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- PDB-6js9: Crystal structure of the N-terminal domain of HtaA from Corynebac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6js9
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of HtaA from Corynebacterium glutamicum
要素Hypothetical membrane protein
キーワードHEME-BINDING PROTEIN / heme / heme transport
機能・相同性Htaa / Htaa / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hypothetical membrane protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Muraki, N. / Aono, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K15081 日本
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the heme transfer reaction in heme uptake machinery from Corynebacteria.
著者: Muraki, N. / Kitatsuji, C. / Okamoto, Y. / Uchida, T. / Ishimori, K. / Aono, S.
履歴
登録2019年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical membrane protein
B: Hypothetical membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5194
ポリマ－41,2862
非ポリマー1,2332
水95553
1
A: Hypothetical membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2602
ポリマ－20,6431
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8450 Å2
手法PISA
2
B: Hypothetical membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2602
ポリマ－20,6431
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.120, 65.120, 181.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical membrane protein


分子量: 20643.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
遺伝子: Cgl0388 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NTB9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.4 M tri-sodium citrate, 0.1 M HEPES NaOH pH7.0, 3% 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.41 Å / Num. obs: 30290 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 31.65 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.0959 / Rpim(I) all: 0.0383 / Rrim(I) all: 0.1035 / Net I/σ(I): 11.01
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6188 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Num. unique obs: 3011 / CC1/2: 0.792 / Rpim(I) all: 0.2475 / Rrim(I) all: 0.6674 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→35.409 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1512 4.99 %Random selection
Rwork0.1949 ---
obs0.1962 30279 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2655 0 86 53 2794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9843845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6041565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.06450.31361210.27152590X-RAY DIFFRACTION100
2.0645-2.13830.29041210.25272603X-RAY DIFFRACTION100
2.1383-2.22390.29181510.23172580X-RAY DIFFRACTION100
2.2239-2.32510.27921560.23162612X-RAY DIFFRACTION100
2.3251-2.44770.29271250.2272573X-RAY DIFFRACTION100
2.4477-2.6010.28511420.22452604X-RAY DIFFRACTION100
2.601-2.80170.29691320.23782611X-RAY DIFFRACTION100
2.8017-3.08350.3191270.23392627X-RAY DIFFRACTION100
3.0835-3.52940.20871490.20252612X-RAY DIFFRACTION100
3.5294-4.44530.15691580.14872617X-RAY DIFFRACTION100
4.4453-35.41490.14991300.15462738X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8359-0.4438-0.51291.54261.19953.451-0.0505-0.1098-0.00810.13110.214-0.0935-0.06610.1037-0.04140.26070.1454-0.06180.4232-0.10310.3287-13.6705-7.483455.7332
21.09280.54530.83021.20160.69882.7899-0.26860.378-0.0859-0.21020.2618-0.0776-0.12970.2895-0.08940.2495-0.15070.0140.4918-0.05690.2912-11.5383-24.980711.3463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 39 through 218)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 40 through 218)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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