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- PDB-7kff: Crystal structure of TrmD tRNA (guanine-N1)-methyltransferase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kff
タイトルCrystal structure of TrmD tRNA (guanine-N1)-methyltransferase from Corynebacterium diphtheriae in complex with SAH
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / CSGID / knot / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA modification / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Michalska, K. / Tanase, L. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TrmD tRNA (guanine-N1)-methyltransferase from Corynebacterium diphtheriae in complex with SAH
著者: Michalska, K. / Tanase, L. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2593
ポリマ－34,8161
非ポリマー4432
水4,306239
1
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5196
ポリマ－69,6322
非ポリマー8874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area8120 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.619, 83.619, 79.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 34815.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: trmD, BT093_03755, CIP107518_01276 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2T1BS25, UniProt: Q6NGI5*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M Tris/HCl pH 8.5, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 70894 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 15.96 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 3365 / CC1/2: 0.577 / CC star: 0.855 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIXdev_3409精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→28.79 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.2558
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1538 2120 2.99 %
Rwork0.1308 68736 -
obs0.1315 70856 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→28.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 30 239 2221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05852806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0745308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1987775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.380.27071310.22184375X-RAY DIFFRACTION95.81
1.38-1.410.23051300.1924511X-RAY DIFFRACTION99.06
1.41-1.450.17341590.16444555X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.490.17561600.14734561X-RAY DIFFRACTION100
1.49-1.540.18331350.13184545X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.60.16471180.12224537X-RAY DIFFRACTION99.34
1.6-1.660.15761280.11344590X-RAY DIFFRACTION99.98
1.66-1.740.13031270.1144602X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.830.12961410.10934590X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.940.13951450.11214583X-RAY DIFFRACTION99.66
1.94-2.090.13011480.11534613X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.30.14551370.11614601X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.640.13921520.12224589X-RAY DIFFRACTION99.45
2.64-3.320.16251460.13834690X-RAY DIFFRACTION100
3.32-28.790.15761630.13914794X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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