PDB-6jsd: Crystal structure of the domain-swapped dimer H434A variant of th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jsd

タイトル

Crystal structure of the domain-swapped dimer H434A variant of the C-terminal domain of HtaA from Corynebacterium glutamicum

要素

Hypothetical membrane protein

キーワード

HEME-BINDING PROTEIN / heme / heme transport

機能・相同性

Htaa / Htaa / metal ion binding / ISOPROPYL ALCOHOL / Hypothetical membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.042 Å

データ登録者

Muraki, N. / Aono, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the heme transfer reaction in heme uptake machinery from Corynebacteria.
著者: Muraki, N. / Kitatsuji, C. / Okamoto, Y. / Uchida, T. / Ishimori, K. / Aono, S.

履歴

登録	2019年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jsd.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jsd.ent.gz	103.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jsd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6js9C 6jsaSC 6jsbC 6jscC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a5c-2 4cc3-d 4aw4-1 3huf-1 2x3c-d 5mx1-1 2wqx-1 3lqc-d 5dcv-1 2y5q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical membrane protein

B: Hypothetical membrane protein

ヘテロ分子

36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer (gel filtration)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.900, 40.230, 87.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Hypothetical membrane protein 分子量: 18161.576 Da / 分子数: 2 / 変異: H434A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: Cgl0388 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NTB9
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3350, Tris-HCl pH8, 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月23日
放射	モノクロメーター: Si (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→40 Å / Num. obs: 21370 / % possible obs: 98.71 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.32 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0529 / R_pim(I) all: 0.0321 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 15.06
反射シェル	解像度: 2.04→2.12 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.816 / Num. unique obs: 2022 / CC_1/2: 0.602 / R_pim(I) all: 0.498 / R_rim(I) all: 0.959 / % possible all: 93.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JSA

6jsa

解像度: 2.042→39.608 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.24

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2461	1067	5 %	Random selection
R_work	0.2035	-	-	-
obs	0.2056	21341	98.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.042→39.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2346	0	4	11	2361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.752	3262
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.955	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0415-2.1344	0.3674	125	0.3233	2366	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1344-2.247	0.3269	135	0.2824	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.247-2.3877	0.3172	132	0.2798	2509	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3877-2.572	0.324	135	0.2556	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.572-2.8308	0.3081	133	0.2354	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8308-3.2403	0.2616	134	0.2197	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2403-4.0818	0.2282	137	0.1761	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0818-39.6156	0.1938	136	0.1678	2600	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1829	1.7142	-0.5123	4.5568	-0.213	1.2781	-0.1136	-0.4278	-0.1422	-0.3398	0.0906	-0.0065	-0.0749	-0.251	-0.0238	0.3874	-0.0105	-0.0365	0.4543	0.1355	0.3603	-33.0858	-16.7755	23.7113
2	2.4128	1.0864	-1.2853	1.5351	-0.7257	5.3425	-0.075	0.2862	0.0904	-0.1981	-0.0847	-0.1768	0.1993	0.5347	0.1468	0.2928	0.0185	0.0281	0.3378	0.0875	0.3483	-14.9128	12.2157	6.9022
3	2.941	0.3238	-0.1667	1.2077	-1.3884	4.3862	-0.0037	-0.0803	-0.2377	-0.4062	0.0034	-0.0252	0.5398	0.455	-0.0434	0.3884	0.0371	-0.0005	0.3283	0.0423	0.3881	-11.1615	6.7905	3.2912
4	3.1441	0.7419	-0.9149	3.4303	-0.4361	2.7738	-0.289	-0.2337	-0.7459	-0.0126	0.3801	0.209	0.9567	0.3724	-0.0334	0.6192	0.1355	0.0903	0.4205	0.0393	0.5398	-13.2689	2.8432	4.3628
5	1.5937	1.5894	-1.1462	6.1938	-4.1791	4.1007	-0.0516	0.0386	0.0777	0.0726	-0.0009	0.1418	0.0362	0.1249	0.0075	0.4336	-0.0232	0.0139	0.4244	0.0342	0.4302	-19.1919	5.5113	7.0647
6	5.1329	-1.0071	0.1479	2.6474	-0.0867	3.6043	-0.0582	-0.3537	-0.0877	-0.1071	0.1944	0.2037	-0.0961	-0.4986	-0.1563	0.3571	0.0141	-0.0032	0.3594	0.1011	0.2849	-30.7549	-22.7297	25.5035
7	5.427	0.4996	3.1846	3.0923	-1.3931	4.0984	-0.8085	-0.3448	0.6398	0.2094	0.5102	0.4597	-0.8163	-0.4285	0.2586	0.478	0.1346	-0.0463	0.5327	0.024	0.3577	-34.0759	-16.5354	31.8095
8	2.7851	2.7013	-0.4386	8.2877	-2.1839	1.3352	-0.0613	-0.4566	-0.1006	-0.2824	0.0844	-0.0379	-0.1204	-0.1957	-0.0248	0.4338	-0.0161	-0.0526	0.5098	0.1314	0.5299	-35.662	-8.785	20.718

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 364 through 389)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 390 through 452)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 453 through 500 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 501 through 528)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 364 through 389)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 390 through 452 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 453 through 500 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 501 through 528 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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