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- PDB-6jqr: Crystal structure of FLT3 in complex with gilteritinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jqr
タイトルCrystal structure of FLT3 in complex with gilteritinib
要素Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3,Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / ONCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants ...FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants / sorafenib-resistant FLT3 mutants / sunitinib-resistant FLT3 mutants / tandutinib-resistant FLT3 mutants / linifanib-resistant FLT3 mutants / tamatinib-resistant FLT3 mutants / leukocyte homeostasis / pro-B cell differentiation / lymphocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / dendritic cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / nuclear glucocorticoid receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / STAT5 Activation / FLT3 signaling through SRC family kinases / myeloid progenitor cell differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / cytokine receptor activity / : / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to cytokine stimulus / growth factor binding / hemopoiesis / PI3K Cascade / animal organ regeneration / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FLT3 signaling by CBL mutants / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / B cell differentiation / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome membrane / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6F / Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Amano, Y.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2019
タイトル: Effect of Fms-like tyrosine kinase 3 (FLT3) ligand (FL) on antitumor activity of gilteritinib, a FLT3 inhibitor, in mice xenografted with FL-overexpressing cells.
著者: Kawase, T. / Nakazawa, T. / Eguchi, T. / Tsuzuki, H. / Ueno, Y. / Amano, Y. / Suzuki, T. / Mori, M. / Yoshida, T.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3,Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3389
ポリマ－37,9991
非ポリマー1,3388
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.367, 82.367, 146.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1008-

GOL

21A-1192-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3,Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem ...FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem cell tyrosine kinase 1 / STK-1


分子量: 37999.242 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36888, receptor protein-tyrosine kinase

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非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-C6F / 6-ethyl-3-[[3-methoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]phenyl]amino]-5-(oxan-4-ylamino)pyrazine-2-carboxamide / gilteritinib / ギルテリチニブ


分子量: 552.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44N8O3 / コメント: 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: buffer, salt, precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→71.79 Å / Num. obs: 24524 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 49.61
反射 シェル解像度: 2.2→2.45 Å / 冗長度: 16.2 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / % possible all: 81.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→71.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.171 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1319 5.4 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 23205 93.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→71.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2361 0 87 97 2545
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.993380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22735328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8115296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.31324.019107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.41815393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7191510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5554.2731199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5574.2691198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7627.1571490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.767.1631491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0985.0721301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0945.0721301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2988.2731891
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.15738.2142671
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.13637.9392657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 58 -
Rwork0.304 933 -
obs--52.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3948-2.33766.24491.3606-1.68377.2306-0.2443-0.53850.14710.37210.1367-0.06520.0515-0.41760.10760.3115-0.037-0.05390.1287-0.01630.1134-23.73215.61-22.426
26.6609-1.73092.52225.7716-0.00852.77970.0584-0.3384-0.35480.05840.06230.80010.3215-0.3931-0.12070.2341-0.0785-0.06790.07090.04120.1401-33.6213.46-32.211
31.6749-0.18631.29863.2079-0.92854.60580.04480.1413-0.0538-0.2491-0.0208-0.09810.11120.2437-0.0240.0702-0.011-0.00650.0221-0.00060.0085-12.535-4.573-19.169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A571 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2A604 - 693
3X-RAY DIFFRACTION3A694 - 951

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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