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- PDB-6jo7: Crystal structure of mouse MXRA8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jo7
タイトルCrystal structure of mouse MXRA8
要素Matrix remodeling-associated protein 8
キーワードPROTEIN BINDING / Arthritogenic alphaviruses / receptor / virus entry / Chikungunya virus
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / ciliary membrane / bicellular tight junction / cell differentiation / cell adhesion / cell surface / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Matrix remodeling-associated protein 8 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix remodeling-associated protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Song, H. / Zhao, Z. / Qi, J. / Gao, F. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of Arthritogenic Alphavirus Receptor MXRA8 Binding to Chikungunya Virus Envelope Protein.
著者: Hao Song / Zhennan Zhao / Yan Chai / Xiyue Jin / Changyao Li / Fei Yuan / Sheng Liu / Zhengrong Gao / Haiyuan Wang / Jian Song / Leonardo Vazquez / Yanfang Zhang / Shuguang Tan / Carlos M ...著者: Hao Song / Zhennan Zhao / Yan Chai / Xiyue Jin / Changyao Li / Fei Yuan / Sheng Liu / Zhengrong Gao / Haiyuan Wang / Jian Song / Leonardo Vazquez / Yanfang Zhang / Shuguang Tan / Carlos M Morel / Jinghua Yan / Yi Shi / Jianxun Qi / Feng Gao / George F Gao /
要旨: Arthritogenic alphaviruses, such as Chikungunya virus (CHIKV), cause severe and debilitating rheumatic diseases worldwide, resulting in severe morbidity and economic costs. Recently, MXRA8 was ...Arthritogenic alphaviruses, such as Chikungunya virus (CHIKV), cause severe and debilitating rheumatic diseases worldwide, resulting in severe morbidity and economic costs. Recently, MXRA8 was reported as an entry receptor. Here, we present the crystal structures of the mouse MXRA8, human MXRA8 in complex with the CHIKV E protein, and the cryo-electron microscopy structure of human MXRA8 and CHIKV virus-like particle. MXRA8 has two Ig-like domains with unique structural topologies. This receptor binds in the "canyon" between two protomers of the E spike on the surface of the virion. The atomic details at the interface between the two binding entities reveal that both the two domains and the hinge region of MXRA8 are involved in interaction with CHIKV E1-E2 residues from two protomers. Notably, the stalk region of MXRA8 is critical for CHIKV virus entry. This finding provides important information regarding the development of therapeutic countermeasures against those arthritogenic alphaviruses.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix remodeling-associated protein 8
B: Matrix remodeling-associated protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4492
ポリマ－61,4492
非ポリマー00
水82946
1
A: Matrix remodeling-associated protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7241
ポリマ－30,7241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Matrix remodeling-associated protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7241
ポリマ－30,7241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.446, 143.486, 196.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Matrix remodeling-associated protein 8 / Adipocyte-specific protein 3 / Dual Ig domain-containing cell adhesion molecule / DICAM / Limitrin


分子量: 30724.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mxra8, Asp3, Dicam / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9DBV4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M BICINE pH 8.5, 15% w/v Polyethylene glycol 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97894 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 40460 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3978 / CC1/2: 0.691 / Rsym value: 1.919 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TT3

3tt3


解像度: 2.4→49.341 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 2000 4.94 %
Rwork0.2187 --
obs0.22 40449 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4052 0 0 46 4098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6065647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.9571529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003744
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3981-2.45810.38751350.33222619X-RAY DIFFRACTION98
2.4581-2.52450.34011400.33032715X-RAY DIFFRACTION100
2.5245-2.59880.36161390.31912739X-RAY DIFFRACTION100
2.5988-2.68270.29231380.30422735X-RAY DIFFRACTION100
2.6827-2.77860.28951320.28792711X-RAY DIFFRACTION100
2.7786-2.88980.28771220.26952755X-RAY DIFFRACTION100
2.8898-3.02130.31791560.25442735X-RAY DIFFRACTION100
3.0213-3.18060.30171440.25132718X-RAY DIFFRACTION100
3.1806-3.37980.2491300.25372733X-RAY DIFFRACTION100
3.3798-3.64070.23421460.20882768X-RAY DIFFRACTION100
3.6407-4.00690.21131590.21162734X-RAY DIFFRACTION100
4.0069-4.58630.19221420.17952778X-RAY DIFFRACTION100
4.5863-5.77690.22051440.1752818X-RAY DIFFRACTION100
5.7769-49.35130.2441730.20062891X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1334-0.350.10811.95030.85840.7009-0.0436-0.048-0.0201-0.18730.1502-0.0203-0.10940.0067-00.4452-0.04530.01810.47210.01840.478-4.03-1.1254-38.4717
20.33270.1634-0.09491.87250.50240.6511-0.00760.12040.0949-0.05720.038-0.0417-0.13760.111700.4368-0.0657-0.00960.532-0.03890.4505-16.5388-50.6063-73.3795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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