.00840.0079-0.00370.0129-0.01090.02630.0250.01940.0066-0.04630.03350.0481-0.0063-0.02220.02770.07920.0026-0.03540.06530.0020.1333-2.532616.10493.6508
120.0182-0.01610.01420.0187-0.01340.00540.03290.0102-0.006-0.0521-0.00670.0503-0.0175-0.00290.0390.09660.0504-0.0625-0.03680.0733-0.000110.021131.23370.2945
130.02670.0032-0.0190.00450.0030.02090.0280.01940.0081-0.06470.00550.0545-0.04370.01850.00560.0699-0.0037-0.01920.05340.0090.07236.515222.67566.7985
140.0041-0.0014-0.00490.00310.00240.00390.0155-0.0412-0.01080.0043-0.0228-0.0312-0.00880.0084-00.0661-0.00370.00850.07040.01950.097613.125117.195824.5812
150.0059-0.01110.01970.0159-0.01330.01920.0304-0.0013-0.0521-0.02250.01820.03890.0329-0.00610.0409-0.01260.1283-0.0576-0.19690.14750.036912.71710.045614.4101
160.0335-0.01780.0070.016-0.00270.01370.04460.004-0.0464-0.0902-0.00920.03780.03790.00150.02190.09010.01-0.01130.05790.00210.101413.74633.73691.395
170.011-0.00650.00830.0151-0.00830.00640.0180.0138-0.0046-0.0081-0.0038-0.01580.0240.0022-0.00470.23920.0655-0.02140.1956-0.07430.153817.62755.9004-9.4654
180.0564-0.0120.03950.02080.00670.03430.05270.0901-0.0358-0.0869-0.0401-0.01540.03850.06570.01220.18670.0244-0.02560.14540.00030.061913.091115.764-8.6722
190.00250.00340.00020.00220.0004-0.00010.0258-0.0078-0.0225-0.0305-0.0030.0187-0.0021-0.00920.00340.14850.0087-0.06370.0759-0.01940.1404-0.76915.5934-3.6863
200.00540.0112-0.00510.0108-0.00530.01360.01060.0292-0.0721-0.04150.0264-0.01930.0488-0.0231-00.2752-0.03250.01850.3376-0.05170.29312.27860.227469.4076
210.011-0.0046-0.00730.00670.0090.0083-0.0390.0469-0.02660.0169-0.0273-0.0096-0.02740.059300.2526-0.02720.01190.3206-0.05510.288616.08899.276979.9529
220.00780.0021-0.00590.0056-0.00170.00760.00520.0032-0.0088-0.0684-0.0020.0178-0.00610.010100.239-0.05220.02360.3972-0.00610.278719.301512.918360.4305
230.0037-0.0028-0.00480.0066-0.00930.0087-0.06090.0320.0428-0.0475-0.04750.09010.02780.006500.24-0.03270.03160.3566-0.07450.25178.24556.55855.4983
240.0034-0.0006-0.0059-0.001-0.0010.00810.0357-0.052-0.031-0.00380.0609-0.04490.0695-0.030500.3282-0.02830.01190.29920.01820.25-5.213115.6678100.2923
250.0084-0.00760.00680.0081-0.0010.00640.00920.0361-0.0185-0.0142-0.03680.0140.01750.0206-00.2522-0.0250.02360.3263-0.07490.2756-6.399818.220495.0385
260.0084-0.0114-0.00390.0183-0.0150.01480.05440.02060.00930.00760.0052-0.0013-0.1259-0.0577-00.25410.00050.02170.3216-0.03590.2633-6.316731.912786.1682
270.00010.0004-0.00060.001-0.00150.00260.0419-0.00920.02410.0181-0.0047-0.0009-0.03590.0076-00.2976-0.0070.01350.2716-0.09380.27964.609535.2078103.8738
280.0030.0031-0.00430.0024-0.00410.0048-0.04290.0271-0.00390.00030.0006-0.0071-0.03890.010200.34870.01360.08510.3091-0.02710.2737-1.667830.56103.3007
290.00350.00350.00220.0104-0.00570.00690.0115-0.0080.00440.0666-0.0582-0.0239-0.02570.0415-00.2165-0.0310.02320.2589-0.0160.18741.523428.0265109.0156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )A3 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 61 )A27 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 88 )A62 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 106 )A89 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 107 through 131 )A107 - 131
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 132 through 154 )A132 - 154
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 155 through 171 )A155 - 171
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 172 through 228 )A172 - 228
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 229 through 254 )A229 - 254
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 255 through 325 )A255 - 325
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 3 through 26 )B3 - 26
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 27 through 61 )B27 - 61
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 62 through 106 )B62 - 106
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 107 through 131 )B107 - 131
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 132 through 195 )B132 - 195
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 196 through 235 )B196 - 235
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 236 through 254 )B236 - 254
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 255 through 308 )B255 - 308
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 309 through 325 )B309 - 325
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 3 through 88 )C3 - 88
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 89 through 171 )C89 - 171
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 172 through 254 )C172 - 254
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 255 through 325 )C255 - 325
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 3 through 61 )D3 - 61
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 62 through 106 )D62 - 106
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 107 through 222 )D107 - 222
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 223 through 253 )D223 - 253
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 254 through 273 )D254 - 273
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 274 through 325 )D274 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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