PDB-6jrg: Crystal structure of ZmMoc1 H253A mutant in complex with Holliday...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jrg

タイトル

Crystal structure of ZmMoc1 H253A mutant in complex with Holliday junction

要素

DNA (32-MER)
DNA (33-MER)
Monokaryotic chloroplast 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Holliday junction resolvase-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic

機能・相同性情報

生物種

Zea mays (トウモロコシ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.005 Å

データ登録者

Lin, Z. / Lin, H. / Zhang, D. / Yuan, C.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of sequence-specific Holliday junction cleavage by MOC1.
著者: Lin, H. / Zhang, D. / Zuo, K. / Yuan, C. / Li, J. / Huang, M. / Lin, Z.

履歴

登録	2019年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jrg.cif.gz	225.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jrg.ent.gz	176.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6jrg_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jrg_full_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示
XML形式データ	6jrg_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	6jrg_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Monokaryotic chloroplast 1

B: Monokaryotic chloroplast 1

C: DNA (33-MER)

D: DNA (32-MER)

ヘテロ分子

57.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.572, 77.841, 63.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Monokaryotic chloroplast 1 分子量: 18645.277 Da / 分子数: 2 / 変異: H253A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: Moc1, 100192759, ZEAMMB73_Zm00001d040409 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4FCI7
#2: DNA鎖	DNA (33-MER) 分子量: 10121.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (32-MER) 分子量: 10152.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 37.5% Polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34594 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.888 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	4.6	0.492	1663	0.822	0.242	0.55	0.781	96.4
2.03-2.07	5.1	0.433	1681	0.888	0.204	0.48	0.827	98
2.07-2.11	5.4	0.396	1707	0.906	0.181	0.437	0.805	98.3
2.11-2.15	5.6	0.345	1719	0.926	0.156	0.38	0.86	98
2.15-2.2	6	0.327	1717	0.942	0.143	0.358	0.878	99.4
2.2-2.25	6.5	0.419	1702	0.922	0.176	0.455	1.745	99
2.25-2.31	6.9	0.252	1736	0.972	0.103	0.273	0.853	99
2.31-2.37	6.9	0.207	1717	0.981	0.084	0.223	0.862	99.2
2.37-2.44	6.9	0.185	1737	0.984	0.075	0.2	0.882	99.4
2.44-2.52	6.9	0.164	1709	0.985	0.067	0.177	0.905	99.5
2.52-2.61	6.8	0.14	1734	0.988	0.058	0.152	0.898	99.5
2.61-2.71	6.5	0.122	1739	0.989	0.051	0.132	0.884	99.6
2.71-2.84	6.3	0.106	1732	0.991	0.045	0.115	0.895	99.6
2.84-2.99	6.8	0.09	1758	0.993	0.037	0.097	0.904	99.7
2.99-3.17	7.1	0.075	1740	0.995	0.03	0.081	0.874	99.9
3.17-3.42	7	0.065	1729	0.995	0.026	0.07	0.845	99.8
3.42-3.76	6.7	0.058	1762	0.996	0.024	0.063	0.807	99.9
3.76-4.31	6.1	0.053	1753	0.995	0.023	0.058	0.761	99.9
4.31-5.43	7	0.053	1758	0.996	0.022	0.058	0.734	100
5.43-50	6.3	0.053	1801	0.995	0.023	0.058	0.714	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IS9

6is9

解像度: 2.005→34.25 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	1651	4.87 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1878	33891	97.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.005→34.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2478	1324	2	309	4113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.836	5844
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.012	2734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	522

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0054-2.0644	0.2944	123	0.2144	2211	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0644-2.131	0.2539	147	0.2009	2503	X-RAY DIFFRACTION	92
2.131-2.2072	0.2526	129	0.2026	2663	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2072-2.2955	0.274	131	0.2016	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2955-2.4	0.2317	148	0.1891	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.5265	0.2782	147	0.19	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5265-2.6847	0.2337	142	0.19	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6847-2.8919	0.2577	127	0.1997	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8919-3.1827	0.2507	147	0.1889	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1827-3.6428	0.2242	139	0.1739	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6428-4.5878	0.1932	137	0.1612	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5878-34.2553	0.2046	134	0.1913	2831	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.458	-2.3655	-4.8212	3.6644	2.2519	6.8368	0.2913	-0.1428	0.2946	0.1504	-0.2877	0.0285	-0.3848	-0.4737	-0.0039	0.1266	0.0065	0.0208	0.1565	-0.0579	0.1947	4.8391	-29.1818	28.4173
2	3.6532	-1.363	0.3466	3.5533	0.575	2.8703	0.0434	-0.142	0.1161	-0.103	0.1259	-0.386	0.0437	0.5088	-0.0653	0.1338	0.0066	0.0184	0.1275	-0.0125	0.1984	16.2383	-36.6259	25.3394
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44	3.3899	1.855	0.3774	2.1127	0.4901	2.1469	0.0238	0.6443	0.336	-0.7238	0.188	0.0473	-0.319	-0.3024	-0.0498	0.3028	0.0489	-0.0178	0.4201	0.1249	0.1287	14.3132	-39.7649	-2.4426
45	0.5615	0.127	0.3362	0.6244	0.5403	0.558	-0.1337	0.7289	0.0405	-0.6998	0.6259	-0.0696	-0.9802	0.2236	-0.0834	0.8034	0.5051	-0.1398	1.2505	-0.1362	1.2662	14.7246	-18.4732	-4.5121
46	2.0562	-0.7208	-0.7277	2.5762	1.4954	1.883	0.0198	0.0435	0.0944	0.4096	0.219	-0.4842	-0.4395	0.8603	0.1272	0.3038	-0.0373	-0.0696	0.4114	0.0137	0.277	30.322	-35.7241	18.0109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 109:114)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 115:123)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 124:132)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 133:139)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 140:146)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 147:151)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 152:158)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 159:164)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 165:174)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 175:181)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 182:192)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 193:207)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 208:221)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 222:225)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 226:231)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 232:239)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 240:246)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 247:254)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 255:262)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 263:271)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 109:114)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 115:123)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 124:129)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 130:139)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 140:146)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 147:151)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 152:158)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 159:169)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 170:174)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 175:179)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 180:188)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 189:196)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 197:207)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 208:219)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 220:224)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 225:235)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 236:242)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 243:254)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 255:262)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 263:271)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 1:14)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 15:18)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 19:33)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 1:15)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 17:20)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 21:33)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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