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万見
- PDB-1qe6: INTERLEUKIN-8 WITH AN ADDED DISULFIDE BETWEEN RESIDUES 5 AND 33 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qe6
タイトルINTERLEUKIN-8 WITH AN ADDED DISULFIDE BETWEEN RESIDUES 5 AND 33 (L5C/H33C)
要素INTERLEUKIN-8 VARIANT
キーワードIMMUNE SYSTEM / INTERCRINE ALPHA FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / regulation of chemokine production / negative regulation of cell adhesion molecule production / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / CXCR chemokine receptor binding / embryonic digestive tract development / induction of positive chemotaxis / neutrophil activation ...regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / regulation of chemokine production / negative regulation of cell adhesion molecule production / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / CXCR chemokine receptor binding / embryonic digestive tract development / induction of positive chemotaxis / neutrophil activation / respiratory burst / regulation of chemotaxis / chemokine activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / response to molecule of bacterial origin / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Interleukin-10 signaling / cellular response to interleukin-1 / regulation of cell adhesion / neutrophil chemotaxis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / response to endoplasmic reticulum stress / Peptide ligand-binding receptors / calcium-mediated signaling / cellular response to tumor necrosis factor / receptor internalization / chemotaxis / positive regulation of angiogenesis / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / G alpha (i) signalling events / intracellular signal transduction / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / signal transduction / : / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Gerber, N. / Lowman, H. / Artis, D.R. / Eigenbrot, C.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Receptor-binding conformation of the "ELR" motif of IL-8: X-ray structure of the L5C/H33C variant at 2.35 A resolution.
著者: Gerber, N. / Lowman, H. / Artis, D.R. / Eigenbrot, C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Crystal structure of IL-8:Symbiosis of NMR and crystallography
著者: Baldwin, E.T. / Weber, I.T. / Charles, R.St. / Xuan, J.-C.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Structural change and receptor binding in a chemokine mutant with a re- arranged disulfide: X-ray structure of E38C/C50A IL-8 at 2 A resolution.
著者: Eigenbrot, C. / Lowman, H.B. / Chee, L. / Artis, D.R.
履歴
登録1999年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-8 VARIANT
B: INTERLEUKIN-8 VARIANT
C: INTERLEUKIN-8 VARIANT
D: INTERLEUKIN-8 VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7157
ポリマ－33,4274
非ポリマー2883
水4,161231
1
A: INTERLEUKIN-8 VARIANT
B: INTERLEUKIN-8 VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8103
ポリマ－16,7142
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
2
C: INTERLEUKIN-8 VARIANT
D: INTERLEUKIN-8 VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9064
ポリマ－16,7142
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8650 Å2
手法PISA
3
C: INTERLEUKIN-8 VARIANT
D: INTERLEUKIN-8 VARIANT
ヘテロ分子

A: INTERLEUKIN-8 VARIANT
B: INTERLEUKIN-8 VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7157
ポリマ－33,4274
非ポリマー2883
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area5340 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.540, 71.770, 57.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
INTERLEUKIN-8 VARIANT


分子量: 8356.787 Da / 分子数: 4 / 変異: L5C, H33C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: MONOCYTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10145
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: NACL, AMMONIUM SULFATE, PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.2 mg/mlprotein1drop
2100 mM1dropNaCl
34 mMMES1drop
460 mMammonium sulfate1drop
518 %(w/v)PEG80001drop
6100 mMammonium sulfate1reservoir
730 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: PRINCETON 1K / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 12843 / Num. obs: 12188 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MCCDATAデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MCCDATAデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.35→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 999.999 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 881 7.2 %SHELLS
Rwork0.208 ---
all0.211 12186 --
obs0.208 12186 94.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2264 0 15 231 2510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.334
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.175
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.976
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.387
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 137 12.6 %
Rwork0.216 952 -
obs--86 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.SO4TOP.SO4
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.2 % / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 10.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.61
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.387 / % reflection Rfree: 12.6 % / Rfactor Rwork: 0.216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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