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- PDB-3m70: Crystal Structure of TehB from Haemophilus influenzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m70
タイトルCrystal Structure of TehB from Haemophilus influenzae
要素Tellurite resistance protein tehB homolog
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / tellurite resistance / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


response to tellurium ion / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tellurite resistance methyltransferase, TehB type-2 / Domain of unknown function DUF1971 / TehB-like domain / Tellurite resistance methyltransferase, TehB / Tellurite resistance methyltransferase TehB-like domain / Tellurite resistance protein TehB / Jelly Rolls / Vaccinia Virus protein VP39 / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...Tellurite resistance methyltransferase, TehB type-2 / Domain of unknown function DUF1971 / TehB-like domain / Tellurite resistance methyltransferase, TehB / Tellurite resistance methyltransferase TehB-like domain / Tellurite resistance protein TehB / Jelly Rolls / Vaccinia Virus protein VP39 / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase TehB
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chen, Y.-H. / Hendrickson, W.A. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of TehB from Haemophilus influenzae
著者: Chen, Y.-H. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2010年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tellurite resistance protein tehB homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4821
ポリマ－33,4821
非ポリマー00
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.488, 170.217, 55.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Tellurite resistance protein tehB homolog


分子量: 33481.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: KW20 / 遺伝子: HI1275, Rd, tehB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45134
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350,100mM Bis-Tris pH 6.5, 200mM Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 33498 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 32.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 74.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 6.876 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1570 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 31100 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.301 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.35 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3----2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 0 203 2525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.9473227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.39434903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1925288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23725.431116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08315429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.54156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7741.51433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2081.5581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45622321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4733952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0534.5905
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 116 -
Rwork0.243 1853 -
obs--86.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2871-1.49760.66831.8555-0.47222.841-0.0322-0.00030.08070.1156-0.0629-0.101-0.05540.02620.09510.0985-0.05730.0140.08210.04330.086910.753311.998625.1084
21.1589-0.7509-0.88561.30330.32831.966-0.1506-0.0119-0.10570.29720.03530.1355-0.1954-0.29970.11520.1640.07680.03670.1236-0.02550.092-21.941430.510228.9335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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