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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qe6 | ||||||
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タイトル | INTERLEUKIN-8 WITH AN ADDED DISULFIDE BETWEEN RESIDUES 5 AND 33 (L5C/H33C) | ||||||
要素 | INTERLEUKIN-8 VARIANT | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / INTERCRINE ALPHA FAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / positive regulation of cellular biosynthetic process / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / CXCR chemokine receptor binding / embryonic digestive tract development / 好中球 ...regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / positive regulation of cellular biosynthetic process / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / CXCR chemokine receptor binding / embryonic digestive tract development / 好中球 / induction of positive chemotaxis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / cellular response to interleukin-1 / regulation of cell adhesion / response to endoplasmic reticulum stress / Peptide ligand-binding receptors / 好中球 / calcium-mediated signaling / response to molecule of bacterial origin / receptor internalization / positive regulation of angiogenesis / 走化性 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 血管新生 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Gerber, N. / Lowman, H. / Artis, D.R. / Eigenbrot, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2000 タイトル: Receptor-binding conformation of the "ELR" motif of IL-8: X-ray structure of the L5C/H33C variant at 2.35 A resolution. 著者: Gerber, N. / Lowman, H. / Artis, D.R. / Eigenbrot, C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: Crystal structure of IL-8:Symbiosis of NMR and crystallography 著者: Baldwin, E.T. / Weber, I.T. / Charles, R.St. / Xuan, J.-C. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1997 タイトル: Structural change and receptor binding in a chemokine mutant with a re- arranged disulfide: X-ray structure of E38C/C50A IL-8 at 2 A resolution. 著者: Eigenbrot, C. / Lowman, H.B. / Chee, L. / Artis, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qe6.cif.gz | 67.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qe6.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qe6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/1qe6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/1qe6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8356.787 Da / 分子数: 4 / 変異: L5C, H33C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: MONOCYTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10145 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: NACL, AMMONIUM SULFATE, PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 |
検出器 | タイプ: PRINCETON 1K / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 12843 / Num. obs: 12188 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / % possible all: 86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.35→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 999.999 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.2 % / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 10.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.387 / % reflection Rfree: 12.6 % / Rfactor Rwork: 0.216 |