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- PDB-6jq1: Crystal Structure of DdrO from Deinococcus geothermalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jq1
タイトルCrystal Structure of DdrO from Deinococcus geothermalis
要素Transcriptional regulator, XRE family
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / Xre / HTH / Dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional regulator, XRE family
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus geothermalis DSM 11300 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lu, H. / Hua, Y. / Zhao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870051 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structure and DNA damage-dependent derepression mechanism for the XRE family member DG-DdrO.
著者: Lu, H. / Wang, L. / Li, S. / Pan, C. / Cheng, K. / Luo, Y. / Xu, H. / Tian, B. / Zhao, Y. / Hua, Y.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, XRE family
B: Transcriptional regulator, XRE family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8977
ポリマ－29,8622
非ポリマー355
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.950, 127.900, 156.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, XRE family


分子量: 14930.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis DSM 11300 (バクテリア)
株: DSM 11300 / 遺伝子: Dgeo_0336 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1J1J5
#2: 化合物
ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: LiCl, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 16314 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.67 % / Biso Wilson estimate: 57.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.88
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.48 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Num. unique obs: 1177 / % possible all: 96.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PU7

4pu7


解像度: 2.3→30 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 834 5.12 %
Rwork0.2368 --
obs0.238 16283 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2068 0 5 8 2081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.722845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.348811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.294322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004365
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3031-2.44740.36511370.35512508X-RAY DIFFRACTION98
2.4474-2.63620.37311290.31692562X-RAY DIFFRACTION100
2.6362-2.90120.33891350.30842570X-RAY DIFFRACTION99
2.9012-3.32050.27871350.28692604X-RAY DIFFRACTION100
3.3205-4.18120.25291320.22132607X-RAY DIFFRACTION99
4.1812-28.10230.22581660.19482598X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.6293 Å / Origin y: 30.2647 Å / Origin z: 58.6735 Å
111213212223313233
T0.489 Å20.094 Å20.0183 Å2-0.5448 Å20.0055 Å2--0.3898 Å2
L1.1107 °21.6021 °20.1193 °2-3.4663 °2-0.0363 °2--1.7915 °2
S-0.0902 Å °0.2081 Å °0.0102 Å °0.0321 Å °0.0619 Å °0.0667 Å °0.0231 Å °0.0834 Å °0.0188 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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