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Yorodumi- PDB-6f9g: Ligand binding domain of P. putida KT2440 polyamine chemorecpetor... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6f9g | ||||||
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Title | Ligand binding domain of P. putida KT2440 polyamine chemorecpetors McpU in complex putrescine. | ||||||
Components | Methyl-accepting chemotaxis protein McpU | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / CHEMOTACTIC TRANSDUCER | ||||||
Function / homology | Function and homology information chemotaxis / membrane => GO:0016020 / signal transduction / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.388 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Conejero-Muriel, M.T. / Ortega, A. / Martin-Mora, D. / Corral-Lugo, A. / Morel, B. / Krell, T. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: J. Mol. Biol. / Year: 2018 Title: Structural Basis for Polyamine Binding at the dCACHE Domain of the McpU Chemoreceptor from Pseudomonas putida. Authors: Gavira, J.A. / Ortega, A. / Martin-Mora, D. / Conejero-Muriel, M.T. / Corral-Lugo, A. / Morel, B. / Matilla, M.A. / Krell, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6f9g.cif.gz | 540.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6f9g.ent.gz | 466.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6f9g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34732.844 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Recombinant protein has the N-terminal extension MGSSHHHHHHSGLVPRGSHM containing the hexa-histidine tag. Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida KT2440 (bacteria) / Gene: mcpU, PP_1228 / Plasmid: PET28B PLUS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q88NI1 #2: Chemical | ChemComp-PUT / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: liquid diffusion / pH: 6 Details: 30% PEG 4K, 0.2M NH4-acetate, 0.1M Na-acetate pH 6.0 PH range: 5.0-9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9790, 0.979117,0.9767 | ||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2017 / Details: Toroidal mirror | ||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.388→79.53 Å / Num. obs: 52459 / % possible obs: 96.31 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09447 / Rpim(I) all: 0.06157 / Rrim(I) all: 0.1136 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.388→2.473 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5978 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 4922 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.4033 / Rrim(I) all: 0.7273 / % possible all: 90.98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.388→79.53 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.94
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.388→79.53 Å
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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