PDB-6jsb: Crystal structure of Heme binding protein HtaB from Corynebacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jsb

タイトル

Crystal structure of Heme binding protein HtaB from Corynebacterium glutamicum

要素

Hypothetical membrane protein

キーワード

HEME-BINDING PROTEIN / heme / heme transport / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

Htaa / Htaa / SOS response / metal ion binding / membrane / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hypothetical membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Muraki, N. / Aono, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the heme transfer reaction in heme uptake machinery from Corynebacteria.
著者: Muraki, N. / Kitatsuji, C. / Okamoto, Y. / Uchida, T. / Ishimori, K. / Aono, S.

履歴

登録	2019年4月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jsb.cif.gz	180.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jsb.ent.gz	143 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jsb_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jsb_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6jsb_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	6jsb_validation.cif.gz	29.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6js9C 6jsaC 6jscC 6jsdC 6dsa PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i0c-2 6py3-2 1e5u-d 6mci-d 6f9g-3 4gzr-2 3m19-2 3f42-d 1h6o-d 4z21-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical membrane protein

B: Hypothetical membrane protein

ヘテロ分子

45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, artificial disulfide dimer
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hypothetical membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	235.170, 33.730, 126.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Hypothetical membrane protein / HtaB 分子量: 22178.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: Cgl0392 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NTB5
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 38 % 2-ethoxyethanol, 0.1 M Tris-HCl pH7.5, 0.05 M calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→38.091 Å / Num. obs: 94191 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.35 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9232 / CC_1/2: 0.946 / R_pim(I) all: 0.341 / R_rim(I) all: 0.66 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DSA

6dsa
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.699→38.091 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.41

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1978	4710	5 %	Random selection
R_work	0.1767	-	-	-
obs	0.1778	94184	98.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→38.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3015	0	88	300	3403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	3441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.491	4782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.115	1925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	617

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6985-1.7178	0.3008	144	0.2913	2741	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7178-1.7381	0.2549	156	0.2325	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7381-1.7593	0.2275	158	0.2113	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7593-1.7815	0.2281	159	0.2048	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7815-1.805	0.1948	153	0.2015	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.805-1.8297	0.1915	158	0.1804	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8297-1.8558	0.1859	157	0.1743	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8558-1.8835	0.2127	159	0.1804	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8835-1.913	0.2171	154	0.1837	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.913-1.9443	0.2122	157	0.1867	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9443-1.9778	0.2055	162	0.1781	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9778-2.0138	0.187	154	0.1772	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0138-2.0525	0.2018	156	0.1732	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0525-2.0944	0.199	160	0.1716	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0944-2.14	0.1962	156	0.1633	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.1897	0.1662	157	0.1642	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1897-2.2445	0.1869	161	0.1683	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2445-2.3052	0.2093	153	0.17	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3052-2.373	0.1753	161	0.1734	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.373-2.4496	0.2062	157	0.1812	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4496-2.5371	0.199	158	0.1755	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5371-2.6387	0.2149	159	0.1772	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6387-2.7587	0.2027	159	0.1873	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7587-2.9041	0.2379	158	0.1852	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9041-3.086	0.197	161	0.1906	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.3242	0.2092	159	0.1945	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3242-3.6584	0.2208	159	0.1863	3017	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6584-4.1872	0.1749	159	0.149	3032	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1872-5.2733	0.1479	154	0.1371	2920	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2733-38.1003	0.1903	152	0.1883	2875	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8895	0.1124	0.2414	0.8496	0.1574	1.2346	0.0127	0.0651	0.0112	-0.1179	0.0387	-0.1044	-0.0142	0.045	-0.0158	0.1671	0.0003	0.0125	0.125	0.0002	0.1326	68.0974	5.1697	24.8574
2	1.3207	0.1622	-0.0239	0.8358	0.0347	0.6993	-0.0185	0.0624	-0.0093	-0.1544	0.0212	-0.0688	0.0433	0.0406	-0.0134	0.1568	0.002	0.0212	0.1297	-0.002	0.1628	117.4771	35.8826	57.7266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 34 through 232)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 34 through 231)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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